1. synteny 和 collinearity 用來描述基因組的共線性
synteny 共線性：同源基因在相應染色體上的保留
collinearity 同線性：在synteny的基礎上球恤，要求基因方向的保守性。
2. identity（一致度）和similarity（相似度）這兩個指標來定量描述這兩個序列有多相似
如何定量描述呢荡澎？簡單來說雏搂，就是比較兩條序列相同位置上的殘基是否相同或相似，這些相同或相似的殘基所占的比例驼唱。
怎么判斷兩個堿基或氨基酸是否相似藻茂？——
替換記分矩陣是反映殘基之間相互替換率的矩陣，它描述了殘基兩兩相似的量化關系玫恳。核酸和蛋白質的替換記分矩陣不可混用辨赐。根據表中兩兩比對的得分可知是否相似。
≥0 的得分代表對應的一對氨基酸為相似氨基酸京办，<0 的是不相似的氨基酸
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怎么判斷是在相同位置掀序？——
全局比對，計算在哪個位置插入空格會使得分最大惭婿。（長度相同的兩個序列也要先進行全局比對不恭，可以在兩條序列中都插入空格叶雹，長度不同的也要先全局比對。最后保證序列長度相同即可换吧。）
空位罰分（gap）就是當字母對空位的時候應該得幾分折晦，設置為負值，如-5沾瓦。
則：
- identity ：全局比對中一致字符的個數满着，除以全局比對的長度
- similarity：全局比對中一致字符的個數加相似字符的個數，再除以全局比對的長度
- homology 同源性：來源于共同祖先的相似序列贯莺，只能定性描述风喇，不能定量描述÷铺剑可以說有同源性或無同源性响驴，也可以說同源性性遠，同源性近撕蔼，但不存在同源性百分之多少的說法（但目前有很多人犯這個錯誤）豁鲤。可以用系統(tǒng)進化樹重建的方法進行分類鲸沮，看是否同源琳骡。
Homoeologs are pairs of genes that originated by speciation and were brought back together in the same genome by allopolyploidization. Homoeologs are not necessarily one-to-one or positionally conserved.
