Linux環(huán)境下的軟件安裝
一刺彩、Linux的App Store——CONDA
什么是CONDA?
- conda是大BOSS，最初為管理Python包而建立押桃，它是一個(gè)大的涵蓋許多領(lǐng)域的軟件包管理器创坞。
- anaconda是總管府寒，職務(wù)比conda低，但干的活不少伤提，也是個(gè)有內(nèi)涵的家伙巫俺。
- miniconda是區(qū)域經(jīng)理，說白了就是干事的肿男，而且比較專一介汹，主要負(fù)責(zé)生信領(lǐng)域。（生信星球）
- conda是一個(gè)開源的軟件包管理系統(tǒng)和環(huán)境管理系統(tǒng)舶沛，用于安裝多個(gè)版本的軟件包及其依賴關(guān)系嘹承，并在它們之間輕松切換。（百度百科）
二如庭、CONDA的下載及安裝
step1：查看自己服務(wù)器是多少位的：輸入命令uname -a叹卷。
step2：網(wǎng)頁搜索“miniconda清華”（是清華的conda鏡像）。
step3：安裝python3.6對應(yīng)的版本坪它，右鍵復(fù)制下載鏈接骤竹。
step4：進(jìn)入服務(wù)器下biosoft目錄，用到'wget'命令往毡，
wget 剛才復(fù)制的鏈接蒙揣。
（ps：[for Window]請記住這里的粘貼不是ctrl+c和ctrl+V了，選中开瞭，鼠標(biāo)左鍵點(diǎn)一下是復(fù)制懒震，右鍵點(diǎn)一下是粘貼；
[for Mac]直接cmd + c 復(fù)制惩阶，cmd + v粘貼）
step5：安裝conda挎狸，用到'bash'命令，bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh断楷。
step6：之后無限enter锨匆，遇到y(tǒng)es or no都輸入yes直到出現(xiàn)下圖則安裝成功。
step7：激活conda輸入
source ~/.bashrc然后再輸入conda測試運(yùn)行冬筒。
編碼前面出現(xiàn)的
(base)想要去掉則輸入conda deactivate
step8：添加鏡像恐锣。
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels defaults
conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda
#清華鏡像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
#USTC
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
ps: 查看channels: conda config --get channels
移除某個(gè)channels：conda config --remove channels
三、CONDA的使用
step1：檢查已安裝軟件舞痰，輸入conda list土榴。
step2：搜索軟件fastqc（是一個(gè)數(shù)據(jù)質(zhì)控軟件）輸入
conda search 軟件名。
step3：安裝軟件响牛，輸入
conda install 軟件名 -y(加上-y是自動(dòng)安裝的意思）玷禽。
默認(rèn)安裝最新版本赫段，但是有的軟件新版本bug比較多，可能需要用到老版本
如果要指定版本號(hào)矢赁，可以conda install 軟件名=0.11.7 -
step4：卸載軟件糯笙，輸入
conda remove 軟件名 -y。
四撩银、CONDA環(huán)境
什么是CONDA環(huán)境给涕？
生信實(shí)戰(zhàn)中，需要分析轉(zhuǎn)錄組额获、基因組組裝够庙、重測序等多個(gè)項(xiàng)目。
每一個(gè)項(xiàng)目都需要不同的軟件抄邀，另外軟件之間的結(jié)合也是需要版本要求的耘眨，比如A項(xiàng)目你需要用a軟件V 1.0版本，但是處理B項(xiàng)目又需要用到a軟件的V 1.5版本撤摸，怎么辦毅桃？
--別想了，辦法就是分身Ｗ家摹钥飞！按照你的項(xiàng)目，定制不同的分身衫嵌，安裝不同的軟件读宙，互不干擾。這個(gè)分身就是不同的“conda environment”楔绞。(生信星球)
step1：查看當(dāng)前的conda環(huán)境有什么结闸？輸入conda info --envs。
step2：若要處理轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)酒朵，先建立一個(gè)名字是rnaseq的conda環(huán)境然后指定Python版本是3桦锄，安裝軟件fastqc、trimmomatic蔫耽，輸入conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y结耀。
step3：檢查新環(huán)境并激活，輸入conda activate rna-seq匙铡。
step4：輸入fastqc嘗試運(yùn)行图甜。
五、卸載CONDA
輸入rm -rf ~/miniconda3
六鳖眼、今日學(xué)習(xí)總結(jié)
什么是鏡像黑毅？
所謂鏡像文件其實(shí)和ZIP壓縮包類似，它將特定的一系列文件按照一定的格式制作成單一的文件钦讳，以方便用戶下載和使用矿瘦，例如一個(gè)測試版的操作系統(tǒng)枕面、游戲等。鏡像文件不僅具有ZIP壓縮包的“合成”功能匪凡，它最重要的特點(diǎn)是可以被特定的軟件識(shí)別并可直接刻錄到光盤上膊畴。其實(shí)通常意義上的鏡像文件可以再擴(kuò)展一下掘猿，在鏡像文件中可以包含更多的信息病游。比如說系統(tǒng)文件、引導(dǎo)文件稠通、分區(qū)表信息等衬衬，這樣鏡像文件就可以包含一個(gè)分區(qū)甚至是一塊硬盤的所有信息。使用這類鏡像文件的經(jīng)典軟件就是Ghost改橘，它同樣具備刻錄功能滋尉，不過它的刻錄僅僅是將鏡像文件本身保存在光盤上，而通常意義上的刻錄軟件都可以直接將支持的鏡像文件所包含的內(nèi)容刻錄到光盤上飞主。（百度百科）
