LR方法創(chuàng)建者:Legarra, A., Reverter, A., 其發(fā)表在GSE期刊:https://gsejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12711-018-0426-6汽久。
動物育種值估計時有風(fēng)險的,并不是百分之百準(zhǔn)確。
交叉驗(yàn)證(cross-validation)- 以前經(jīng)常使用的方法
一般步驟:
image.png
但是應(yīng)該怎么劃分?jǐn)?shù)據(jù)?
image.png
都有各自的缺點(diǎn):
例如向前交叉驗(yàn)證;
image.png
指標(biāo)(Metrics)
image.png
真實(shí)和估計遺傳進(jìn)展, 為什么查看b0 和b1:
image.png
b0
image.png
b1
image.png
我們應(yīng)該怎做交叉驗(yàn)證?
image.png
因?yàn)檫z傳變異的減小仰禽,使用預(yù)測力(predictability)會低估準(zhǔn)確性
image.png
例如:
image.png
因?yàn)楹雎怨潭ㄐ?yīng)的誤差,使用預(yù)測力(predictability)會高估準(zhǔn)確性
image.png
實(shí)際中我們以前怎么做的交叉驗(yàn)證:
image.png
新方法: LR
image.png
image.png
LR方法怎么工作?
image.png
確定focal群體
image.png
指標(biāo)
image.png
例子求解(R):
image.png
新的指標(biāo)——準(zhǔn)確性(相對估計量):
image.png
已經(jīng)經(jīng)過選擇的可靠性:
image.png
未經(jīng)過選擇的可靠性:
image.png
例子文章:使用 BLUP 和 SSGBLUP 對元創(chuàng)始人和未知父組進(jìn)行奶羊評估的偏差和準(zhǔn)確性
image.png
定義focla群
image.png
定義“整體“和"部分”數(shù)據(jù)集赔桌。
image.png
需要學(xué)會awk和shell語句幫助自動化工作
例如:
image.png
實(shí)踐中對于部分?jǐn)?shù)據(jù)集的處理
image.png
參考相同的遺傳基礎(chǔ)
image.png
基因型數(shù)據(jù)(genomic)VS 系譜
總共四次估計
image.png
比較不同的模型
image.png
一些結(jié)果
from: Fernando Macedo, 在法國對奶綿羊的育種供炎。
image.png
基礎(chǔ)群體:
image.png
法國奶羊的基因分型:
image.png
結(jié)果
image.png
image.png
例子文章:刪除數(shù)據(jù)并使用元創(chuàng)始人減輕了 Lacaune 奶羊預(yù)測中所有性狀的偏差
主要內(nèi)容:
image.png
主要結(jié)果:
偏差(bias):
image.png
斜率(slope):
image.png
其他:
image.png
image.png
奶綿羊的主要結(jié)論:
image.png
LR方法是假設(shè)模型正確
模擬
image.png
結(jié)果:
image.png
image.png
image.png
結(jié)論
image.png
總結(jié)
image.png
image.png