ANNOVAR是一個(gè)高效的注釋工具她奥。它從不同的基因組功能注釋基因變異檢測(包括人類基因組hg18、hg19 嗦枢、hg38朗伶、以及鼠、蠕蟲昨稼、酵母等)节视。今天主要解說人類的注釋。經(jīng)過ANNOVAR注釋之后,各變異功能一目了然,便于進(jìn)一步的生物學(xué)分析假栓。
一．下載安裝寻行，數(shù)據(jù)庫準(zhǔn)備
需要注意的是這個(gè)軟件需要edu郵箱注冊(cè)才能下載。
下載的文件為annovar.latest.tar.gz匾荆，解壓之后是以下文件：
-rwxr-xr-x 1 root root 11946 7月 4 23:41 coding_change.pl*
-rwxr-xr-x 1 root root 154465 7月 4 23:41 convert2annovar.pl*
-rwxr-xr-x 1 root root 19121 7月 4 23:49 retrieve_seq_from_fasta.pl*
-rwxr-xr-x 1 root root 32613 7月 4 23:49 table_annovar.pl*
-rwxr-xr-x 1 root root 476 7月 4 23:49 tmp.anno.log*
-rwxr-xr-x 1 root root 21106 7月 4 23:49 variants_reduction.pl*
drwxr-xr-x 2 root root 4096 7月 4 23:41 example/
drwxr-xr-x 3 root root 4096 7月 4 23:49 humandb/</pre>
其中最重要的是humandb的文件夾拌蜘，其中包括人類的數(shù)據(jù)庫，是注釋時(shí)必須的牙丽。
但是很多時(shí)候我們是希望能獲得更多的信息简卧，這就需要我們自己去下載所需的數(shù)據(jù)庫，參考官網(wǎng)提供的數(shù)據(jù)庫列表,套用代碼
#在/.../ANNOVAR/annovar目錄下:
perl annotate_variation.pl -buildver 基因組版本 -downdb 庫名 humandb/</pre>
這里我們下載了以下：
perl annotate_variation.pl -downdb 1000g2015aug humandb -buildver hg38
#-rw-r--r-- 1 u2406 VIP 2.6G Aug 27 2015 hg38_1000g2015aug.zip 解壓得到
#-rwxr-xr-x 1 root root 85M 7月 4 23:49 hg38_SAS.sites.2015_08.txt.idx
#-rwxr-xr-x 1 root root 967M 7月 4 23:49 hg38_SAS.sites.2015_08.txt
#-rwxr-xr-x 1 root root 85M 7月 4 23:45 hg38_EUR.sites.2015_08.txt.idx
#-rwxr-xr-x 1 root root 878M 7月 4 23:45 hg38_EUR.sites.2015_08.txt
#-rwxr-xr-x 1 root root 85M 7月 4 23:45 hg38_EAS.sites.2015_08.txt.idx
#-rwxr-xr-x 1 root root 856M 7月 4 23:45 hg38_EAS.sites.2015_08.txt
#-rwxr-xr-x 1 root root 85M 7月 4 23:42 hg38_AMR.sites.2015_08.txt.idx
#-rwxr-xr-x 1 root root 1.1G 7月 4 23:42 hg38_AMR.sites.2015_08.txt
#-rwxr-xr-x 1 root root 89M 7月 4 23:42 hg38_ALL.sites.2015_08.txt.idx
#-rwxr-xr-x 1 root root 3.2G 7月 4 23:42 hg38_ALL.sites.2015_08.txt
#-rwxr-xr-x 1 root root 87M 7月 4 23:41 hg38_AFR.sites.2015_08.txt.idx
#-rwxr-xr-x 1 root root 1.5G 7月 4 23:41 hg38_AFR.sites.2015_08.txt
perl annotate_variation.pl -downdb -buildver hg38 -webfrom annovar refGene humandb/
#-rwxr-xr-x 1 root root 810K 7月 4 23:49 hg38_refGeneVersion.txt
#-rwxr-xr-x 1 root root 216M 7月 4 23:49 hg38_refGeneMrna.fa
#-rwxr-xr-x 1 root root 19M 7月 4 23:49 hg38_refGene.txt
perl annotate_variation.pl -buildver hg38 -downdb knownGene humandb/
#-rwxr-xr-x 1 root root 327M 7月 4 23:49 hg38_knownGeneMrna.fa
#-rwxr-xr-x 1 root root 37M 7月 4 23:49 hg38_knownGene.txt
#-rwxr-xr-x 1 root root 28M 7月 4 23:49 hg38_kgXref.txt
perl annotate_variation.pl -downdb -buildver hg38 -webfrom annovar gnomad_genome humandb/
#-rwxr-xr-x 1 root root 920M 7月 4 23:49 hg38_gnomad_genome.txt.idx
#-rwxr-xr-x 1 root root 16G 7月 4 23:49 hg38_gnomad_genome.txt
perl annotate_variation.pl -buildver hg38 -downdb cytoBand humandb/
#-rwxr-xr-x 1 root root 45K 7月 4 23:45 hg38_cytoBand.txt
perl annotate_variation.pl -downdb -buildver hg38 -webfrom annovar clinvar_20180603 humandb/
#-rw-r--r-- 1 u2406 VIP 1.3M Jul 9 11:50 hg38_clinvar_20180603.txt.idx
#-rw-r--r-- 1 u2406 VIP 72M Jul 9 11:50 hg38_clinvar_20180603.txt
perl annotate_variation.pl -downdb -buildver hg38 -webfrom annovar avsnp150 humandb/
#-rwxr-xr-x 1 root root 918M 7月 4 23:45 hg38_avsnp150.txt.idx
#-rwxr-xr-x 1 root root 13G 7月 4 23:45 hg38_avsnp150.txt
疑問烤芦，下載代碼可以統(tǒng)一嗎
至此举娩，ANNOVAR軟件的安裝和下載資源庫就結(jié)束了，下面開始介紹軟件的使用方法
Example:
1st#download annotation databases from ANNOVAR or UCSC and save to humandb/ directory
annotate_variation.pl -downdb -webfrom annovar refGene humandb/
annotate_variation.pl -buildver mm9 -downdb refGene mousedb/
annotate_variation.pl -downdb -webfrom annovar esp6500siv2_all humandb/
2ed#gene-based annotation of variants in the varlist file (by default --geneanno is ON)
annotate_variation.pl -buildver hg19 ex1.avinput humandb/
3#region-based annotate variants
annotate_variation.pl -regionanno -buildver hg19 -dbtype cytoBand ex1.avinput humandb/
annotate_variation.pl -regionanno -buildver hg19 -dbtype gff3 -gff3dbfile tfbs.gff3 ex1.avinput humandb/
4#filter rare or unreported variants (in 1000G/dbSNP) or predicted deleterious variants
annotate_variation.pl -filter -dbtype 1000g2014oct_all -maf 0.01 ex1.avinput humandb/
annotate_variation.pl -filter -buildver hg19 -dbtype snp138 ex1.avinput humandb/
annotate_variation.pl -filter -dbtype ljb26_all -otherinfo ex1.avinput humandb/
annotate_variation.pl [arguments] <query-file|table-name><database-location>
Function: annotate a list of genetic variants against genome annotation databases stored at local disk.
convert2annovar.pl [arguments] <variantfile>
Function: convert variant call file generated from various software programs into ANNOVAR input format
ANNOVAR軟件的功能可以分成以下4大類
ANNOVAR是用Perl編寫的，可以在安裝了標(biāo)準(zhǔn)Perl模塊的各種硬件系統(tǒng)上作為獨(dú)立應(yīng)用程序運(yùn)行铜涉。
1. gene-based annotation
分析變異位點(diǎn)對(duì)蛋白質(zhì)的影響智玻，支持多種基因集，包括RefSeq, UCSC, ENSEMBL, GENCODE 等芙代。
2. region-based annotation
分析變異位點(diǎn)是否位于基因組上的特殊區(qū)域吊奢，比如轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合區(qū)域，組蛋白修飾區(qū)等纹烹。
3. Filter-based annotation
分析變異位點(diǎn)是否位于指定的數(shù)據(jù)庫中页滚，比如dbSNP, 1000G，ESP 6500等數(shù)據(jù)庫滔韵，計(jì)算SIFT逻谦，PolyPhen, LRT, MutationTaster, MutationAssessor, FATHMM, MetaSVM, MetaLR等指標(biāo)。
4. other functionalities
從基因組上根據(jù)坐標(biāo)提取序列等小功能陪蜻。
在實(shí)際分析中邦马，主要使用annovar的注釋功能⊙缏簦可以看到滋将，annovar提供了3大類型的注釋，在后續(xù)文章中症昏，會(huì)詳細(xì)講述随闽。
