先來看一下常見的基因組注釋格式
需要特別注意的是徒扶,bed的每一行記錄是左閉右開區(qū)間粮彤,并且以0作為染色體的起始;而gtf的每一行記錄是包括區(qū)間的兩端的,并且以1作為染色體的起始导坟。目前我接觸到的幾種含有位置的文件格式以及基因組瀏覽器中屿良,只知道bed格式是以0開始的。
- 進(jìn)入UCSC惫周,在主菜單欄Tools中選擇Table Brower
- 按照要求輸入尘惧,導(dǎo)出即可
有時在一些站點(diǎn)下載參考基因組,也可以看到gtf, gff文件递递,直接下載也可以系瓢。如果大家有好的方法可以和我討論呀,非常謝謝: )