一些雜志的reference需要使用引文期刊全稱钉赁，而非簡(jiǎn)寫。在此回还，寫一個(gè)程序批量獲取這些信息喇喉。
library(httr)
library(XML)
#endnote中各引文的PMID可以通過設(shè)置自定義output style獲任窬！：設(shè)置只輸出PMID的output style妆距，然后選中引文穷遂，選擇File->export->選擇自定義的output style函匕，導(dǎo)出即可
test<-c(14206420,
1269826,
6893401,
8600391,
8600390,
9704408)
journal_info<-data.frame()
for(i in test){
pmid <- i
url <- paste0("https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pubmed&retmode=xml&id=", pmid, "&rettype=medline")
# 發(fā)送請(qǐng)求
response <- GET(url)
# 解析XML數(shù)據(jù)
doc <- xmlTreeParse(rawToChar(response$content), useInternal = TRUE)
# 尋找期刊全稱和縮寫
journal_titles <- xpathSApply(doc, "http://Journal/Title", xmlValue)
journal_abb<-xpathSApply(doc, "http://Journal/ISOAbbreviation", xmlValue)
# 打印期刊全稱
if (length(journal_titles) > 0) {
cat("期刊全稱:", journal_titles[1], "\n")
} else {
cat("未找到期刊全稱\n")
}
journal_info_sub<-data.frame(title=journal_titles,abb=journal_abb)
journal_info<-rbind(journal_info,journal_info_sub)
}
view(journal_info)
輸出如下圖：
image.png
最后保存的journal_info對(duì)象的內(nèi)容：
image.png
另附一份在endnotes中設(shè)置output style為期刊全稱的教程：https://zhuanlan.zhihu.com/p/348893991
