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  • 【Linux】fasta標準格式轉(zhuǎn)換

    接到一個非標準格式保存的fasta序列格式的文本,看起來像是直接從NCBI copy下來的。內(nèi)含多條序列丙唧,后續(xù)需要對序列進行對位排列,而手工改不...

  • [snippy]使用時遇到的問題和困惑

    問題1:使用snippy用于fasta序列的文件SNP calling蔽豺。發(fā)現(xiàn)結(jié)果中core.full.aln中蚪战,有開頭100bp和結(jié)尾的100b...

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  • 【Linux】linux/Windows下?lián)Q行符的轉(zhuǎn)換

    處理序列時,有很多時候會調(diào)入換行符的坑3痔怠T钏选!9で稀割卖! 在Windows下的Editplus使用\r\n等查看換行符很詭異,有的時候會出現(xiàn)\n\r的情...

  • 【perl】正則表達式的基本語法和反向引用

    1. 反向引用: 舉例 \1 匹配的第一個(.) \2 匹配的第二個(.)**這個正則表達式的意思是匹配y后面的兩個任意字符患雏,再將這兩個字符倒過...

  • 【Linux】如何取2個數(shù)值的百分比集錦

    1. Shell 腳本中取兩個數(shù)的百分比 2. perl 腳本中取兩個數(shù)的百分比

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  • 【Linux】sort 按列排序記錄

    sort在文本排序方面很是強悍鹏溯。但有時不是單列進行排序,需要按照不同的列進行排序淹仑。 1. sort -t $'\t' -k2nr file.cs...

  • 【sed】常用功能

    sed 的全稱為 “Stream Editor” 剿涮,字符流編輯程序 1. sed -i '$s/$/\n/' homo1.fa $ 第一個$代表...

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  • 【conda】普通用戶安裝pandas

    使用python 的pandas模塊時總是報錯 $ pip show pandasWARNING: Package(s) not found: ...

  • 【linux】jobs命令

    在Linux上執(zhí)行命令有的時候需要放到后臺運行言津,此文主要講放入后臺和查看后臺任務(wù)的方法 一、放入后臺命令 1. 命令 空格 & 直接將命令放入后...

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