不管是STAR，還是RSEM拷淘，都是第一次使用各墨，所以在使用過程中難免摸著石頭過河，犯了各種錯(cuò)誤启涯。
接下來是使用RSEM過程中遇到的一個(gè)小錯(cuò)誤和解決辦法贬堵，記錄下來，加深印象结洼。
一扁瓢，錯(cuò)誤的RSEM命令
rsem-calculate-expression --paired-end -no-bam-output --alignments -p 8 star_Aligned.sortedByCoord.out.bam RSEM_index RSEM_prefix
二，具體的報(bào)錯(cuò)命令
三补君，思路
錯(cuò)誤顯示：SAM/BAM使用的參考序列只有25條引几，少于RSEM已知的246599。上網(wǎng)搜了一下解決方法挽铁，有方法說讓重新比對(duì)伟桅。
RSEM已知的246599，數(shù)值這么巨大叽掘，肯定不是染色體楣铁，可能是轉(zhuǎn)錄本。在RSEM的命令里更扁，bam文件里的chr列是染色體盖腕，則說明，在最開始的RSEM的命令中浓镜，用錯(cuò)了bam文件溃列。
四，解決方法
第一步
STAR比對(duì)過程中膛薛，用：--quantMode TranscriptomeSAM 參數(shù) 听隐，獲得Aligned.toTranscriptome.out.bam。如圖所示哄啄，該bam文件第三列為轉(zhuǎn)錄本：
第二步
rsem-calculate-expression --paired-end -no-bam-output --alignments -p 8 star_Aligned.toTranscriptome.out.bam RSEM_index RSEM_prefix
