前幾天剛剛發(fā)在Small Methods（IF: 14.188）上的文章
1. Temporal Immune Composition in the Heart by Single-Cell RNA Sequencing after MI
Fig 1A：分選了sham和MI后d3 (急性炎癥期)，d7 (急性炎癥期)和d14小鼠 (重構(gòu)期)心臟中的免疫細(xì)胞，進(jìn)行了10x單細(xì)胞測序
Fig 1B：4個時間點的HE染色（MI后3d的小鼠心臟炎癥浸潤這么重的哦？）
Fig 1C：質(zhì)控后得到17932個細(xì)胞塘匣，分為7個群
Fig 1D：七個群的marker基因熱圖丰包，分的還是很開的
Fig 1E：7類免疫細(xì)胞的比例圖褒纲。可以看到d3時巨噬細(xì)胞和單核細(xì)胞數(shù)量和比例達(dá)到最高，d7時T細(xì)胞模孩、B細(xì)胞、中粒細(xì)胞顯著增加贮缅，d14時免疫細(xì)胞比例已恢復(fù)到與Sham沒有明顯差別榨咐，表明疾病的成功控制。
小結(jié)：這些結(jié)果心梗后(days 0–14), 不同時間點心臟浸潤著不同的免疫細(xì)胞亞群谴供，并通過不同的功能對心梗作出反應(yīng)块茁。
2. Defining Cardiac Macrophage Subsets with Distinct Functions at All Time Points
前面的結(jié)果提示，MI各個時期巨噬細(xì)胞都是占比最多的免疫細(xì)胞桂肌。由于巨噬細(xì)胞具有高度異質(zhì)性数焊，作者對單核巨噬細(xì)胞進(jìn)行了重新聚類。
Fig 2A：重新聚類得到了12個cluster（一小群細(xì)胞因為不表達(dá)特異性的基因被去除）崎场，也沒有做注釋佩耳，就直接用數(shù)字命名的。
Fig 2B：每個cluster的特異基因（這個圖谭跨，很熟悉嘛）
Fig 2C：MHCII和Ccr2的表達(dá)干厚，區(qū)分組織原位巨噬還是外周趨化來的巨噬。參考單核巨噬細(xì)胞螃宙。MP1-4群是MHChigh的蛮瞄，四群中只有MP4是低表達(dá)Ccr2的，但是這一群也和MP1一樣表達(dá)很多inflammatory features (Ccl5, Cxcl9, Gpb2, Ly6a, Ly6i, Cfb, etc.)
Fig 2D：12群細(xì)胞的比例和數(shù)量變化谆扎。（??學(xué)習(xí)怎么給每個群講出意義）
可以觀察到Ccr2+巨噬細(xì)胞中挂捅，MP2和MP3在MI后3天出現(xiàn)擴(kuò)增，MP4則在隨后的時間點出現(xiàn)擴(kuò)增(d7)堂湖，提示MHChigh的細(xì)胞群主要起到促炎功能而且在疾病進(jìn)程的不同時間點功能不同籍凝。
MP5和MP6都富集到白細(xì)胞遷移和趨化，但這兩群Ccr2的表達(dá)不同苗缩。高表達(dá)Ccr2的MP5在d3顯著上升饵蒂，提示它是MI后的一個經(jīng)典促炎性細(xì)胞群。而低表達(dá)Ccr2的MP6則展示出更復(fù)雜的功能酱讶，包括抑炎性基因的表達(dá) (Gpnmb和Hmox1)退盯，iron storage相關(guān)基因Ftl以及fatty acid (FA) binding protein 4 (Fabp4)和Fabp5的表達(dá)。這群細(xì)胞在d3時也出現(xiàn)了大量擴(kuò)增。
MP7-10這四個群的MHC和Ccr2的表達(dá)都比較低渊迁，因此可能是組織原位巨噬細(xì)胞慰照。MP7的差異基因富集到protect against host cell damage，而且在d7時出現(xiàn)擴(kuò)增琉朽。MP7特異性表達(dá)編碼抗氧化酶的基因(Sod2和Prdx1)毒租，MP8表達(dá)組織原位巨噬細(xì)胞的marker(Selenop, Mrc1和Cd163)，這一群也是d3時候擴(kuò)增箱叁。MP9和MP10的功能與組織完整性和修復(fù)有關(guān)墅垮，但是MP9表達(dá)angiogenesis的多種基因如Fn1, Slc7a2和Sdc3，MP10則表達(dá)多種膠原相關(guān)基因如Col3a1, Col1a2, Col1a1, Dcn和Bgn耕漱，這一群在MI后d14出現(xiàn)擴(kuò)增算色。
MP11群高表達(dá)細(xì)胞周期和增值基因 (Stmn1, Birc5, Top2a和Ube2c)。
Fig 2E：有趣的是螟够，盡管MP6-9被定義為Ccrlow群 (Fig 2C)灾梦，它們在day3的時候也表達(dá)一定量的Ccr2 (Figure S4E)。最后作者用免疫熒光驗證了Ccr2+巨噬細(xì)胞在MI后3天大量出現(xiàn)妓笙。
3. Dynamic Variation in Macrophage Subsets after MI
為了理解巨噬細(xì)胞的動態(tài)變化若河，作者對幾個MP細(xì)胞群做了擬時序。
Fig 3A：幾個MP cluster的monocle3擬時序寞宫。整體上擬時間軸是從單核細(xì)胞--MHChigh sets--resident-like or postinfarction sets萧福。
Fig 3B：分時間點的monocle圖，也就是把A圖按時間點分開展示淆九。Figure 2D提示在MI的d3 (急性炎癥期)统锤，MP5和6群擴(kuò)增顯著，monocle則可以幫助判斷這兩群細(xì)胞的來源炭庙。由于MP5高表達(dá)Ccr2而且分化軌跡緊挨在單核細(xì)胞后饲窿，所以可能是單核細(xì)胞分化而來。MP6處于分化軌跡的遠(yuǎn)端焕蹄，而且似乎和MP8具有分化關(guān)系逾雄，提示這個細(xì)胞群可能由血液循環(huán)單核和擴(kuò)增的組織原位細(xì)胞群共同分化而來。
Fig 3C：MP1顯示出促炎功能而且主要在正常心臟中存在腻脏，而且在d3時降低鸦泳。MP2和MP3則出現(xiàn)了擴(kuò)增。所以作者做了這三群細(xì)胞的monocle2擬時續(xù)永品，發(fā)現(xiàn)它們可能存在潛在分化關(guān)系做鹰，因此推斷MP2和MP3可能由MP1分化而來，而不是單核鼎姐。
Fig 3D：擬時差異基因和通路富集結(jié)果钾麸。
總結(jié)：d3時MP5和6群出現(xiàn)大量擴(kuò)增更振，擬時序提示這兩群時單核分化而來，功能主要與leukocyte extravasation饭尝，可能參與疾病進(jìn)程肯腕。而d7時候，postinfarction subsets幾乎消失而MP1和4增加钥平，它們都高表達(dá)MHC实撒，提示活化的適應(yīng)性免疫。這個時期炎性細(xì)胞群MP2, 3, 5和6數(shù)量也出現(xiàn)了下降涉瘾，而修復(fù)的細(xì)胞群MP10上升知态，提示組織修復(fù)。
4. Identifying Phase-Specific Molecular Signatures of Macrophages after MI
為了明晰MI下的心臟巨噬細(xì)胞分析變化睡汹，作者做了差異和富集分析肴甸。
Fig 4A B：心臟巨噬細(xì)胞不同時間點的差異分析火山圖和富集分析條圖寂殉。
Fig 4C：計算了趨化評分囚巴，抗原結(jié)合評分和細(xì)胞外基質(zhì)評分，d3巨噬細(xì)胞趨化評分高友扰，d14巨噬細(xì)胞細(xì)胞外基質(zhì)評分高彤叉。
Fig 4D E：查看了一些覺得有意義的基因表達(dá)，免疫熒光做了驗證
5. Neutrophil Subpopulations and Their Dynamic Interactions with Macrophages
6. Subpopulations of Cardiac Lymphocytes and Their Roles in MI
前面都是關(guān)注的巨噬細(xì)胞村怪，F(xiàn)ig 5也分析了一下中性粒細(xì)胞秽浇，以及順帶帶了一下其他細(xì)胞
Fig 5A：中性粒細(xì)胞被重新聚類為3個群
Fig 5B：三個群的比例變化。N1群主要在d3群在甚负，而且表達(dá)多種趨化因子柬焕。
Fig 5C：三群中性粒細(xì)胞的擬時序
Fig 5D：分化軌跡伴隨著age-related genes (Icam1和Cd24a)的表達(dá)增加和一些基因比如Cxcr2和Sell的下調(diào)。
Fig 5E：N3群在軌跡的末端梭域，而且有最高的aging和apoptotic評分斑举，提示它是most aged cluster。
Fig 5F：CellPhoneDB做了中性粒和巨噬的互作分析病涨。結(jié)果提示巨噬與N1和N2的互作增強(qiáng)富玷。
Fig 5G H：T細(xì)胞和B細(xì)胞的重新聚類分群
Fig 5I：B細(xì)胞與巨噬細(xì)胞的互作
7. Suppressing Early Infiltrated M?-5 and M?-6 Attenuates Pathological MI Progression
Fig 6A：d3是MI的急行炎癥期，這個時間點的巨噬出現(xiàn)明顯擴(kuò)增既穆。為了進(jìn)一步探究巨噬細(xì)胞在MI中的作用尋找潛在治療靶標(biāo)細(xì)胞群赎懦，作者對不同巨噬亞群對疾病貢獻(xiàn)得分進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)MP5和MP6在所有巨噬細(xì)胞亞群中貢獻(xiàn)得分最高幻工，提示它們在疾病進(jìn)程中起著重要作用励两。（??這個貢獻(xiàn)度是怎么算的？囊颅？）
Fig 6B：為了探究這群細(xì)胞可否作為MI的干預(yù)靶點当悔，作者使用了丹參酮IIA（丹參中分離出的天然心肌保護(hù)劑）治療MI工三，分離了治療后 不同時間點的小鼠心臟CD45+免疫細(xì)胞，進(jìn)行了單細(xì)胞測序先鱼，和未治療的數(shù)據(jù)進(jìn)行了整合分析俭正。
Fig 6C：丹參酮IIA治療組d3的單核和巨噬細(xì)胞都明顯降低
Fig 6D：MP5和MP6這兩個主要亞群在丹參酮IIA處理后比例顯著下降60%
Fig 6E：免疫熒光驗證兩個細(xì)胞亞群治療后的數(shù)目減少，提示MP5和MP6可能是丹參酮IIA治療的靶點
Fig 6F：丹參酮IIA治療后MP5和MP6的趨化因子表達(dá)明顯降低焙畔，而且MP5群炎癥相關(guān)組織蛋白酶(e.g., Ctsd and Ctsl) 表達(dá)降低掸读，MP6中多功能細(xì)胞因子如Spp1的表達(dá)降低，表明MP5和MP6的細(xì)胞比例和功能基因都有可能成為MI的潛在干預(yù)靶點宏多。
整個文章思路比較常規(guī)儿惫，也是把范圍縮小到某個疾病進(jìn)展關(guān)鍵時期的某個炎性細(xì)胞群，然后給藥物治療伸但，而且也不是特異性阻斷或清除某類細(xì)胞肾请，就是給了個比較公認(rèn)的抗炎藥/心肌保護(hù)藥，跟單細(xì)胞軌跡重建揭示病理性心肌肥厚干預(yù)原則有點像更胖。
