因為繁重的學(xué)業(yè)，已經(jīng)很久沒有更新生信的內(nèi)容了角溃，十分慚愧拷获。近日在本地電腦上運行bismark時，出現(xiàn)了奇奇怪怪的報錯减细，雖然最后的解決辦法是重裝bowtie2匆瓜，但還是記錄一下錯誤類型和在哪里獲取的bowtie2是完好無損的。
【報錯過程】
在進行bismark_genome_preparation步驟時
報錯內(nèi)容
進一步發(fā)現(xiàn)，不是bismark的問題驮吱，而是bowtie2里面bowtie2-build的問題茧妒，在試圖原地解決無效后，我們選擇了用conda卸載和重裝bowtie2
然而左冬，坑人的地方在于桐筏，從conda安裝的bowtie2還是壞的，這讓我懷疑是不是python2的問題【不是】
【解決辦法】
https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/
從該網(wǎng)站下載的bowtie2是最新的拇砰，且是完好的梅忌，該網(wǎng)址是由bowtie2手冊里推薦的
http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml#obtaining-bowtie-2
最后就是把bowtie2添加到環(huán)境里，再source一下bash_profile文件就好了
