下載安裝使用框架
Linux環(huán)境下的軟件安裝
linux軟件下載工具
- Conda：可以理解為一個(gè)工具，也是一個(gè)可執(zhí)行命令，其核心功能是包管理與環(huán)境管理。是為 Python 程序創(chuàng)建的疏唾，適用于 Linux，OS X 和Windows函似，也可以打包和分發(fā)其他軟件槐脏。
- Anaconda：Anaconda包含了conda、Python在內(nèi)的超過(guò)180個(gè)科學(xué)包及其依賴(lài)項(xiàng)撇寞。Anaconda利用工具/命令conda來(lái)進(jìn)行package和environment的管理顿天，并且已經(jīng)包含了python和相關(guān)配套工具。
- Miniconda：只含有最基本的內(nèi)容--python,conda蔑担，以及相關(guān)的必須依賴(lài)項(xiàng)牌废，對(duì)于空間要求嚴(yán)格的用戶(hù)，Miniconda是一種選擇啤握。
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Pip：是一個(gè)現(xiàn)代的鸟缕，通用的 python 包管理工具。提供了對(duì) Python 包的查找排抬、下載懂从、安裝、卸載的功能畜埋。
軟件下載工具間的關(guān)系--生信星球
miniconda下載
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使用miniconda進(jìn)行下載和安裝莫绣，在瀏覽器搜索“miniconda 清華”，點(diǎn)擊進(jìn)入miniconda的鏈接
鏡像網(wǎng)站相當(dāng)于主網(wǎng)站的副本悠鞍，conda在國(guó)外对室，而我們?cè)趪?guó)內(nèi)下載時(shí)速度會(huì)慢，從鏡像網(wǎng)站下載咖祭，會(huì)加快下載速度
- 輸入命令
uname -a查看遠(yuǎn)程服務(wù)器是多少位的
由服務(wù)器顯示掩宜，為64-bit（×86_64），可在該鏈接里找到相應(yīng)版本的安裝包么翰，尋找其中的最新版本（latest） -
復(fù)制鏈接
- 進(jìn)入服務(wù)器牺汤，新建biosoft目錄
- 使用命令
wget將鏈接復(fù)制進(jìn)去
注意：在windows在putty中的復(fù)制方式為單擊右鍵，左鍵為復(fù)制浩嫌；sh是腳本檐迟，文件后綴（程序，后臺(tái)代碼）码耐，意為如若安裝失敗追迟，無(wú)需重新下載，仍可用骚腥。
miniconda安裝
- 執(zhí)行命令
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh進(jìn)行安裝敦间，在命令執(zhí)行過(guò)程中，敲入Enter進(jìn)行版權(quán)信息跳過(guò)
-
后面輸入Enter后，如遇yes|no選項(xiàng)廓块，輸入yes
-
安裝成功
- 行使命令
source ~/.bashrc激活conda厢绝，輸入conda檢查是否成功
- 添加鏡像，將代碼復(fù)制到命令行
# 使用清華鏡像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
conda使用
- 使用命令
conda list查看所有軟件列表
- 使用命令
conda search pip带猴，可有信息顯示
- 使用命令
conda install pip -y昔汉，-y參數(shù)是進(jìn)行自動(dòng)安裝；
一般默認(rèn)為安裝最新版本浓利，如果要下載特定版本添加特定版本號(hào)挤庇，命令為conda install pip=9.0.1-
使用命令conda install fastqc -y，在鏡像中下載fastqc
- 使用命令
conda remove pip -y卸載軟件
其他問(wèn)題
- 使用命令
conda info --envs查看當(dāng)前conda的環(huán)境贷掖；所標(biāo)出的部分顯示嫡秕，目前只有一個(gè)conda環(huán)境
- 處理轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)前，先新建一個(gè)conda環(huán)境苹威，命名為rnaseq昆咽；指定版本為python3，同時(shí)安裝fastqc牙甫、trimmomatic.使用命令
conda create -n rnaseq python=3 fastqc trimmomatic -y
- 仍用命令
conda info --envs查看conda環(huán)境
- 使用
conda activate rnaseq激活新的conda環(huán)境,*會(huì)轉(zhuǎn)移到rnaseq前面
如若下載fastqc掷酗，輸入命令fastqc會(huì)顯示幫助信息，說(shuō)明成功安裝并可使用
P.S.
/home/bio07/tmp
.................../biosoft/miniconda3
.................../miniconda3/envs/rnaseq
