用VSCode Jupyter 學(xué)習(xí)Scanpy ——環(huán)境準(zhǔn)備

我用的python 編譯工具為 vscode猴誊，不會(huì)用留言侮措，教大家用萝毛，哈哈
學(xué)習(xí)Scanpy , 先給它配個(gè)虛擬環(huán)境吧
vitrualenv sc_learnp

創(chuàng)建虛擬環(huán)境

啟動(dòng)虛擬環(huán)境

在虛擬環(huán)境下安裝所需要的python 包
直接
pip install pandas
pip install sc
pip install scanpy
pandas 的依賴包 Numpy 裝 1.19.3笆包， 要不然報(bào)錯(cuò) ,安裝pandas 時(shí)自動(dòng)安裝最新，運(yùn)行報(bào)錯(cuò)的話需要卸掉 再重裝
pip uninstall numpy
pip install numpy==1.19.3

Numpy 1.19.3 版本

創(chuàng)建學(xué)習(xí)目錄和下載學(xué)習(xí)數(shù)據(jù)吧歉胶，參考 官網(wǎng)
https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/pbmc3k.html

學(xué)習(xí)需要看圖巴粪，在vscode 上用 Jupyter 哦，方便交互看圖學(xué)習(xí)
按 ctrl+ shif + ｐ　辫塌，選擇create New Blank Jupyter Notebook


新建jupyter【拾薄ｎｏｔｅｂｏｏｋ

新建的ｊｕｐｙｔｅｒ　一定要切換成虛擬環(huán)境下的〈⒕亍ｐｙｔｈｏｎ哦　


Ｊｕｐｙｔｅｒ　的python切換

選擇剛才我們新建的虛擬環(huán)境
Ｊｕｐｙｔｅｒ　切換到虛擬環(huán)境的ｐｙｈｏｎ

如果沒有發(fā)現(xiàn)我們剛才新建的虛擬環(huán)境持隧，不要慌，我們可以設(shè)置哈
到ｖｓ≈凰帧ｃｏｄｅ　中選擇ｓｅｔｔｉｎｇ层皱，


設(shè)置≡省ｓｅｔｔｉｎｇ　

輸入∷隆ｊｓｏｎ


搜索

點(diǎn)擊×蟆ｓｅｔｔｉｎｇｓ．ｊｓｏｎ

修改ｓｅｔｔｉｎｇ

把畫框的紅色路徑修改為剛才新建的虛擬路徑保存重啟后凡资，新建ｊｕｐｙｔｅｒ　，再點(diǎn)擊Ｊｕｐｙｔｅｒ的python切換垦藏，就可以看到我們新建的虛擬環(huán)境的ｐｙｔｈｏｎ　路徑了伞访，選擇它哦，ｖｓｃｏｄｅ會(huì)提示還需要裝〉茏啤ｉｐｙｋｅｒｎｅｌ　，
pip install ipykernel
就行
安裝ipykernel

然后測(cè)試環(huán)境是否成功，運(yùn)行成功掩驱，學(xué)習(xí)環(huán)境就準(zhǔn)備好了哈


運(yùn)行

開始學(xué)習(xí)的學(xué)習(xí)環(huán)境文件要準(zhǔn)備好


新建文件
?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請(qǐng)聯(lián)系作者
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