motif預(yù)測

Homer做motif預(yù)測但壮，用法詳解查homer網(wǎng)站

有兩種情況

1咸包、想看關(guān)注基因的啟動子區(qū)TF預(yù)測

2浦译、想看關(guān)注片段的TF預(yù)測

第一種?看基因

只需要知道基因ID就行了棒假，homer做啟動子預(yù)測的時候是支持一些geneid啊幾種格式的。去NCBI

例如：19820

NCBI查找id

然后建立一個txt文件精盅，里面基因名字寫一列


然后跑下面的就行了

/home/anlei/WORKSPACE/wangwenjing/software/homer_4.1.1/bin/findMotifs.pl geneID.txt mouse out -start -1000 -end 1000

第二種 看關(guān)注片段

用call peak后面的summit.bed文件

軟件是Homer,用法如下

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