傳統(tǒng)的全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）計算的是單個SNP與表型的相關(guān)性勺三，除此之外，我們還可以進行SNP之間的互作效應(yīng)與表型的相關(guān)性分析坎弯。

本推文主要介紹的是SNP間的上位效應(yīng)與表型的相關(guān)性分析露该。

?上位效應(yīng)的公式為：Y ~ b0 + b1.A + b2.B + b3.AB + e

Y為表型，A和B分別為兩個變異位點乍惊，在GWAS中通常指SNP杜秸，如果b3為顯著，則說明存在上位效應(yīng)润绎。

1撬碟、準備基因型文件

基因型文件：文件格式可以是ped/map或者bed/bim/fam，本教程的格式為ped/map

具體格式準備可參考教程：全基因組關(guān)聯(lián)分析（Genome-Wide Association Study莉撇，GWAS）流程（網(wǎng)址 https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/6095531.html）

基因型文件test.ped

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基因型文件test.map

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2呢蛤、準備表型文件

表型分為二分類和非二分類表型（多分類或者連續(xù)型表型）。

二分類表型文件phenocc.txt： 第一列為FID（可以是群體等）,第二列為IID（個體唯一ID）棍郎，第三列為表型（1是control其障，2是case）

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多分類或者連續(xù)型表型文件phenoq.txt： 第一列為FID（可以是群體等）,第二列為IID（個體唯一ID），第三列為表型

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3涂佃、全基因組所有SNP的上位效應(yīng)分析

二分類表型的命令如下：

/plink-1.07-x86_64/plink --file test --pheno phenocc.txt --epistasis --epi1 1 --noweb --out test

--epi1參數(shù)表示設(shè)定輸出的P的閾值励翼，這里設(shè)定為1，指的是輸出所有值辜荠，PLINK默認輸出的P閾值為1e-4汽抚。當SNP數(shù)量比較多時，建議用PLINK的默認參數(shù)或者適當提高閾值侨拦，比如1e-5，以此減少輸出文件大小辐宾。

生成test.epi.cc和test.epi.cc.summary兩個文件狱从。

test.epi.cc文件如下所示：

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不同列所代表的意思：

 CHR1    Chromosome of first SNP   
 SNP1    Identifier for first SNP
 CHR2    Chromosome of second SNP
 SNP2    Identifier for second SNP
 OR_INT  Odds ratio for interaction
 STAT    Chi-square statistic, 1df
 P       Asymptotic p-value

test.epi.cc.summary文件如下所示：

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不同列所代表的意思：

 CHR        Chromosome
 SNP        SNP identifier
 N_SIG      # significant epistatic tests (p <= "--epi2" threshold)
 N_TOT      # of valid tests (i.e. non-zero allele counts, etc)
 PROP       Proportion significant of valid tests
 BEST_CHISQ Highest statistic for this SNP 
 BEST_CHR   Chromosome of best SNP
 BEST_SNP   SNP identifier of best SNP

多分類或連續(xù)型表型的命令如下：

/plink-1.07-x86_64/plink --file test --pheno phenoq.txt --epistasis --epi1 1 --noweb --out test

生成test.epi.qt和test.epi.qt.summary兩個文件

test.epi.qt文件如下所示：

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test.epi.qt.summary文件如下所示：

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每列所代表的意思同二分類表型結(jié)果文件。

4叠纹、指定SNP之間的上位效應(yīng)分析

指定三個SNP之間的上位效應(yīng)分析季研，假定三個SNP的文件為epi.set1，內(nèi)容如下：

指定的三個SNP放中間誉察，以START和END作為開頭和結(jié)尾与涡。

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命令如下：

/plink-1.07-x86_64/plink --file test --pheno phenoq.txt --epistasis --set-test --set epi.set1 --epi1 1 --epi2 0.3 --noweb --out testset1set1

--epi2指的是對顯著的test進行計數(shù)，閾值可以是0.05，0.01等驼卖，這里設(shè)定為0.3氨肌，該值針對N_SIG一列設(shè)定的。
?示例代碼是PLINK的1.07版本酌畜，如果是1.9版本怎囚，則將--set-test改為set-by-set

生成的結(jié)果如下所示：

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5、指定SNP與其他SNP的上位效應(yīng)分析

指定rs11260575桥胞、rs4018608恳守、rs3737723與rs56673092、rs6689813的上位效應(yīng)分析贩虾，需要文件epi.set2催烘，格式如下：

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上位效應(yīng)分析：

/plink-1.07-x86_64/plink --file test --pheno phenoq.txt --epistasis --set-test --set epi.set2 --epi1 1 --epi2 0.3 --noweb --out testset1set2

結(jié)果如下所示：

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6、指定SNP與全基因組的上位效應(yīng)分析

指定SNP與全基因組上位效應(yīng)分析命令：

/plink-1.07-x86_64/plink --file test --pheno phenoq.txt --epistasis --set-test --set epi.set1 --set-by-all --epi1 1 --epi2 1 --noweb --out testset1

結(jié)果如下：

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需要用到這批測試數(shù)據(jù)的公眾號“bio生物信息”后臺回復“epis”缎罢。