R語言入門_R和Rstudio安裝與使用

主要圍繞以下幾方面學(xué)習(xí)

R和Rstudio的簡介

R和Rstudio的下載及安裝

Rstudio新建Rproject和R腳本以及簡單使用

R語言幾類命令響應(yīng)

R和Rstudio

對(duì)于初學(xué)者入門R語言喷市，首先簡單了解R與Rstudio，以及成功下載和安裝R和Rstudio耙蔑，在Rstudio界面里進(jìn)行簡單的代碼運(yùn)行岂却，后續(xù)慢慢拓展鹤耍。

1.簡介：

什么是R

什么是Rstudio

1.1什么是R

R是一種編程語言甜癞，也是統(tǒng)計(jì)計(jì)算和繪圖的環(huán)境逸吵，它匯集了許多函數(shù)，能夠提供強(qiáng)大的功能（R語言是一種軟件厢破，函數(shù)方便處理數(shù)據(jù)）荣瑟。

R的官網(wǎng)：https://www.r-project.org/

優(yōu)點(diǎn)：R環(huán)境結(jié)合了

開源，可擴(kuò)展的環(huán)境

開源即免費(fèi)摩泪，大家可以做一些開發(fā)笆焰，如生存分析和富集分析。

簡單有效的編程語言

簡單就是相對(duì)于其它編程語言见坑，不是專門給程序員用的嚷掠，是面向普通用戶。

數(shù)據(jù)處理荞驴、清洗和存儲(chǔ)

實(shí)現(xiàn)的作用不皆，把數(shù)據(jù)搞整齊，清理為把數(shù)據(jù)規(guī)范化

統(tǒng)計(jì)和可視化

為R語言的兩大功能熊楼。統(tǒng)計(jì)即數(shù)據(jù)整理霹娄，可視化即畫圖

1.2 什么是Rstudio

官網(wǎng)：https://www.rstudio.com/

R語言的集成開發(fā)環(huán)境

集成開發(fā)環(huán)境：更好用的界面
圖形界面化
優(yōu)秀的學(xué)習(xí)工具
科研用途免費(fèi)
開源

2.R和Rstudio的下載與安裝

2.1 下載R和Rstudio

2.2 安裝R和Rstudio

2.1 下載R和Rstudio

2.1.1 R的下載鏈接：

https://cloud.r-project.org/

第一種下載方式：

根據(jù)自己使用的電腦版本，搜索鲫骗，然后到官網(wǎng)下載

下載地址：

https://cran.r-project.org/bin/windows/base/

第二種下載方式：

點(diǎn)擊鏈接進(jìn)入官網(wǎng)犬耻，選與自己電腦匹配的版本下載

https://cloud.r-project.org/

2.1.2 Rstudio的下載鏈接

https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/

第一步：選擇free的版本下載

https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download

第二步：選擇和自己的電腦匹配的版本

下載的軟件一定要適合自己使用的電腦系統(tǒng)，不然安裝會(huì)發(fā)生錯(cuò)誤执泰。

1.2 安裝R和Rstudio

必須先安裝R之后枕磁，再安裝Rstudio，R是Rstudio的基礎(chǔ)术吝，兩者都安裝在C盤（windows電腦）计济。在安裝過程中茸苇，彈出選項(xiàng)為默認(rèn)，即安裝過程中不要做任何更改峭咒，鼠標(biāo)傻瓜式地點(diǎn)點(diǎn)就可以税弃。

一般使用Rtudio，很少用R凑队，因?yàn)镽tudio為圖形界面则果，比R的功能多。兩者的界面如下：

3.Rstudio新建Rproject和R腳本以及簡單使用

3.1 如何在Rstudio新建Rproject

3.2 新建腳本

3.3 Rstudio界面的介紹

3.4 Rstudio界面的字體和背景設(shè)置

3.5 與R“交互”

3.6 腳本的運(yùn)行方式

3.7 注釋

3.8 保存

3.9 正確打開Rproj和R腳本

在新開始一個(gè)項(xiàng)目學(xué)習(xí)或是新開始一個(gè)數(shù)據(jù)處理時(shí)漩氨，每次從項(xiàng)目里的Rproject去打開Rstudio這次才是正確的打開方式

3.1 在Rstudio中新建項(xiàng)目Rproject

步驟：

File---New Project---NewDirectory---New Project---Directory name--- Create Project

注意：命名時(shí)不要寫特殊字符西壮。

保存文件的位置也稱路徑，路徑表示某一個(gè)文件或是文件夾在電腦里的哪個(gè)位置叫惊，不點(diǎn)擊Browse款青，表示默認(rèn)放在某一位置，想換存放位置就點(diǎn)擊Browse自行選擇霍狰。

3.2 新建腳本

腳本：存放代碼的文件抡草，代碼是和R語言交流且符合一定的規(guī)則。

3.3 Rstudio界面介紹

3.4 Rstudio界面-字號(hào)與背景設(shè)置

其它設(shè)置慢慢探索：

如代碼里每對(duì)括號(hào)顏色一致蔗坯，容易查看康震。

3.5 與R“交互”

用戶---發(fā)送命令（代碼）
R--執(zhí)行并返回結(jié)果
交互式回話（session），session就是窗口的意思

發(fā)送的命令要正確宾濒，講規(guī)則腿短。

與R“交互”的兩種方式：

第一種交互方式：控制臺(tái)窗口

出現(xiàn)>才可以寫代碼，運(yùn)行命令會(huì)且會(huì)顯示每個(gè)命令結(jié)果绘梦，可以直接在控制臺(tái)中鍵入命令橘忱，但是session關(guān)閉時(shí)會(huì)清空。

函數(shù)后面都是帶括號(hào)的卸奉，如sqrt()钝诚，abs()，log2()择卦，log10()敲长，只要不認(rèn)識(shí)的函數(shù)就在控制臺(tái)輸入：?函數(shù)名，如?sqrt**秉继，在幫助文檔里顯示說明和示例代碼祈噪，可以復(fù)制示例代碼放在腳本編輯器里一句句運(yùn)行理解。

在控制臺(tái)寫代碼尚辑，如雁過不留痕辑鲤，運(yùn)行的代碼不保存，只是在history里面有杠茬，代碼不可重復(fù)利用月褥。

第二種交互方式：腳本編輯器

記錄我們所做過的一切弛随，讓代碼和工作流程具有可重復(fù)性。

3.6 腳本的運(yùn)行方式

3.6.1 逐行運(yùn)行

光標(biāo)放在一行的任意位置宁赤，單擊Run舀透，光標(biāo)會(huì)自動(dòng)跑到下一行。

3.6.2 選中運(yùn)行：

可以選幾行或是全部代碼决左，點(diǎn)擊腳本編輯器右上角的Run運(yùn)行代碼愕够，

快捷鍵：

windows電腦：按control和enter鍵，

mac電腦：按command和return鍵佛猛。

3.7 注釋

使用#為腳本添加注釋（說明或是解釋的文字）惑芭。讓自己和其他協(xié)作者了解代碼的用途
R自動(dòng)忽略#右側(cè)的任何內(nèi)容

3.8 保存腳本

保存+命名（.R結(jié)尾）

注意：保存命名時(shí)不要以數(shù)字開頭，盡量不要寫漢字继找。后綴是自動(dòng)加上去的遂跟，以后看到.R為后綴的文件是R語言里的腳本文件。

默認(rèn)的保存位置：工作目錄婴渡。

工作目錄：腳本幻锁、數(shù)據(jù)、圖片的默認(rèn)保存位置边臼，也是文件讀取的默認(rèn)位置越败。

重要的說明：

新建Rproject的時(shí)候，除了生成Day1_studyR.Rproj入口文件硼瓣，同時(shí)新建了一個(gè)同名Day1_studyR的文件夾。

以正確的入口進(jìn)入項(xiàng)目的時(shí)候置谦，以后腳本里產(chǎn)生的一切衍生物堂鲤，都會(huì)保存在正確的地方，即在入口所在的Day1_studyR文件夾（工作目錄）里媒峡。如果從不正確的入口進(jìn)瘟栖，腳本滿天飛，有時(shí)候找不到腳本谅阿，所以一定要從正確的入口進(jìn)來半哟。

除了腳本文件，以后運(yùn)行代碼生成的圖片和數(shù)據(jù)也保存在工作目錄下签餐。默認(rèn)的保存位置寓涨，也是文件讀取的位置，稱為工作目錄氯檐。換句話說戒良，要是把外部文件讀入到R語言里，首先要從電腦上找到工作目錄冠摄，并且把要讀取的文件放在工作目錄下糯崎，目錄就是文件夾几缭。

3.9 正確打開Rproj和腳本

新建的Day1_studyR.Rproj以及文件夾，腳本文件是可以搬運(yùn)的沃呢，以后打開Day1_studyR.Rproj直接雙擊就可以年栓，或是通過file打開，不要雙擊一個(gè)腳本薄霜，雙擊能打開腳本某抓，但是沒有從正確入口進(jìn)，生成的文件滿天飛黄锤。
切記：不要雙擊打開一個(gè)腳本搪缨，要雙擊打開一個(gè)Rproj，打開Rproj后從右下角看到腳本鸵熟，點(diǎn)擊打開就可以

4.R語言幾類命令響應(yīng)

輸出結(jié)果

報(bào)錯(cuò)：Error

警告：Warning

命令沒反應(yīng)或是命令正在運(yùn)行

加載和安裝R包時(shí)出現(xiàn)的提示信息

4.1 輸出結(jié)果

命令運(yùn)行結(jié)果副编，圖片。

4.2 報(bào)錯(cuò)：Error

抓住關(guān)鍵詞流强，在Error后面的提示信息痹届，錯(cuò)在哪里，會(huì)清楚地告知錯(cuò)在哪里打月，不會(huì)直接告訴解決辦法队腐。根據(jù)Error后的提示信息解決報(bào)錯(cuò)。

檢查命令奏篙，檢查環(huán)境（文件是否放對(duì)地方）柴淘，修正后重新運(yùn)行。

4.3 警告：Warning

忽略秘通，后面如有報(bào)錯(cuò)或意外結(jié)果再檢查为严。

出現(xiàn)Error再管，如出現(xiàn)意外的結(jié)果肺稀，比如該出圖或是文件第股，但是打開圖片是空的或是文件是空的，再返回檢查话原。

4.4 “沒反應(yīng)”

出現(xiàn)>夕吻，表示上一句命令已運(yùn)行完成。

R語言唯一報(bào)錯(cuò)的信息提示就是出現(xiàn)Error

來自生信技能樹小潔老師的課件圖

4.5 命令正在運(yùn)行

終止（點(diǎn)擊紅色鍵）或等待繁仁。

4.6 命令不完整

補(bǔ)全命令或是按ESC鍵退出涉馅，本來是該出>，卻出現(xiàn)+黄虱，有時(shí)候是括號(hào)不成對(duì)控漠。

getwd()查看工作目錄在哪里，這個(gè)括號(hào)里沒有東西，函數(shù)后面必須跟著括號(hào)盐捷，有些函數(shù)的括號(hào)可以沒有內(nèi)容偶翅，但必須有括號(hào)。

4.7 出現(xiàn)提示信息

沒有關(guān)鍵詞（Error或是Warning）碉渡，說明沒有關(guān)鍵詞聚谁，說明它不關(guān)鍵。檢查是否有Error滞诺，沒有就可以忽略形导。

加載R包經(jīng)常出現(xiàn)的提示。

4.8 進(jìn)一步選擇

遇到R語言問問題习霹，從它提供的答案里挑一個(gè)朵耕，不回答就一直問，后面的代碼無法運(yùn)行

安裝R包是出現(xiàn)：all/some/none? [a/s/n]:

問依賴的包是否需要更新淋叶，a為全部阎曹，s為部分，n為否定煞檩，都不要处嫌。

安裝R包時(shí)經(jīng)常出現(xiàn)的提示。

輸入a/s/n其中的一個(gè)斟湃，按回車