由于軟件的功能限制，一些比對軟件生成的比對文件，如Clustalx的*.aln文件骨稿，可讀性差仪媒，無法滿足高質(zhì)量期刊的要求。因此藤树，在實(shí)際操作過程中浴滴，需要對一些多重序列比對的文件進(jìn)行著色美化。
GeneDoc簡介
GeneDoc是蛋白質(zhì)和DNA序列同源比較的輔助軟件岁钓，它不能對多個(gè)序列以某種算法進(jìn)行自動比較升略，但是能對其他軟件的比較結(jié)果進(jìn)一步處理。如編輯和修改屡限，用亮麗的色彩來區(qū)分相互間序列的同源性品嚣，并輸出各種漂亮的圖形格式。
GeneDoc下載地址：https://github.com/karlnicholas/GeneDoc钧大。
GeneDoc使用
1.導(dǎo)入多重序列比對結(jié)果
GeneDoc可接收多種格式的比對結(jié)果文件翰撑，如 . fas ?.msf ?.aln等格式。這里以 .fas格式（Clustalw比對后導(dǎo)出的fasta格式）為例啊央，具體操作如下圖所示：
導(dǎo)入文件后點(diǎn)擊 Done 眶诈，導(dǎo)入后的界面如下圖所示：
2.美化設(shè)置
點(diǎn)擊Project → Configure 彈出配置界面，這里可以對氨基酸的大小劣挫，每行氨基酸的個(gè)數(shù)册养、顏色以及顯示模式等進(jìn)行設(shè)置。
Configure界面如下：
點(diǎn)擊Project → Edit Sequences List压固，可以修改氨基酸序列的順序或者修改序列名稱球拦。
3.導(dǎo)出
編輯好序列后，下面就是導(dǎo)出圖片了帐我。具體操作為：點(diǎn)擊 Edit → Select Blocks for Copy坎炼，選擇要導(dǎo)出的序列。
然后點(diǎn)一下序列拦键，這樣就選中了全部的序列谣光，整個(gè)背景會變?yōu)楹谏?/p>
然后再點(diǎn)擊 Edit → Copy Select Blocks to → RTF File，即可導(dǎo)出.rtf文件芬为，使用word即可打開該文件萄金。
導(dǎo)出后文件如下：
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