52 - 基因組預(yù)測的基礎(chǔ)(5)— LR 方法的理論和實(shí)踐

LR方法創(chuàng)建者:Legarra, A., Reverter, A., 其發(fā)表在GSE期刊:https://gsejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12711-018-0426-6汽久。
動物育種值估計時有風(fēng)險的,并不是百分之百準(zhǔn)確。

交叉驗(yàn)證(cross-validation)- 以前經(jīng)常使用的方法

一般步驟:


image.png

但是應(yīng)該怎么劃分?jǐn)?shù)據(jù)?


image.png

都有各自的缺點(diǎn):

例如向前交叉驗(yàn)證;


image.png

指標(biāo)(Metrics)

image.png

真實(shí)和估計遺傳進(jìn)展, 為什么查看b0 和b1
image.png

b0

image.png

b1

image.png

我們應(yīng)該怎做交叉驗(yàn)證?

image.png

因?yàn)檫z傳變異的減小仰禽,使用預(yù)測力(predictability)會低估準(zhǔn)確性


image.png

例如:


image.png

因?yàn)楹雎怨潭ㄐ?yīng)的誤差,使用預(yù)測力(predictability)會高估準(zhǔn)確性


image.png

實(shí)際中我們以前怎么做的交叉驗(yàn)證:


image.png

新方法: LR

image.png

image.png

LR方法怎么工作?

image.png

確定focal群體

image.png

指標(biāo)

image.png

例子求解(R):


image.png

新的指標(biāo)——準(zhǔn)確性(相對估計量):


image.png

已經(jīng)經(jīng)過選擇的可靠性:

image.png

未經(jīng)過選擇的可靠性:
image.png

例子文章:使用 BLUP 和 SSGBLUP 對元創(chuàng)始人和未知父組進(jìn)行奶羊評估的偏差和準(zhǔn)確性
image.png

定義focla群

image.png

定義“整體“和"部分”數(shù)據(jù)集赔桌。

image.png

需要學(xué)會awk和shell語句幫助自動化工作

例如:


image.png

實(shí)踐中對于部分?jǐn)?shù)據(jù)集的處理

image.png

參考相同的遺傳基礎(chǔ)

image.png

基因型數(shù)據(jù)(genomic)VS 系譜

總共四次估計


image.png

比較不同的模型

image.png

一些結(jié)果

from: Fernando Macedo, 在法國對奶綿羊的育種供炎。

image.png

基礎(chǔ)群體:


image.png

法國奶羊的基因分型:


image.png

結(jié)果

image.png

image.png

例子文章:刪除數(shù)據(jù)并使用元創(chuàng)始人減輕了 Lacaune 奶羊預(yù)測中所有性狀的偏差
主要內(nèi)容:

image.png

主要結(jié)果:
偏差(bias):


image.png

斜率(slope):


image.png

其他:
image.png
image.png

奶綿羊的主要結(jié)論:


image.png

LR方法是假設(shè)模型正確

模擬

image.png

結(jié)果:


image.png

image.png

image.png

結(jié)論

image.png

總結(jié)

image.png

image.png

分析多個截斷點(diǎn)非常重要

?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請聯(lián)系作者
  • 序言:七十年代末,一起剝皮案震驚了整個濱河市疾党,隨后出現(xiàn)的幾起案子碱茁,更是在濱河造成了極大的恐慌,老刑警劉巖仿贬,帶你破解...
    沈念sama閱讀 218,941評論 6 508
  • 序言:濱河連續(xù)發(fā)生了三起死亡事件纽竣,死亡現(xiàn)場離奇詭異,居然都是意外死亡茧泪,警方通過查閱死者的電腦和手機(jī)蜓氨,發(fā)現(xiàn)死者居然都...
    沈念sama閱讀 93,397評論 3 395
  • 文/潘曉璐 我一進(jìn)店門,熙熙樓的掌柜王于貴愁眉苦臉地迎上來队伟,“玉大人穴吹,你說我怎么就攤上這事∈任辏” “怎么了港令?”我有些...
    開封第一講書人閱讀 165,345評論 0 356
  • 文/不壞的土叔 我叫張陵,是天一觀的道長锈颗。 經(jīng)常有香客問我顷霹,道長,這世上最難降的妖魔是什么击吱? 我笑而不...
    開封第一講書人閱讀 58,851評論 1 295
  • 正文 為了忘掉前任淋淀,我火速辦了婚禮,結(jié)果婚禮上覆醇,老公的妹妹穿的比我還像新娘朵纷。我一直安慰自己,他們只是感情好永脓,可當(dāng)我...
    茶點(diǎn)故事閱讀 67,868評論 6 392
  • 文/花漫 我一把揭開白布袍辞。 她就那樣靜靜地躺著,像睡著了一般常摧。 火紅的嫁衣襯著肌膚如雪搅吁。 梳的紋絲不亂的頭發(fā)上,一...
    開封第一講書人閱讀 51,688評論 1 305
  • 那天排宰,我揣著相機(jī)與錄音似芝,去河邊找鬼。 笑死板甘,一個胖子當(dāng)著我的面吹牛党瓮,可吹牛的內(nèi)容都是我干的。 我是一名探鬼主播盐类,決...
    沈念sama閱讀 40,414評論 3 418
  • 文/蒼蘭香墨 我猛地睜開眼寞奸,長吁一口氣:“原來是場噩夢啊……” “哼呛谜!你這毒婦竟也來了?” 一聲冷哼從身側(cè)響起枪萄,我...
    開封第一講書人閱讀 39,319評論 0 276
  • 序言:老撾萬榮一對情侶失蹤隐岛,失蹤者是張志新(化名)和其女友劉穎,沒想到半個月后瓷翻,有當(dāng)?shù)厝嗽跇淞掷锇l(fā)現(xiàn)了一具尸體聚凹,經(jīng)...
    沈念sama閱讀 45,775評論 1 315
  • 正文 獨(dú)居荒郊野嶺守林人離奇死亡,尸身上長有42處帶血的膿包…… 初始之章·張勛 以下內(nèi)容為張勛視角 年9月15日...
    茶點(diǎn)故事閱讀 37,945評論 3 336
  • 正文 我和宋清朗相戀三年齐帚,在試婚紗的時候發(fā)現(xiàn)自己被綠了妒牙。 大學(xué)時的朋友給我發(fā)了我未婚夫和他白月光在一起吃飯的照片。...
    茶點(diǎn)故事閱讀 40,096評論 1 350
  • 序言:一個原本活蹦亂跳的男人離奇死亡对妄,死狀恐怖湘今,靈堂內(nèi)的尸體忽然破棺而出,到底是詐尸還是另有隱情剪菱,我是刑警寧澤摩瞎,帶...
    沈念sama閱讀 35,789評論 5 346
  • 正文 年R本政府宣布,位于F島的核電站孝常,受9級特大地震影響旗们,放射性物質(zhì)發(fā)生泄漏。R本人自食惡果不足惜茫因,卻給世界環(huán)境...
    茶點(diǎn)故事閱讀 41,437評論 3 331
  • 文/蒙蒙 一蚪拦、第九天 我趴在偏房一處隱蔽的房頂上張望杖剪。 院中可真熱鬧冻押,春花似錦、人聲如沸盛嘿。這莊子的主人今日做“春日...
    開封第一講書人閱讀 31,993評論 0 22
  • 文/蒼蘭香墨 我抬頭看了看天上的太陽次兆。三九已至稿茉,卻和暖如春,著一層夾襖步出監(jiān)牢的瞬間芥炭,已是汗流浹背漓库。 一陣腳步聲響...
    開封第一講書人閱讀 33,107評論 1 271
  • 我被黑心中介騙來泰國打工, 沒想到剛下飛機(jī)就差點(diǎn)兒被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留园蝠,地道東北人渺蒿。 一個月前我還...
    沈念sama閱讀 48,308評論 3 372
  • 正文 我出身青樓,卻偏偏與公主長得像彪薛,于是被迫代替她去往敵國和親茂装。 傳聞我的和親對象是個殘疾皇子怠蹂,可洞房花燭夜當(dāng)晚...
    茶點(diǎn)故事閱讀 45,037評論 2 355

推薦閱讀更多精彩內(nèi)容