@(Dayueban)[腸道菌群|alpha多樣性|beta多樣性]
導(dǎo)讀
很多時(shí)候我們往往拿著現(xiàn)成的數(shù)據(jù)就開(kāi)始分析了（因?yàn)橛袔熜謳熃愕拇a啊教程芭檗取）吮螺，或者干脆是公司測(cè)序和分析一并搞定，自己只要寫(xiě)paper就好了（往往有很多人連公司給的結(jié)題報(bào)告都看不懂）伏伐。其實(shí)我差不多也是這樣宠进，但是好在我
懸崖勒馬，知道應(yīng)該在會(huì)做的同時(shí)應(yīng)該知道點(diǎn)基本原理的東西（雖然并不懂得什么高大上的算法）
菌群分析的基本點(diǎn)
我是做豬的腸道菌群方面的藐翎，腸道菌群也是生態(tài)學(xué)的范疇材蹬，所以評(píng)判生態(tài)學(xué)的一些指標(biāo)常常運(yùn)用到此，比如最基本的
alpha多樣性阱高，beta多樣性赚导。
alpha多樣性
- alpha多樣性運(yùn)用到腸道菌群分析中，是用來(lái)衡量
個(gè)體內(nèi)菌群的一個(gè)多樣性如何赤惊，注意是單個(gè)個(gè)體吼旧，不涉及個(gè)體間的比較。
beta多樣性
- 而beta多樣性的計(jì)算是為了表征個(gè)體間微生物組成
相似性的一個(gè)指標(biāo)未舟，個(gè)體之間物種的有無(wú)和不一致性通常影響beta多樣性指數(shù)圈暗，當(dāng)然alpha多樣性指數(shù)也會(huì)影響beta多樣性指數(shù)。
一圖看懂
為了言簡(jiǎn)意賅裕膀，我將alpha多樣性和beta多樣性手寫(xiě)了出來(lái)员串，如下圖所示
圖1 alpha-beta多樣性
參考
[1] Sex, Microbes, and Polycystic Ovary Syndrome
