把之前寫在CSDN的博文搬運了過來逗旁，集中記錄自己的學習過程鹅士。

第一次寫博客纺酸，必須mark一下：2018.07.27

sra toolkit是ncbi上將 .sra文件轉(zhuǎn)換為 .fastq.gz文件的工具薪棒。
1.下載/調(diào)用 SRA Toolkit
可以直接在linux里在線下載，要根據(jù)自己的系統(tǒng)選擇合適的安裝版本趁餐。我查看了一下主機的linux為redhat類型，沒找到這個類型的版本篮绰，又去服務(wù)器看了一下其他人的sratoolkit版本后雷，都是centos_linux，因而選擇這個版本應(yīng)該是合適的吠各。

wget  https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.2/sratoolkit.2.9.2-centos_linux64.tar.gz

不清楚版本可將 2.9.2 替換成 current 臀突。
關(guān)于調(diào)用，直接調(diào)用其他用戶路徑下的工具（locate sratoolkit）會顯示permission denied贾漏，顯然是設(shè)置了權(quán)限候学，無法查看和調(diào)用其他用戶home目錄下的東西。
但是問題來了磕瓷，按理說這種常用的軟件公用系統(tǒng)（不知道這個說法對不對盒齿，計算機小白輕噴）里肯定會有念逞，但是我不知道怎么用命令直接調(diào)用。

下載好之后解壓：

 tar xzvf sratoolkit.2.9.2-centos_linux64.tar.gz

解壓縮之后就可以通過絕對路徑使用边翁，但為了以后使用方便翎承，可以直接用程序名調(diào)用，最好配置一下環(huán)境變量符匾。

mv sratoolkit.2.9.2-centos_linux64 ~/local/app/  #移動到指定文件夾
cd ~/local/app/  #進入本地程序安裝路徑
mv sratoolkit.2.9.2-centos_linux64 sratoolkit #去掉版本號是為了避免因升級而需要修改配置文件

此處參考> http://blog.shenwei.me/local-blast-installation/

接下來是添加環(huán)境變量：

vi ~/.bashrc  #用vi/vim編輯器修改bashrc文件
i  #由command line進入insertion line
export PATH=$PATH:/home/urname/local/app/sratoolkit/bin
ESC, :wq  #退出vi編輯器并保存文件
source ~/.bashrc  #讓配置生效

上面是配置永久生效的辦法叨咖，如果只是臨時使用，直接在終端中輸入：

export PATH=$PATH:/home/urname/local/app/sratoolkit/bin

2.從NCBI的SRA庫里下載數(shù)據(jù)
關(guān)于SRA庫的基礎(chǔ)知識啊胶，可以看這里：https://shengxin.ren/article/16
我是跟著 生信技能樹 學習他們的 HiC數(shù)據(jù)分析實戰(zhàn) https://vip.biotrainee.com/d/779-hic 甸各，所以和里面的教程一樣，我也只下載了 SRR824846一個測序結(jié)果集焰坪。
下載數(shù)據(jù)有兩種方法：

wget https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/?run=SRR824846

prefetch SRR824846

本來以為高枕無憂了趣倾，結(jié)果客戶端顯示連接超時了，只能重登重新下載某饰，請教師兄儒恋，學習到了一個讓程序后臺運行的命令nohup，只要服務(wù)器主機沒掉線就行黔漂，即使關(guān)閉了本地終端窗口或者斷網(wǎng)了也可以繼續(xù)執(zhí)行命令诫尽。讓進程后臺運行的命令有好幾種，如nohup/&/disown等炬守，disown是事后補救用的牧嫉，我沒有多了解。一般nohup和&一起用减途。

nohup 命令可以使命令永久的執(zhí)行下去酣藻，和終端沒有關(guān)系，退出終端也不會影響程序的運行观蜗； & 是后臺運行的意思臊恋，但當用戶退出的時候，命令自動也跟著退出墓捻。 那么抖仅，把兩個結(jié)合起來nohup 命令 &這樣就能使命令永久的在后臺執(zhí)行。

nohup prefetch SRR824846 &   

如何查看進程砖第？如果命令正在當前終端運行：

jobs -l  #可以查看當前終端生效的進程

如果已經(jīng)退出撤卢，又打開新的終端：

top  #查看所有用戶的運行進程，也可以看到自己的進程號

ps -ef|grep urname  ##只查看自己的進程記錄

如果要終止后臺運行命令：

kill -9 進程號

又遇到了一個坑梧兼。放吩。在上面修改環(huán)境變量的過程中，我是非常馬虎地把bashrc文件清空后（因為之前只添加了blast的環(huán)境變量羽杰，我也沒仔細看是否還有其他內(nèi)容）渡紫，再添加了新的環(huán)境變量到推。結(jié)果用戶名的位置變成了-bash-4.1$。google了一下原因惕澎， 表明是

沒有執(zhí)行 .bash_profile .bashrc 導(dǎo)致的結(jié)果莉测。

解決辦法：查了一下網(wǎng)上的教程，據(jù)說在 .bash_profile里修改PS1變量就可以了唧喉，但我的問題出在 .bashrc上捣卤，不敢再動 .bash_profile了。我肯定問題出在bashrc文件里八孝，現(xiàn)在要做的就是把bashrc文件恢復(fù)過來董朝，然而我沒有備份…這里要敲黑板，.bashrc .bash_profile等環(huán)境變量設(shè)置文件是很重要的文件干跛，修改不當甚至會無法進入linux系統(tǒng)子姜，所以要謹慎修改并在修改前做好備份！
用系統(tǒng)中存儲的.bashrc備份文件恢復(fù)到~/目錄下

cp /etc/skel/.bashrc ~/

之后退出系統(tǒng)再登錄驯鳖，用戶名路徑就恢復(fù)正常了闲询。

3.文件拆分及格式轉(zhuǎn)換
文件下載完成后放在了home目錄下的ncbi/public/sra 文件夾里久免，可以看到新建了一個SRR824846.sra 文件浅辙。在轉(zhuǎn)換文件格式前要清楚sra文件的數(shù)據(jù)類型，在下載時就能看到其為“paired-end”測序結(jié)果阎姥。二代測序主要有單端測序和雙端測序兩種方式记舆，具體內(nèi)容見：https://vip.biotrainee.com/d/127-paired-end-reads ，以及http://www.bio-info-trainee.com/298.html 呼巴。
使用fastq-dump拆分PE文件時有兩種常用的參數(shù)泽腮，--split-files 和--split-3 ，很奇怪衣赶，查到以下解釋：

--split-spot: 將雙端測序分為兩份,但是都放在同一個文件中
--split-files: 將雙端測序分為兩份,放在不同的文件,但是對于一方有而一方?jīng)]有的reads直接丟棄
--split-3 : 將雙端測序分為兩份,放在不同的文件,但是對于一方有而一方?jīng)]有的reads會單獨放在一個文件夾里

作者：hoptop
鏈接：http://www.reibang.com/p/a8d70b66794c

cd ~/ncbi/public/sra/   #將拆分文件放在sra文件夾里
fastq-dump --split-3 SRR824846   #將雙端測序文件拆分為兩個reads

打開1文件诊赊，得到如圖結(jié)果：

現(xiàn)在還看不太懂