如果在運(yùn)行分子動(dòng)力學(xué)的時(shí)候，軌跡文件的步長(zhǎng)設(shè)置的太短进陡，或者輸出文件輸出的太頻繁，這樣會(huì)導(dǎo)致生成的nc文件非常大微服，此時(shí)可以對(duì)軌跡進(jìn)行處理趾疚，提取比較少的幀。
1 假設(shè)軌跡文件共有8000幀以蕴，從第一幀到第八千幀糙麦，每4幀提取一幀。以DNA納米管為例丛肮，加入其起始的拓?fù)湮募閑nd.prmtop赡磅，跑出來的軌跡文件為prod.nc（共8000幀）。
（1）對(duì)軌跡進(jìn)行處理：（并且將軌跡文件里的）
>parm end.prmtop
>trajin prod.nc 1 8000 4 （意思是讀取第一幀到第8000幀宝与，并且只是每四幀讀取一次）
>trajout prod_new.nc nc
>go (此時(shí)會(huì)生成一個(gè)新的軌跡文件prod_new.nc焚廊，共兩千幀)
>strip :WAT,SOL（除去軌跡文件中殘基為WAT和EOL的殘基）（strip空格:WAT, SOL）
>trajout prod_new_no_solvent.nc nc
>go（此時(shí)會(huì)生成一個(gè)新的軌跡文件，prod_new_solvent.nc习劫，共2000幀咆瘟，且沒有溶劑，也就是乙醇和水）
>quit
（2）新生成的沒有溶劑的軌跡文件由于沒有乙醇分子和水分子诽里，因此原子數(shù)目肯定和end.prmtop不匹配搞疗，因此我們要生成一個(gè)新的prmtop文件，可以按照下列方法進(jìn)行
>parm end.prmtop
>parmstrip :WAT,SOL
（>parmbox nobox）（這一步我們不用，因?yàn)楹凶舆€是要的）
>parmwrite out end_new.prmtop
>go
>quit
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