專題匯總
<一> 科學(xué)家發(fā)布生物進(jìn)化與多組學(xué)綜合分析軟件
<二> eGPS開篇與使用示例一
<三> eGPS使用示例二
<三> eGPS使用示例三與其他
<四> 五秒做一個(gè)熱圖你值得擁有
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題外話
熱圖與韋恩圖絕對(duì)是做生物學(xué)研究的兩大常用可視化手段，前者直觀地展示數(shù)據(jù)的值的大小；后者展示若干集合的歸屬關(guān)系辨嗽。這里我們展示一個(gè)高度交互式的韋恩圖模塊锥咸，在各種參數(shù)下的結(jié)果“所見即所得”庆亡。
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一开瞭、韋恩圖的原理
有若干集合，用一圖顯示其交壳澳、差岂贩、并等關(guān)系的圖，即為韋恩圖巷波。通俗地講：交集就是說萎津，你有我有共同有；差集抹镊，你有我沒有锉屈；并集兩者其一有。原理就是這樣髓考，精髓在于你怎么樣把它做出花來(lái)部念。
一般有兩種類型的韋恩圖弃酌，傳統(tǒng)的用各個(gè)圓圈的排布組合所形成的圖形氨菇。還有就是Upset圖，前幾年興起的一種圖形妓湘。當(dāng)顯示的集合數(shù)量過多時(shí)查蓉，前者已經(jīng)不再適用。但是傳統(tǒng)的韋恩圖也有其好處榜贴，2-3個(gè)集合的時(shí)候可以根據(jù)大小顯示豌研，而且其包含、交叉關(guān)系更加直觀唬党。
二鹃共、快速上手：
第一步，打開軟件驶拱，依次點(diǎn)擊菜單欄的 Tools --> Venn diagram 進(jìn)入模塊霜浴。
1. 輸入數(shù)據(jù)
有兩種方式可以輸入數(shù)據(jù)：
第一種是從文件中導(dǎo)入，點(diǎn)擊Import file 按鈕即可彈出對(duì)話框蓝纲。鼠標(biāo)懸停在按鈕上時(shí)可以看到輸入文件應(yīng)該具有的格式阴孟。注意在導(dǎo)入數(shù)據(jù)之前，你需要根據(jù)需要選擇你的內(nèi)容是Single string 還是Genomic regions税迷。
第二種是很方便快捷型的方式永丝，直接在內(nèi)容面板的輸入框中粘貼字符串即可。
如果想看示例數(shù)據(jù)箭养，請(qǐng)直接點(diǎn)擊Display example按鈕慕嚷。
輸入數(shù)據(jù)之后，點(diǎn)擊左側(cè)的Venn plot進(jìn)入可視化界面。
2. 參數(shù)設(shè)置
所有的參數(shù)一目了然喝检。Exporary Analysis 一欄的功能砂心，請(qǐng)看下文的介紹。
點(diǎn)擊上面的 Classical venn plot在顯示傳統(tǒng)的韋恩圖蛇耀。
3. 出圖保存
點(diǎn)擊工具欄上的保存按鈕即可保存辩诞。我們支持png, svg, pdf等格式。
三纺涤、eGPS的優(yōu)勢(shì)
那我們有什么優(yōu)勢(shì)呢译暂？簡(jiǎn)單、方便撩炊、交互式外永！學(xué)習(xí)成本低！
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1. 靈活便捷的數(shù)據(jù)輸入與兩種形式的韋恩圖快速切換
正如標(biāo)題所述拧咳，數(shù)據(jù)輸入與出圖相輔相成伯顶。“所見即所得”骆膝。
2. 不僅支持簡(jiǎn)單的字符串祭衩，還支持基因組區(qū)間
用戶可以在輸入面板中，Content處選擇Genomic region阅签，然后再點(diǎn)擊Display example掐暮，查看該個(gè)功能的效果。
該功能的原理：功能上僅僅是將simple string的字符串中的相等規(guī)則的判定更改政钟。原先是比較兩個(gè)字符串是否內(nèi)容一致路克，現(xiàn)在成了兩個(gè)要比較的區(qū)間是否是overlap。
3. 圖形是高度交互的养交，而不是靜態(tài)的圖片
第一個(gè)選擇框：是否展示左上角的餅圖
餅圖的繪制原理：最內(nèi)部的灰色的圓代表的是所有集合的并集精算。外面的每一圈都代表各個(gè)集合在并集上的分布。從外向內(nèi)的圓環(huán)分別對(duì)應(yīng)從下到上的left bar碎连。
第二個(gè)選擇框：是否展示圖例
第三個(gè)選擇框：是否顯示上面柱子的具體的數(shù)值灰羽。
第一個(gè)按鈕：自適應(yīng)屏幕，當(dāng)改變軟件窗口大小的時(shí)候破花，點(diǎn)此按鈕重新出圖谦趣。
第二個(gè)按鈕：隨機(jī)化所有柱子顏色。
第三個(gè)按鈕：刪除上面為數(shù)值為0的所有柱子座每。
第四個(gè)按鈕：查找元素所在的集合前鹅，若在該個(gè)集合，則會(huì)以選中的形式出現(xiàn)峭梳。
這些操作顧名思義舰绘。
在圖形區(qū)域的交互式操作：
左鍵單擊可以設(shè)置若干元素的選中狀態(tài)蹂喻，支持Ctrl鍵連選。選中后可點(diǎn)擊工具欄上的change color選項(xiàng)改變顏色捂寿。
右鍵單擊圓圈或者豎直的柱子可以星標(biāo)目標(biāo)交集口四。
雙擊豎直的柱子或者圓圈所在的位置可以顯示具體的元素內(nèi)容。
雙擊title與name可以改內(nèi)容秦陋。
傳統(tǒng)韋恩圖可以通過點(diǎn)擊圖例選中目標(biāo)集合蔓彩。
支持交互式拖拽圖形，適合微調(diào)一些視覺元素驳概。
4. 支持探索性分析
探索性分析赤嚼，主要針對(duì)的是如下的需求：假設(shè)導(dǎo)入了N個(gè)集合，用戶想看第1個(gè)與第2個(gè)集合的交集顺又，或者用戶想看第1個(gè)集合中去除第二個(gè)集合元素之后的情況……等等一系列的需求更卒。
在Exporary Analysis一欄中點(diǎn)擊Enable analysis選擇框。啟用探索性分析稚照。
第一步選擇特定集合的使用情況蹂空，這總共有三種情況：與這個(gè)集合的元素取交集、去除這個(gè)集合的元素和不考慮這個(gè)集合果录。
第二步：點(diǎn)擊Add item增加這個(gè)結(jié)果上枕，點(diǎn)擊remove last item去除最后一個(gè)結(jié)果，點(diǎn)擊clear去除所有結(jié)果雕憔。
5. 傳統(tǒng)的韋恩圖根據(jù)大小顯示經(jīng)過優(yōu)化
傳統(tǒng)韋恩圖在2-3個(gè)集合的可視化時(shí)姿骏，我們支持顯示內(nèi)容與集合大小一致糖声。
值得一提的是斤彼，我們?nèi)齻€(gè)集合的這種展示經(jīng)過一定優(yōu)化，可以處理比較多的包含與交叉的關(guān)系蘸泻。
四琉苇、最后
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