TRANSFAC 數(shù)據(jù)庫
有兩個版本，公開版和專業(yè)版
JASPAR數(shù)據(jù)庫
JASPAR是收集有關(guān)轉(zhuǎn)錄因子與DNA結(jié)合位點模體的最全面的公開的數(shù)據(jù)庫委刘，該數(shù)據(jù)庫眾所包含的數(shù)據(jù)都經(jīng)過嚴格的篩選，有確切的實驗依據(jù)
TFdb數(shù)據(jù)庫
TFdb是一個專業(yè)的關(guān)于小鼠轉(zhuǎn)錄因子的非冗余的數(shù)據(jù)庫薛耻。該數(shù)據(jù)庫由RIKEN基因組科學(xué)中心的基因組探測研究組實驗室進行日常維護腋粥，TFdb包含了小鼠轉(zhuǎn)錄因子基因和與之關(guān)聯(lián)的基因數(shù)據(jù)慷嗜。TFdb的建庫宗旨是提供小鼠全基因的非冗余的轉(zhuǎn)錄因子信息筐骇。
TRRD 數(shù)據(jù)庫
TRRD是轉(zhuǎn)錄調(diào)控區(qū)數(shù)據(jù)庫，收集基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控區(qū)域注釋信息資源删性。該數(shù)據(jù)庫由俄羅斯科學(xué)院西伯利亞的細胞學(xué)與遺傳學(xué)研究所提供技術(shù)支持和日常維護。TRRD還有與內(nèi)分泌調(diào)節(jié)焕窝、脂質(zhì)代謝以及細胞凋亡相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子信息蹬挺。
TRRD數(shù)據(jù)庫主要由8個子數(shù)據(jù)庫構(gòu)成，分別是TRRDGENES（TRRD庫基因的基本信息和調(diào)控單元信息）它掂；TRRDLCR（調(diào)控區(qū)定位信息）巴帮；TRRDUNITS（調(diào)控區(qū)的啟動子、增強子虐秋、沉默子等具體信息）榕茧；TRRDSTARTS（轉(zhuǎn)錄起始位點相關(guān)信息）；TRRSSITES（轉(zhuǎn)錄調(diào)控位點信息）客给；TRRDFACTORS（轉(zhuǎn)錄因子信息）用押；TRRDEXP（基因表達模式的信息）和TRRDBIB（數(shù)據(jù)庫涉及的實驗出版物信息）。
TRED數(shù)據(jù)庫
TRED為轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件數(shù)據(jù)庫靶剑，是基于研究基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的需要而建立的數(shù)據(jù)庫只恨，收集有實驗證據(jù)的哺乳動物順式作用元件和反式作用因子。TRED為公開數(shù)據(jù)庫抬虽，由冷泉港實驗室承擔(dān)數(shù)據(jù)整理及維護工作。該數(shù)據(jù)庫還提供了人類纵菌、小鼠阐污、大鼠的全基因組序列，并提供相應(yīng)的序列分析工具咱圆。
PAZAR數(shù)據(jù)庫
PAZAR數(shù)據(jù)庫是一個公開的有關(guān)轉(zhuǎn)錄因子和其調(diào)控序列的數(shù)據(jù)庫笛辟。
MAPPER數(shù)據(jù)庫
MAPPER數(shù)據(jù)庫收集整理兩個著名的轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫TRANSFAC和JASPAR中有關(guān)轉(zhuǎn)錄因子的資料，經(jīng)過加工形成1134個轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點的隱馬可夫模型序苏。手幢，并通過這種模型去搜索人、小鼠及果蠅的基因組轉(zhuǎn)錄起始位點上游10KB序列忱详。數(shù)據(jù)庫需要用戶使用自己的郵箱進行免費注冊
