整理：王采荷
一傅物、下載同一種屬不同species下的微生物16S rDNA
使用NCBI網(wǎng)站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
- 選擇
nucleotide，搜索框輸入"Reckettsia 16S"
圖一
- 網(wǎng)頁(yè)下拉可以看到不同species的16S ribosomal RNA gene，把這些都選上
圖二
- 將選中的這些序列都導(dǎo)出來(lái)，命名為Rickettsia 16S荐开，由于導(dǎo)出后是txt文件，將后綴改為.fasta格式晃听，才能導(dǎo)入MEGA-X軟件
圖三
二能扒、MEGA-X軟件進(jìn)行序列比對(duì)及初步構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)
- 打開(kāi)MEGA-X軟件，沒(méi)有下載的可以前往軟件網(wǎng)站：https://www.megasoftware.net/ 進(jìn)行下載安裝初斑。
圖四
- 打開(kāi)軟件，導(dǎo)入上述步驟下載好的幾個(gè)測(cè)試數(shù)據(jù)
圖五
- 彈出對(duì)話框之后砂竖，選擇"Align"
圖六
- 選擇比對(duì)方法鹃答，這里我選擇
MUSCLE，會(huì)出現(xiàn)一些參數(shù)選項(xiàng)测摔，根據(jù)自己需要進(jìn)行修改，在這里直接點(diǎn)擊OK選擇默認(rèn)參數(shù)即可浙于。
圖七
- 比對(duì)后挟纱，將比對(duì)結(jié)果導(dǎo)出生成meg文件
圖八
- 序列比對(duì)完成后，接下來(lái)就是構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)了整慎，回到MEGA-X的主界面围苫，點(diǎn)擊PHYLOGENY
圖九
- 計(jì)算一段時(shí)間后，就能出現(xiàn)構(gòu)建的tree圖
圖十
三拧揽、總結(jié)
以上就是對(duì)如何根據(jù)自己分離或者從文章中獲得的某種微生物16S序列，想要獲得近緣物種的進(jìn)化關(guān)系淤袜，可以初步參考以上的文案。
還可以用R語(yǔ)言包以及其他軟件來(lái)對(duì)進(jìn)化樹(shù)進(jìn)行可視化铡羡，如ggtree包，在線網(wǎng)站iTOL(https://itol.embl.de/)尽爆、EvolView(http://www.evolgenius.info/evolview/)
