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傻瓜系列重啟了，如何快速查找指定基因的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)介紹了使用在線查詢數(shù)據(jù)庫 (http://evexdb.org/)對PubMed和PubMed Central中發(fā)表文章的摘要和全文為依據(jù)進行文本挖掘探尋基因直接可能的相互作用的工具甜无。反響很好扛点，但現(xiàn)在網(wǎng)站似乎出了點問題，獲得的相互作用細節(jié)信息不能展開了(推測可能是使用的JS庫無法加載)岂丘。有朋友留言推薦 Cytoscape literature search陵究，一個存在歷史挺久的Cytoscape插件，通過給定關(guān)鍵字搜索文獻奥帘，并且基于搜索結(jié)果構(gòu)建互作網(wǎng)絡(luò)铜邮，幫助研究者快速搜索和提取基因之間，蛋白之間可能的聯(lián)系寨蹋，兼容2.7和3.1版本松蒜，下載32,742次。
作為Cytoscape的插件已旧，安裝很方便秸苗，基本的Cytoscape使用見Cytoscape之操作界面介紹和新出爐的Cytoscape視頻教程。前段時間R, Cytoscape, AI的培訓(xùn)班也涉及了更多的Cytoscape的使用评姨。
安裝完之后难述，從菜單欄Apps-Agilent Literature Search啟動，使用界面如下吐句。
左側(cè)一般輸入一個或多個基因 (若輸入多個則每一行輸入一個)胁后，右邊限制一個環(huán)境，可以是物種嗦枢，也可以是某種疾病如lung cancer攀芯，或某個過程stem cell。下面的選項還可以選擇是否使用別名 (選擇后我們輸入的pou5f1就被轉(zhuǎn)成了oct4, otf4等)文虏，限定物種侣诺，限定相互作用的判斷 (個人一般使用relaxed)殖演。具體每個參數(shù)的含義詳見后面解釋。
前面輸入的內(nèi)容都會在Query Editor中轉(zhuǎn)換為邏輯查詢表達式的形式年鸳，方便查看搜索的內(nèi)容是否符合自己的需要趴久，也可以自行修改，比如我們把stem cell改為AND連接搔确。
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點擊藍色箭頭就可以啟動搜索彼棍。搜索到的文獻展示在左下角，可點擊跳轉(zhuǎn)到PubMed膳算，右鍵刪除某一項座硕。
右側(cè)展示的是挖掘出的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，可以根據(jù)屬性進行一些修飾涕蜂、美化和查詢华匾。
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網(wǎng)絡(luò)查看和美化
首先是調(diào)大字體 (Label Font Size)，設(shè)置搜索出的基因和挖掘出的相互作用基因不同的顏色 (Fill Color-searchTerm-Discrete Mapping), 刪掉與核心基因沒有連線的點机隙，Apply preferred layout重新調(diào)整布局 (工具欄上的刷新按鈕)蜘拉。
如果覺得線太過扭曲，可以Layout-Clear all edge bends黍瞧，然后再點擊Layout-Bundle edges使連接看上去圓潤诸尽。初步修飾下原杂，效果如下：
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如果常用印颤，每次調(diào)樣式也比較麻煩，可以把樣式保存起來穿肄，點擊樣式旁的三道杠年局，選擇Copy style重新命令 (若不導(dǎo)出，關(guān)閉后就不見了)咸产，然后File-Export導(dǎo)出矢否。下次查詢好之后，再File-Import導(dǎo)入就好脑溢。也可后臺回復(fù) style僵朗，獲取我們這個簡單的樣式，以此為基礎(chǔ)修改屑彻。
每個節(jié)點验庙，點擊右鍵，按下圖點選菜單社牲，可以看到支持其相互作用的文章句子節(jié)選粪薛，方便快速閱讀和理解潛在的調(diào)控關(guān)系。
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更多Cytoscape的使用見之前的新出爐的Cytoscape視頻教程搏恤。在R, Cytoscape, AI的培訓(xùn)中也有我們的主講老師講的更多的Cytoscape的使用违寿。(后臺回復(fù) 培訓(xùn) 湃交，跳轉(zhuǎn)到培訓(xùn)網(wǎng)站查看視頻)
選項解釋
尋求幫助
在上述查詢界面，按F1或點Help可以打開幫助頁面如下藤巢。當(dāng)前截圖顯示的是通過View菜單選擇搜索的數(shù)據(jù)庫搞莺，現(xiàn)在只有PubMed和USPTO (美國商標(biāo)專利數(shù)據(jù)庫)可選。
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Max Engine Matches: 限制每個字符串在每個庫最大查詢到的結(jié)果數(shù)目掂咒。
Use Aliases: 選定后腮敌，將會根據(jù)Concept Lexicon中限定的物種尋找左側(cè)輸入框輸入的內(nèi)容的別名。查詢時俏扩，有一個別名匹配上就可以糜工。
Use context: 是否使用Context面板 (右側(cè)輸入框)限定查詢。
Concept Lexicon Limits Search: 如果需要把搜索結(jié)果限制在某個物種录淡，則勾選捌木。
Concept Lexicon: 通常是物種相關(guān)的選項，對Use aliases的判斷和搜索結(jié)果提取有效嫉戚，但不用于限制查詢結(jié)果刨裆。所以如果要在查詢時就限制物種，則需要再右側(cè)輸入框輸入物種的名字彬檀，會加快查詢速度帆啃。
Interaction Lexicon: 限制判斷相互作用的嚴(yán)格程度。對于每個包含搜索關(guān)鍵字的句子窍帝，都會來判斷里面是都包含interaction lexicon收錄的動詞努潘，如activate, enhance, cause等。這些關(guān)鍵詞可以修改坤学，有嚴(yán)格版和寬松版疯坤。
Load and Save: 搜索結(jié)果可以存儲和再次導(dǎo)入。
選項進一步解釋和自定義
如果Windows下深浮，LiteratureSearch的配置文件在目錄C:\Users\sxbd\CytoscapeConfiguration\app-data\com.agilent.labs.als.AgilentLiteratureSearch-3.1.1\data下压怠。(把sxbd改為您的用戶名)
Interaction Lexicon：前面提到的limit, relax, empty每一個的效果都記錄在文件interaction-lexicon-map.txt中，文件內(nèi)容如下
limited data/strictVerbNames.txt
relaxed data/verbNames.txt
empty data/emptyVerbNames.txt
每個不同的參數(shù)表示使用的關(guān)鍵詞列表不同飞苇，empty表示不進行限定菌瘫，只要兩個詞出現(xiàn)在一個句子中就認為有作用。
strict表示嚴(yán)格限定布卡，默認要求句子中必須含有收錄的15個單詞中的一個才認為存在相互作用 (在文件strictVerbNames.txt)雨让。
relaxed默認要求句子中必須含有收錄的75個單詞中的一個才認為存在相互作用，涉及促進羽利、抑制宫患、結(jié)合、催化等對應(yīng)的英文單詞和變種，在使用過程中娃闲，我們也可以不斷完善虚汛、添加更多詞匯到verbNames.txt中，以獲得更多關(guān)注的相互作用皇帮。
Concept Lexicon
這個由文件concept-lexicon-map.txt控制卷哩，默認收錄了常見物種的KEGG注釋信息、基因的別名信息属拾。
Arabidopsis thaliana data/.uc_Arabidopsis_thaliana
Bos taurus data/.uc_Bos_taurus
Caenorhabditis elegans data/.uc_Caenorhabditis_elegans
Danio rerio data/.uc_Danio_rerio
Drosophila melanogaster data/.uc_Drosophila_melanogaster
Escherichia coli data/.uc_Escherichia_coli
Homo sapiens data/.uc_Homo_sapiens
Mus musculus data/.uc_Mus_musculus
Rattus norvegicus data/.uc_Rattus_norvegicus
Saccharomyces cerevisiae data/.uc_Saccharomyces_cerevisiae
以人的數(shù)據(jù)為例将谊，前面是KEGG編號、對應(yīng)的描述渐白，后面是基因的每個名字一行尊浓，方便使用別名搜索。
6.3.5.8 aminodeoxychorismate synthase adc synthase 4-amino-4-deoxychorismate synthase pabb
6.3.5.9 hydrogenobyrinic acid a, c-diamide synthase (glutamine-hydrolysing) cobb
dynamin dynamin-1 dynamin1
dynamin-2 dynamin2
epsin epsin1 epsin-1
nf-kappaB nfkappaB nfkb1 nfkb nf-kappa B nfkappa B
frizzled fz fzd fzd7
dsh disheveled dishevelled dsh1 dvl1l1 dvl1
bcatenin beta-catenin beta catenin))
之前如何快速查找指定基因的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)文章下有朋友留言纯衍，非模式生物怎么查找栋齿，一個是利用生信寶典之傻瓜式(四)蛋白蛋白互作網(wǎng)絡(luò)在線搜索中提到的在線工具STRING收錄了2031物種。另外一個就是在這自定義需要的文件襟诸，使用此插件搜索瓦堵。
