從NCBI下載的sra數(shù)據(jù)需要解壓成fastq文件才能繼續(xù)后面的分析育勺，我一直用fastq-dump軟件。但是最近解壓雙端數(shù)據(jù)出現(xiàn)了報(bào)錯(cuò)：unrecognized option: '--split-3'腹躁。
解壓單端數(shù)據(jù)：
fastq-dump Col.sra
解壓雙端數(shù)據(jù)：
fastq-dump --split-3 Col.sra
代碼很簡單應(yīng)該沒錯(cuò)啊南蓬，找了很久的原因，最后發(fā)現(xiàn)是我裝的默認(rèn)版本fastq-dump v2.10.0有問題烧颖，再安裝一個(gè)老版本fastq-dump v2.9.0就好了窄陡。
/software/sratoolkit.2.9.0-ubuntu64/bin/fastq-dump --split-3 Col.sra
