Cell Ranger需要在高配置的集群上才可以運行。
將以下三個文件（解壓后的Cell Ranger軟件颇象，測序數(shù)據晶衷，參考基因組）上傳到服務器端沧烈。
屏幕截圖 2024-09-05 092754.jpg
核心命令
export PATH=/work/home/acwnw4bl7y/cellranger-8.0.1/bin:$PATH
cellranger count --id=run_count_1kpbmcs \
--fastqs=/work/home/acwnw4bl7y/pbmc_1k_v3_fastqs \
--create-bam=true \
--localcores=64 \
--localmem=128 \
--sample=pbmc_1k_v3 \
--transcriptome=/work/home/acwnw4bl7y/refdata-gex-GRCh38-2024-A
以下是提交作業(yè)的界面。
image.png
運行結束后
image.png
運行結束后喂击，run_count_1kpbmcs文件下剂癌，多出以下結果。
image.png
filtered_feature_bc_matrix文件下就是Seurat分析需要輸入的三個文件翰绊。
