1. 我們經常看到的CNS熱圖都是這樣的。
就是聚類是按照分組分開的客们。
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圖2：引自Cell 182, 245–261, July 9, 2020 247
全世界的科學界都公認兩組樣品之間對比繪制熱圖應該是這樣的。幾百篇CNS論文都是這樣的材诽。
2.然而我們自己繪制出來有時候卻是下面這樣的底挫。
也就是分組沒有聚在一起，被聚類分開了脸侥。
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圖2 圖片引自生信技能樹2020熱圖推文這樣畫熱圖建邓，涉嫌操縱數據了嗎
3.那該怎么解決這個問題呢？
經過摸索睁枕，我發(fā)現我們取消列聚類官边，即參數中 cluster_cols = T改成 cluster_cols = F磕昼。就可以實現按照分組的天然聚類了督勺。代碼和結果如下：
pheatmap(n2,
annotation_col = annotation_col,
annotation_legend = T,
border_color = 'black',#設定每個格子邊框的顏色，border=F則無邊框
cluster_rows = T, #對行聚類
cluster_cols = F, #隊列聚類
show_colnames = F, #是否顯示列名
show_rownames = F #是否顯示行名
)
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圖3
