這一篇我們掃盲晶府，總結一下VDJ的所有技術術語。
AIRR：適應性免疫受體庫碳想。 在 Scirpy 文檔中烧董，簡單地談到了免疫受體 (IR)。The AIRR community defines standards around AIRR data. Scirpy supports the AIRR Rearrangement schema and complies with the AIRR Software Guidelines.關于AIRR軟件之前的文章分享過移袍，大家可以回看
等位基因包含的 B 細胞：帶有兩對 IG 鏈的 B 細胞解藻。
BCR：B 細胞受體。 一個BCR 由兩條免疫球蛋白 (IG) 重鏈和兩條 IG 輕鏈組成葡盗。 兩條輕鏈包含一個可變區(qū)螟左，負責抗原識別。
圖片.png
CDR:互補決定區(qū)觅够。 因此胶背，IR 的多樣性和抗原特異性主要由 α- 和 β 受體臂上的三個高變環(huán)（CDR1、CDR2 和 CDR3）決定喘先。 CDR1 和 CDR2 在種系 V 基因中完全編碼钳吟。 相比之下，CDR3 環(huán)由 V窘拯、(D) 和 J 片段組裝而成红且，并在連接位點包含隨機添加和刪除。 因此涤姊，CDR3 區(qū)域構成了適應性免疫受體變異的很大一部分暇番，因此被認為對抗原特異性特別重要.
圖片.png
Chain locus:
Loci with a [VJ]
-
TRA(T-cell receptor alpha) -
TRG(T-cell receptor gamma) -
IGL(Immunoglobulin lambda) -
IGK(Immunoglobulin kappa)
Loci with a [VDJ] -
TRB(T-cell receptor beta) -
TRD(T cell receptor delta) -
IGH(Immunoglobulin heavy chain)
克隆型（Clonotype）：克隆型指的是一組 T 或 B 細胞，這些細胞來自一個共同的先行細胞思喊，因此具有相同的適應性免疫受體并識別相同的表位壁酬。在單細胞 RNA 測序 (scRNA-seq) 數(shù)據(jù)中，共享 VJ 和 VDJ 鏈（例如恨课，α 和 β TCR 鏈）的相同互補決定區(qū) 3 (CDR3) 核苷酸序列的 T 或 B 細胞構成克隆型舆乔。 .Scirpy 提供了一種基于 CDR3 序列同一性或相似性來定義克隆型的靈活方法。 此外剂公，可能需要克隆型具有相同的 V 基因希俩，從而強制 CDR 1 和 2 區(qū)域相同。
Clonotype cluster：克隆型模塊性衡量克隆型中細胞下面的轉錄組學鄰域圖的緊密連接程度纲辽。 具有高模塊化的克隆型由在轉錄上比具有低模塊化的克隆型更相似的細胞組成颜武。
克隆型的趨同進化：已經提出 IR 受趨同進化的影響贫母，即導致 IR 識別相同抗原的選擇壓力。趨同進化的證據(jù)可能是具有相同 CDR3 氨基酸序列但不同 CDR3 核苷酸序列（由于同義密碼子）的克隆型或具有識別相同抗原的高度相似 CDR3 氨基酸序列的克隆型盒刚。
Dual IR：具有超過一對 VJ 和 VDJ 序列的 IR。 盡管由于等位基因排斥機制绿贞，這在以前被認為是不可能的因块，但越來越多的證據(jù)表明存在真正的雙 IR 群體。
Dual TCR ：TCRs with more than one pair of α- and β (or γ- and δ) chains
表位：被 TCR籍铁、BCR 或抗體識別的抗原部分涡上。
IG：Immunoglobulin
IR ：Immune receptor.
Multi-tissue clonotype ：在同一患者的多個組織中出現(xiàn)的克隆型。
多鏈細胞：具有不適合雙 IR 模型的超過兩對 VJ 和 VDJ 序列的細胞拒名。 這些通常很少見吩愧，可以用雙峰/多重峰來解釋，即在同一液滴中捕獲兩個或更多細胞增显。
圖片.png
- 注：(a) 來自 [WMdA+20] 的 96,000 個細胞的 UMAP 圖雁佳，至少有一個檢測到的 CDR3 序列，多鏈細胞（n=474）以綠色突出顯示同云。 (b) 多鏈細胞和其他細胞中每個細胞檢測到的讀數(shù)的比較糖权。 多鏈細胞每個細胞包含明顯更多的讀數(shù)（p = 9.45 × 10?251，Wilcoxon-Mann-Whitney-test）炸站，支持這樣的假設：（大多數(shù)）多鏈細胞是由細胞倍數(shù)產生的技術產物星澳。
孤兒鏈（Orphan chain）：如果尚未檢測到其對應的對應物，則將 IR 鏈稱為孤立鏈旱易。 例如禁偎，如果一個單元格只有 VJ 鏈（例如 TCR-alpha），但沒有 VDJ 鏈（例如 TCR-beta）阀坏，則該單元格將被標記為“孤兒 VJ”如暖。由于測序效率低下，孤兒鏈很可能是隨機丟失的結果全释。
Private clonotype:特定于特定患者的克隆型装处。
生產鏈(Productive chain) : 生產鏈是具有 CDR3 序列的 IR 鏈，可產生功能性肽浸船。 Scirpy 依賴預處理工具（例如 CellRanger 或 TraCeR）來標記非生產鏈妄迁。 如果鏈包含終止密碼子或不在閱讀框架內，則通常將其標記為非生產性的李命。
公共克隆型（Public clonotype）：在多個患者之間共享的克隆型登淘，例如 識別常見病毒表位的克隆型。
圖片.png
受體亞型（Receptor subtype）：More fine-grained classification of the receptor type into：
- α/β T cells
- γ/δ T cells
- IG-heavy/IG-κ B cells
- IG-heavy/IG-λ B cells
Receptor type：Classification of immune receptors into BCR and TCR.
TCR：T細胞受體封字。 一個 TCR 由一條 α 鏈和一條 β 鏈（或者黔州，一條 γ 鏈和一條 δ 鏈）組成耍鬓。 每條鏈由一個恒定區(qū)和一個可變區(qū)組成。 可變區(qū)負責抗原識別流妻，由CDR區(qū)介導牲蜀。
圖片.png
Tissue-specific clonotype：A clonotype that only occurs in a certain tissue of a certain patient.
V(D)J：IR 鏈序列的變異性源于 Variable、Diversity 和 Joining 基因片段的基因重組绅这。 TCR-α涣达、TCR-?、IG-κ 和 IG-λ 鏈僅由 V 和 J 基因座組裝而成证薇。 我們在 Scirpy 中將這些鏈稱為 VJ 鏈度苔。 TCR-β、TCR-δ 和 IG 重鏈由所有三個部分組裝而成浑度。 我們在 Scirpy 中將這些鏈稱為 VDJ 鏈寇窑。例如，下圖顯示了如何從 tra 基因座組裝 TCR-α 鏈箩张。 V 到 J 重組將許多 TRAV 片段之一連接到許多 TRAJ 片段之一甩骏。 接下來，內含子被剪掉伏钠，產生一個 TCR-α 鏈轉錄物横漏，其中 V、J 和 C 段直接相鄰熟掂。
圖片.png
基礎是第一步
生活很好缎浇，有你更好
