聽(tīng)說(shuō)，生信軟件有1000多個(gè)香追，如何在Linux系統(tǒng)下安裝軟件呢？不怕坦胶，我們有miniconda透典。那么，miniconda有怎么安裝呢顿苇？
1. miniconda的安裝
Step 1. miniconda package的下載
wget + 下載鏈接
其實(shí)峭咒，能否自己搜到結(jié)果很重要！
Step 2. minniconda安裝
因?yàn)閙iniconda package是bash文件纪岁，所以應(yīng)用
bash + package name進(jìn)行安裝
一直點(diǎn)“Enter” 或輸入“yes”
Step 3. 激活
source ~/.bashrc
2. 國(guó)外網(wǎng)址打開(kāi)很慢凑队，所以，添加channels幔翰，加快下載速度漩氨。
3. 使用conda安裝軟件
3.1 搜索軟件包
conda search + package name
3.2 安裝軟件
conda install + package name（= version number）
3.3 卸載軟件
conda remove + package name
4. conda的環(huán)境
conda info --envs
重點(diǎn)來(lái)了：每個(gè)項(xiàng)目應(yīng)用的軟件不同，即使應(yīng)用同一個(gè)軟件遗增，版本號(hào)也不一定相同叫惊，所以，創(chuàng)立一個(gè)特定的環(huán)境做修，以滿(mǎn)足個(gè)人需求顯得尤為重要霍狰。
- 創(chuàng)建
例：conda create -n RNA_seq python=3 fastqc trimmomatic -y - 激活
例：source activate RNA_seq -
卸載
卸載某個(gè)軟件
例：conda remove -n RNA_seq fastqc -y
全部卸載
conda remove -n RNA_seq --all
注：以上例子均來(lái)自生信星球。
今天的思維導(dǎo)圖如下：
Day3--魏東升.jpg
