一文解決 | Linux（Ubuntn）系統(tǒng)安裝 | 硬盤掛載 | 用戶創(chuàng)建 | 生信分析配置

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本期教程

獲得本期教程文本文檔砸抛，在后臺回復(fù)：20240724摧阅。請大家看清楚回復(fù)關(guān)鍵詞棺耍，每天都有很多人回復(fù)錯誤關(guān)鍵詞摆霉，我這邊沒時間和精力一一回復(fù)。

往期教程部分內(nèi)容

寫在前面

在此文中伴嗡，我們盡快可能給出一套全網(wǎng)最全的教程。目標是解決新手小白同學(xué)查資源的困惑和難題从铲。

但是瘪校，每個童鞋遇到的問題不一樣，此教程也不可能把你遇到的每個問題都歸納在其中名段。

我們也希望阱扬，大家可以在留言區(qū)進行補充，最終形成一個完整的教程文檔吉嫩。

1. 制作啟動盤

對于制作啟動盤的工具更多价认，我們這里只是進行介紹我們本次安裝時所使用到的工具，其余的工具自娩，大家可以結(jié)合自己實際情況而定用踩。

1.1 使用rufus制作啟動盤

軟件下載網(wǎng)址：https://github.com/pbatard/rufus/releases/download/v4.5/rufus-4.5.exe(點擊下載)

http://rufus.ie/downloads

1.2. 點擊打開`rufus-4.5.exe`

1.3. Ubuntu系統(tǒng)的下載

下載網(wǎng)址：

https://cn.ubuntu.com

1.3.1 Ubuntu桌面版下載

下載鏈接：https://releases.ubuntu.com/24.04/ubuntu-24.04-desktop-amd64.iso

1.3.2 Ubuntu服務(wù)器版本下載

https://cn.ubuntu.com/download/server/thank-you?version=24.04&architecture=amd64

下載對應(yīng)的版本即可

ubuntu官方也給對應(yīng)的安裝教程，科研進行參考忙迁。

https://ubuntu.com/tutorials/install-ubuntu-server#3-boot-from-install-medi

直接點擊鏈接：https://ubuntu.com/tutorials/install-ubuntu-server#3-boot-from-install-media

1.3.3 Ubuntu系統(tǒng)下載

若是在官網(wǎng)下載速度很慢脐彩，可以在清華源下載，下載https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu-releases/14.04/ubuntu-14.04.6-desktop-amd64.iso

# 網(wǎng)址：
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu-releases/14.04/

1.4. 使用rufus制作啟動盤

需要使用8G的U盤進行制作姊扔。

1.4.1 插上U盤惠奸，打開軟件

1.4.2 選擇系統(tǒng)鏡像

1.4.3 進行制作

以上操作完成后，軟件中其他設(shè)置默認即可恰梢。

點擊“開始”

1.4.4 完成后佛南，文件夾中獲得一下信息

2. 開始安裝

進入系統(tǒng)BIOS進行安裝，結(jié)合自己的電腦進入BIOS的快捷鍵嵌言，進入嗅回。我們這里不在介紹。

進入BIOS摧茴，使用直接點擊使用U盤安裝即可绵载，后面等在安裝結(jié)束。以及設(shè)置相關(guān)的信息，結(jié)束后娃豹，直接重啟即可焚虱。

2.1 安裝

過一會兒，您應(yīng)該會看到如下顯示在屏幕上內(nèi)容懂版。

2.2 設(shè)置語言

after the boot messages appear, a ‘Language’ menu will be displayed.

2.3 選擇正確的鍵盤布局

默認即可

2.4 選擇安裝

在這里鹃栽，小杜建議選擇“直接安裝”

2.5 網(wǎng)絡(luò)設(shè)置

安裝程序?qū)⒆詣訖z測并嘗試通過DHCP配置任何網(wǎng)絡(luò)連接。

2.6 磁盤設(shè)置

我們建議使用一個空的磁盤作為系統(tǒng)盤定续，因此谍咆，直接默認相關(guān)參數(shù)即可禾锤。（以下圖片不是我們安裝過程中看到的圖片私股，直接默認參數(shù)即可）

2.7 分區(qū)設(shè)置

默認參數(shù)。

2.8 確認

2.9 建立服務(wù)器信息

軟件現(xiàn)在正在磁盤上安裝恩掷，但是安裝程序需要更多的信息倡鲸。Ubuntu Server 需要至少有一個已知的系統(tǒng)用戶和一個主機名。用戶還需要一個密碼黄娘。

2.10 安裝軟件或更新

在安裝過程中峭状，可能會設(shè)置安裝軟件，或更新逼争。

我們建議在安裝過程中优床，不選擇更新選項，可能會無法下載或更新誓焦，導(dǎo)致安裝失敗胆敞。

安裝完成后，重啟即可杂伟。到這里移层，Linux系統(tǒng)的安裝就完成了，與正常的Windows系統(tǒng)安裝一樣赫粥。

3. 使用Xshell連接

3.1 安裝后观话，我們可以直接只用局域網(wǎng)進行連接操作。

網(wǎng)址：

https://www.xshell.com/zh/xshell/

Xshell可以下載免費授權(quán)版越平。

https://www.xshell.com/zh/xshell-download/

點擊下載：

3.2 使用局域網(wǎng)

我們在安裝時频蛔，會出現(xiàn)自動配置網(wǎng)絡(luò)，此網(wǎng)段即時局域網(wǎng)IP秦叛』尴或使用ifconfig進行查看。

ifconfig

連接時书闸，就使用我們設(shè)置的賬戶和密碼登錄即可尼变。

端口若是沒有改變，一般默認是22。

4. 查看CUP信息和內(nèi)存大小

4.1 查看CUP信息

lscpu

或

cat /proc/cpuinfo

4.2 查看內(nèi)存信息

cat /proc/meminfo

free -h

4.3 查看硬盤

lsblk

其中嫌术，sdb1是我掛載的硬盤哀澈。

lsblk -f                                    # 查看是否掛載

lsblk -p -o NAME,SIZE,TYPE,MOUNTPOINT       # 查看有幾個分區(qū)

4.4 查看硬盤大小

fdisk -l | grep Disk

5. 磁盤掛載

我們的數(shù)據(jù)盤和系統(tǒng)盤是分開的，因此度气，需要進行磁盤的掛載割按。以及，我們需要將掛載磁盤設(shè)置為開機自動掛載磷籍。

以下命令适荣，需要使用sudo進行操作吠式，也可以直接在root用戶下進行劳秋。

5.1 查看分區(qū)

sudo fdisk -l

5.2 創(chuàng)建掛載目錄文件夾

我一般是掛載/home/目錄下足陨，有的教程也掛載在/mnt/目錄下力奋。(在root用戶下進行操作)

mkdir /home/Data

新的硬盤需要進行分區(qū)和格式化揉抵，若是已經(jīng)做過分區(qū)屈留，或是硬盤中已有數(shù)據(jù)桨嫁，可以直接進行掛載宫纬，掛載后强法，數(shù)據(jù)依舊存在万俗。

5.3 分區(qū)

fdisk /dev/sdb

輸入n表示建立新的分區(qū)。

默認是p饮怯，表示主分區(qū)闰歪。e為擴展分區(qū)

Partition number(1-4)時，１表示只分一個區(qū)蓖墅。

在Command (m for help)提示符后面輸入p库倘，顯示分區(qū)表。

5.4 格式化

將分區(qū)/dev/sdb1格式化為ext4文件系統(tǒng)：

mkfs -t ext4 /dev/sdb1

5.5 將分區(qū)掛載到/home/Data

mount -t ext4 /dev/sdb1 /home/Data

6. 開機自動掛載

我們上一步已經(jīng)將硬盤掛載/home/Data目錄下置媳，現(xiàn)在進行自動掛載操作于樟。

6.1 查詢掛載硬盤UUID

sudo blkid /dev/sda2

輸出結(jié)果：

$ sudo blkid /dev/sdb
/dev/sda2: UUID="add1d12b-feb0-4243-9540-87d1c109f553" BLOCK_SIZE="4096" TYPE="ext4" PARTUUID="7c0dc869-2a6a-4594-b2c2-4d132c6afb15"

UUID="add1d12b-feb0-4243-9540-87d1c109f553"即是我們需要的信息。

6.2 修改/etc/fstab文件

vim /etc/fstab

在文檔末尾添加裹在磁盤的信息拇囊。

格式為:
[UUID=************] [掛載磁盤分區(qū)]  [掛載磁盤格式]  0  2
#-------
UUID=a090b7e2-a47d-443f-a063-671d83a03473 /home/Data ext4 defaults 0 2

第一個數(shù)字：0表示開機不檢查磁盤迂曲，1表示開機檢查磁盤；

第二個數(shù)字：0表示交換分區(qū)寥袭，1代表啟動分區(qū)（Linux）路捧，2表示普通分區(qū)

掛載的分區(qū)是磁盤格式為ext4

ok!到這里，磁盤自動掛載就完成了传黄！我們的磁盤會隨著的系統(tǒng)啟動杰扫，自動掛載。

6.3 磁盤的卸載

使用umount命令用于卸載磁盤膘掰。

umount /home/Data

相關(guān)參數(shù)：

參數(shù)：

-a 卸除/etc/mtab中記錄的所有文件系統(tǒng)章姓。

-h 顯示幫助佳遣。 -n 卸除時不要將信息存入/etc/mtab文件中。

-r 若無法成功卸除凡伊，則嘗試以只讀的方式重新掛入文件系統(tǒng)零渐。

-t<文件系統(tǒng)類型> 僅卸除選項中所指定的文件系統(tǒng)。

-v 執(zhí)行時顯示詳細的信息系忙。

-V顯示版本信息诵盼。

7. Ubuntu在指定路徑下創(chuàng)建用戶

這一步目的是減少儲存不夠用的情況，我直接將用戶掛載到磁盤中银还，此用戶可以隨意使用磁盤风宁，直至這塊磁盤滿盤為止。

以下操作蛹疯，在root用戶中進行戒财。

7.1 新建用戶

useradd -d /home/Data/Bioinfo -m -s /bin/bash Bioinfo

/home/Data/:路徑
Bioinfo：用戶名
shell指定:/bin/bash

7.2 修改用戶密碼

passwd Bioinfo

7.3 將用戶設(shè)置成管理權(quán)限（此設(shè)置慎重）

#將新用戶添加到sudo組：如果你想讓新用戶具有管理員權(quán)限，可以將其添加到sudo組
sudo usermod -aG sudo newuser

7.4 檢查用戶權(quán)限

sudo -l -U newuser

7.5 修改用戶權(quán)限

可以使用chmod命令來修改用戶對文件或目錄的權(quán)限苍苞。例如固翰，要將/var/www/html目錄的所有權(quán)轉(zhuǎn)移給新用戶狼纬，可以運行以下命令：

sudo chown -R newuser:newuser /var/www/html

7.6 修改文件權(quán)限

可以使用chmod命令來修改文件或目錄的權(quán)限羹呵。例如，要將/var/www/html/index.html文件的所有者賦予新用戶疗琉，可以運行以下命令：

sudo chown newuser /var/www/html/index.html

以上操作基本將我們的用戶設(shè)置完成了冈欢。

8. 用戶權(quán)限設(shè)置

我們這里單獨使用一小節(jié)，介紹設(shè)置用戶和權(quán)限盈简。原文鏈接：https://blog.csdn.net/qq_43116031/article/details/133858239凑耻，作者已經(jīng)在原文中介紹很詳細了，我們這里直接引用過來柠贤。

8.1 sudo

sudo（Super User Do）是在Linux和Unix系統(tǒng)中用于執(zhí)行具有超級用戶（root）權(quán)限的命令的命令香浩。它允許普通用戶以特權(quán)身份運行特定命令，通常需要輸入密碼以確認其身份臼勉。

sudo 是一種安全的方式邻吭，用于限制哪些用戶可以執(zhí)行特權(quán)操作，以減少潛在的系統(tǒng)損害宴霸。通常囱晴，只有系統(tǒng)管理員或有需要的用戶才能使用 sudo。

以下是一些 sudo 命令的常見用法：

以超級用戶（root）身份運行單個命令：

例如瓢谢，要以超級用戶權(quán)限安裝軟件畸写，你可以運行：

sudo apt-get install package_name

切換到超級用戶（root）模式：

sudo -i

這將打開一個新的Shell會話，將以超級用戶身份運行所有命令氓扛。要退出超級用戶模式枯芬，只需輸入exit。

編輯系統(tǒng)文件：

sudo nano /etc/file_to_edit

這將以超級用戶權(quán)限使用文本編輯器打開文件以進行編輯。你可以使用 vim千所、nano 或其他文本編輯器翅楼。

管理系統(tǒng)服務(wù)

sudo systemctl start|stop|restart service_name

這將啟動、停止或重啟特定系統(tǒng)服務(wù)真慢。

管理用戶和組：

sudo useradd new_username
sudo userdel existing_username
sudo usermod -aG group_name username

8.2 useradd

useradd命令來創(chuàng)建新用戶毅臊，但它不會自動為用戶分配home目錄或設(shè)置密碼。以下是使用 useradd 命令創(chuàng)建用戶的基本語法：

sudo useradd [options] username

以下是一些常用的useradd選項：

-m：自動為用戶創(chuàng)建家目錄黑界。
-s：指定用戶的默認Shell管嬉。例如，-s /bin/bash 會將用戶的默認Shell設(shè)置為Bash朗鸠。
-G：指定用戶要加入的附加組蚯撩。多個組可以用逗號分隔。
-d：指定用戶的家目錄路徑烛占。
-p：指定用戶的加密密碼胎挎。密碼通常使用 passwd 命令設(shè)置，而不是直接在 useradd 命令中指定密碼忆家。

8.3 passwd

passwd是一個用于更改用戶密碼的命令犹菇，或者具有管理員權(quán)限的用戶可以更改其他用戶的密碼。以下是 passwd 命令的一些常見用法：

更改當前用戶的密碼：
用戶可以使用 passwd 命令來更改自己的密碼芽卿。在終端中揭芍，只需鍵入：

passwd

然后按照提示輸入當前密碼，然后輸入新密碼兩次卸例。

更改其他用戶的密碼：
如果有管理員權(quán)限称杨，可以使用passwd命令來更改其他用戶的密碼。在終端中筷转，使用以下命令：

sudo passwd username

其中 username 是要更改密碼的用戶的用戶名姑原。然后按照提示輸入新密碼兩次。

強制用戶更改密碼
如果需要強制用戶在下次登錄時更改密碼呜舒，使用以下命令：

sudo passwd -e username

這將使用戶的密碼在下次登錄時過期锭汛，用戶將被要求立即更改密碼。

查看用戶密碼策略：
使用以下命令來查看密碼策略的詳細信息：

sudo chage -l username

這將顯示密碼過期日期阴绢、最小和最大密碼年齡等信息店乐。

鎖定用戶賬戶
使用以下命令來鎖定用戶賬戶，使用戶無法登錄：

sudo passwd -l username

要解鎖用戶賬戶呻袭，使用以下命令：

sudo passwd -u username

8.4 chmod

chmod用于更改文件或目錄權(quán)限的命令眨八。用來分配或更改文件的訪問權(quán)限，以確定哪些用戶或用戶組可以讀取左电、寫入或執(zhí)行文件廉侧。

chmod命令可以通過符號模式或八進制模式進行操作页响。以下是一些常見的chmod命令用法：

符號模式：

添加權(quán)限：

chmod +[權(quán)限] [文件名]

例如，要添加執(zhí)行權(quán)限給文件 file.txt段誊，可以使用：

chmod +x file.txt

刪除權(quán)限：

chmod -[權(quán)限] [文件名]

例如闰蚕，要刪除寫入權(quán)限從文件 file.txt，可以使用：

chmod -w file.txt

設(shè)置權(quán)限：

chmod [權(quán)限] [文件名]

例如连舍，要將文件 file.txt 的權(quán)限設(shè)置為讀取和寫入没陡，可以使用：

chmod rw file.txt

同時設(shè)置多個權(quán)限：

chmod [權(quán)限1][權(quán)限2] [文件名]

例如，要為文件 file.txt 設(shè)置讀取和執(zhí)行權(quán)限索赏，可以使用：

chmod rx file.txt

八進制模式:

分配權(quán)限：

chmod [八進制權(quán)限] [文件名]

在八進制模式中盼玄，每個權(quán)限都用數(shù)字表示，如下所示：

4：讀權(quán)限
2：寫權(quán)限
1：執(zhí)行權(quán)限

例如潜腻，為了將文件 file.txt 的權(quán)限設(shè)置為讀取和寫入權(quán)限埃儿，可以使用：

chmod 600 file.txt

8.5 chown

chown用于更改文件或目錄的所有者和組的命令。分配文件的所有者（user）和組（group）權(quán)限融涣。以下是一些常見的 chown 命令用法：

更改所有者：

sudo chown [新用戶] [文件名/目錄名]

新用戶是要將文件或目錄的所有權(quán)分配給的用戶名童番。
例如，要將文件 file.txt 的所有權(quán)更改為用戶 newuser威鹿，可以使用：

sudo chown newuser file.txt

更改組：

sudo chown :[新組] [文件名/目錄名]

新組是要將文件或目錄的組權(quán)限分配給的組名剃斧。
例如，要將文件 file.txt 的組權(quán)限更改為組 newgroup专普，可以使用：

sudo chown :newgroup file.txt

更改所有者和組：

sudo chown [新用戶]:[新組] [文件名/目錄名]

新用戶:是新的文件或目錄所有者的用戶名悯衬。
新組:是新的文件或目錄組的組名。

例如檀夹，要將文件file.txt的所有者更改為newuser并將組更改為newgroup，可以使用：

sudo chown newuser:newgroup file.txt

遞歸更改權(quán)限：
遞歸地更改目錄及其子目錄中的文件的所有者和組策橘，可以使用-R或--recursive選項：

sudo chown -R [新用戶]:[新組] [目錄名]

例如炸渡，要遞歸地將目錄mydir及其所有子目錄中的文件的所有者和組設(shè)置為newuser和 newgroup，可以使用：

sudo chown -R newuser:newgroup mydir

請小心使用chown命令丽已，確保有足夠的權(quán)限來更改文件或目錄的所有者和組蚌堵。通常，只有系統(tǒng)管理員或文件的所有者應(yīng)具有更改所有者和組的權(quán)利沛婴。

9. 配置生信分析環(huán)境

生信環(huán)境的配置吼畏，是我們進入生信分析門檻前的最后一步，若是沒有這邊嘁灯，前面做的工作白做泻蚊，后續(xù)的想做的工作無法進行。

我們這里使用的是Bioinfo Note社群中丑婿，@九筒同學(xué)的教程性雄，這個教程他在23日剛做了更新没卸，比較全面，我們就直接引用他的教程即可秒旋。若是這個教程约计，無法滿足您的需求，那么你也可以繼續(xù)查找其他的教程迁筛，在網(wǎng)上一搜索煤蚌，會有很多個教程。

教程網(wǎng)址：https://www.yuque.com/jiutong-3byul/jiutong/imcg0lxd6zg5s39a?singleDoc#

教程作者：@九筒

9.1 升級組件

# 解決90%問題
sudo apt update
sudo apt upgrade

9.2 miniconda安裝

# 可以去官網(wǎng)看看是否更新细卧，安裝最新的提示操作
mkdir -p ~/miniconda3
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O ~/miniconda3/miniconda.sh
bash ~/miniconda3/miniconda.sh -b -u -p ~/miniconda3
rm -rf ~/miniconda3/miniconda.sh

為 bash 和 zsh shell 初始化

~/miniconda3/bin/conda init bash
~/miniconda3/bin/conda init zsh

在這里我們更推薦大家下載mamba铺然，conda下載確實慢。以及你也可以使用Pixi,速度是conda的10倍以上酒甸，mamba的4倍魄健，Pixi是何方神圣呢？真有這么快嗎插勤？

mamaba下載網(wǎng)址：

https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/

后面的操作基本一致沽瘦，若是你使用conda直接copy即可，若是你使用mamba农尖，那么需要更換一下相關(guān)命令即可析恋。

9.3 conda 常用命令

增加生信分析常用的鏡像

conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge

關(guān)閉base環(huán)境自動啟動

conda config --set auto_activate_base false

創(chuàng)建虛擬環(huán)境

# 創(chuàng)建環(huán)境
conda create -n my_env_name

# 也可以在創(chuàng)建時指定要安裝的包及版本
conda create -n my_env_name python=3.12 pytorch

克隆環(huán)境

conda create -n new_env --clone old_env

連接和退出環(huán)境

conda activate env_name
conda deactivate

安裝包的命令, 通常有三種安裝方式：

## 安裝一般的軟件
conda install 軟件名字
conda install -c conda-forge 軟件名字
 
## 安裝CRAN中的R包
conda install r-包的名字
 
## 安裝bioconductor中的R包
conda install bioconductor-包的名字

mamba代替conda

作者在教程中也提供mamba操作

軟件安裝：

## 安裝mamba
conda install mamba

## 安裝一般的軟件
mamba install 軟件名字
mamba install -c conda-forge 軟件名字
 
## 安裝CRAN中的R包
mamba install r-包的名字
 
## 安裝bioconductor中的R包
mamba install bioconductor-包的名字

其他 conda 命令

# 顯示conda 版本
conda --version

# 查看當前已創(chuàng)建環(huán)境的名稱及位置
conda info --envs
conda env list

#查看當前安裝的軟件
conda list

# 刪除虛擬環(huán)境
conda remove -n your_env_name --all

# 當前的 cofig
conda config --set show_channel_urls yes

# 查看添加的鏡像：    
conda config --show

# 當前channels文件
conda config --get channels

# 或者直接系統(tǒng)層面看conda的源
sudo nano ~/.condarc

# 刪除源     
conda config --remove-key channels

9.4 安裝 Jupyter Notebook

9.4.1 安裝 Jupyter

方法一：每個環(huán)境安裝一個jupyter

# 進入要安裝jupyter的虛擬環(huán)境
conda activate omicverse

# 檢查pip的版本
pip3 --version

# 檢測pip是不是位于 omicverse 的虛擬環(huán)境下
which pip3
# 顯示：/home/bio/miniconda3/envs/omicverse/bin/pip3

# 使用pip安裝jupyter
pip3 install -U jupyter

方法二：只在 base 環(huán)境中安裝 jupyter

首先，需要在已經(jīng)安裝了 python 的環(huán)境中盛卡，安裝 ipykernel

# 新建一個目標環(huán)境助隧，指定python版本3.12
conda create -n pytest python=3.12

# 進入該環(huán)境
conda activate pytest

# 檢查是否已經(jīng)安裝了ipykernel（如果該環(huán)境安裝過jupyter，就會有ipkernel滑沧，不用再次安裝）
conda list

# 如果沒有并村，則安裝ipykernel
conda install ipkernel -c conda-forge

然后，我們到把 jupyter 安裝到 base滓技，用同一個 jupyter 來使用所有環(huán)境中的 python

# 回到base環(huán)境
conda deactivate

# 檢查pip的版本
pip3 --version

# 檢測pip是不是位于 miniconda 的 base 虛擬環(huán)境下
which pip3
# 顯示：/home/bio/miniconda3/bin/pip3

# 使用pip安裝jupyer
pip3 install -U jupyter

最后哩牍，將 conda 中的所有 python 環(huán)境添加到 Jupyter Notebook 中

# 安裝這個工具
conda install nb_conda_kernels

# 這個只需要安裝一次，以后新建的環(huán)境令漂，安裝了ipykernel后會自動添加

9.4.2 配置 jupyter

● 這里配置 jupyter 是為了方便我們進行遠程訪問
● 注意膝昆，配置文件是全局的，即同一個用戶叠必，各個虛擬環(huán)境中的 jupyer 默認都使用同一個配置文件
● 因此荚孵，即使在不同的虛擬環(huán)境中安裝了多個 jupyter，只需要配置一次

檢查jupyter配置文件

# 生成配置文件纬朝，記住返回的文件地址
jupyter notebook --generate-config
# 默認是：/home/bio/.jupyter/jupyter_notebook_config.py

# 進入python解釋器
python3

計算密碼的hash值

from jupyter_server.auth import passwd
passwd ()

# 設(shè)置密碼
# Enter password:
# Verify password:

# 輸入密碼收叶，返回該密碼的hash值
# 如[1]:'argon2:$argon2id$v=19$m=10240,t=10,p=8$NljykjG3OllNHs9cEnhHmw$4Yvv/CCHEir9PzzdSBFUJMHSa3OucpG+XgH3Fr0UMys'

# 退出python
quit()

修改Jupyter配置文件

用 nano 編輯器打開配置文件

nano /home/bio/.jupyter/jupyter_notebook_config.py

4. 增加如下內(nèi)容
```R
# 增加如下內(nèi)容

# hash= 填上剛才生成的hash
hash='argon2:$argon2id$v=19$m=10240,t=10,p=8$NljykjG3OllNHs9cEnhHmw$4Yvv/CCHEir9PzzdSBFUJMHSa3OucpG+XgH3Fr0UMys'

# 允許任意ip訪問
c.ServerApp.ip = '0.0.0.0'

# 設(shè)置密碼
c.ServerApp.password = hash

# 關(guān)閉自動打開瀏覽器
c.ServerApp.open_browser = False

# 設(shè)置端口號
c.ServerApp.port = 8888

# 允許遠程連接
c.ServerApp.allow_remote_access = True

# nano編輯器的操作很簡單，修改完成后按 ctrl + x 退出

安裝中文語言包

# 安裝中文語言包（推薦）
pip install jupyterlab-language-pack-zh-CN

# 或者用conda
conda install jupyterlab-language-pack-zh-CN

當然玄组，如果你不修改配置文件滔驾，也可以通過 ssh 端口映射的方式遠程訪問谒麦，但不推薦

端口映射

# windows terminal 連接服務(wù)器時映射端口號
# 不建議使用
ssh -L8888:localhost:8888 root@服務(wù)器IP

9.4.3 啟動并打開 Jupyter Notebook

啟動Jupyter

激活 conda 環(huán)境

# 如果是在每個環(huán)境中都安裝了jupyter，則進入對應(yīng)的環(huán)境啟動
conda activate omicverse

# 如果是在base中安裝的jupyter
conda activate base

進入對應(yīng)的工作目錄

# 我這里使用的是bio用戶哆致，進入后默認是/home/bio目錄

# 檢查當前目錄
pwd
# 返回：/home/bio

# 我平時的項目都存儲在/home/bio/work目錄

# 如果沒有绕德，新建一個工作目錄
mkdir work

# 進入work目錄
cd work

啟動Jupyter

# 啟動 notebook
jupyter notebook

# 或者使用 jupyter lab
jupyter-lab

# 如果你是root用戶（不建議）
jupyter notebook --allow-root

# 如果你是root用戶（不建議）
jupyter-lab --allow-root

瀏覽器訪問

地址：服務(wù)器 IP:端口號
如：192.168.3.128:8888
第一次訪問需要密碼，就是你之前設(shè)置的密碼（如 admin）

10. 安裝R和Rstudio Server

關(guān)于安裝R和Rstudio Server,我們的教程Ubuntu中安裝R和Rstudio軟件也介紹很詳細摊阀，可以作為參考耻蛇。

10.1 創(chuàng)建R的虛擬環(huán)境

# 創(chuàng)建名為R的環(huán)境
conda create -n R

10.2 安裝R

# 進入到R這個環(huán)境
conda activate R

#安裝R，指定r-base=4.3.2胞此，那么就會安裝R-4.3.2臣咖，你也可以不指定
conda install r-base=4.3.2

# 進入R解釋器
R

# 退出R解釋器
q()

# 查看當前的R解釋器
which R

10.3 安裝 Rstudio server

● 建議查看官網(wǎng)地址：https://posit.co/download/rstudio-server/
● 我這里安裝的版本可能已經(jīng)不是最新的

# 裝gdebi-core
sudo apt-get install gdebi-core

# 下載Ubuntu 22對應(yīng)的.deb文件
wget https://download2.rstudio.org/server/jammy/amd64/rstudio-server-2024.04.0-735-amd64.deb

# 安裝
sudo gdebi rstudio-server-2024.04.0-735-amd64.deb

# 如果始終安裝不上，試一下更新源
sudo apt update
sudo apt upgrade

# 驗證是否安裝
sudo rstudio-server verify-installation
sudo rstudio-server verify-installation
# 正常會提示：Server is running and must be stopped before running verify-installation
# 但這里極大可能是報錯的漱牵，沒關(guān)系夺蛇，因為我們是在虛擬環(huán)境中安裝的R，因此會提示找不到R酣胀，先不管它

10.4 配置 Rstudio server 中的R解釋器

● 因為Rstudio server 是一個 linux 系統(tǒng)服務(wù)刁赦，你無法安裝多個（除非你使用 docker烦却，這個教程里不涉及）
● 如果你有多個不同的 R 環(huán)境阅仔，你就需要查看不同環(huán)境中的R解釋器的位置
● 然后我們告訴rstudio-server 使用哪個R 解釋器

# 進入到某個安裝了R解釋器的環(huán)境
# 如剛剛我們安裝的

# 進入到R這個環(huán)境
conda activate R

# 查看當前環(huán)境的R解釋器地址
which R
# 返回：/home/bio/miniconda3/envs/R/bin/R

# 打開/etc/rstudio/rserver.conf文件
sudo nano /etc/rstudio/rserver.conf

# =后的地址修改為目標R解釋器地址
rsession-which-r=/home/bio/miniconda3/envs/R/bin/R

# nano編輯器的操作很簡單，修改完成后按ctrl + o勉盅，覆蓋原文件铆农，然后 ctrl + x 退出

10.5 重啟 Rstudio server 服務(wù)

# sudo rstudio-server status              #查看RStudio-server
# sudo rstudio-server stop                #關(guān)閉RStudio-server
# sudo rstudio-server restart             #重啟RStudio-server

# 這里我們手動重啟一下
sudo rstudio-server restart

# 驗證是否在運行牺氨，在啟動狀態(tài)下輸入
sudo rstudio-server verify-installation
# 會提示：Server is running and must be stopped before running verify-installation

# 我們關(guān)閉服務(wù)
sudo rstudio-server stop

# 再次輸入
sudo rstudio-server verify-installation
# 會輸出診斷報告

# 重啟服務(wù)
sudo rstudio-server restart

10.6 瀏覽器訪問

地址：服務(wù)器 IP:端口號
默認端口號：8787
如：192.168.3.128:8787
賬號：linux 用戶名（bio）
密碼：對應(yīng)的用戶密碼（admin）

10.6 其他 Rstudio server 配置

官方配置教程：https://support.posit.co/hc/en-us/articles/200552316-Configuring-RStudio-Workbench-RStudio-Server

1.Rstudio server設(shè)置文件

cat /etc/rstudio/rserver.conf
# Server Configuration File

# 查看rsession配置文件
cat /etc/rstudio/rsession.conf

/etc/rstudio/rserver.conf

## In /etc/rstudio/rserver.conf

# 更改端口為8787，默認就是8787
www-port=8787

# 默認情況下墩剖，RStudio綁定到地址0.0.0.0
www-address=0.0.0.0

# 添加系統(tǒng)的庫路徑作為外部庫以供RStudio server調(diào)用
rsession-ld-library-path=/xxxxxx/lib

# 指定conda中的R
rsession-which-r=/home/bio/miniconda3/envs/R/bin/R

# 限制能夠使用RStudio-server的用戶組猴凹，例如
auth-required-user-group=rstudio_users