作者激挪，Evil Genius
今天2024年5月21日，凌晨，也就是昨晚锦爵，又一個鮮活的生命在太原從橋上跳下。
往事不堪回首
今天我們來學習空間軌跡
空間軌跡包括空間基因軌跡和細胞軌跡奥裸、甚至包括CNV軌跡
關(guān)于空間軌跡也寫了很多险掀，列在下面
時空軌跡分析導論
空間轉(zhuǎn)錄組之空間基因和細胞軌跡
10X空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析之CNV軌跡層級
時空軌跡和空間細胞相互作用
與單細胞不同，單細胞軌跡主要是用來研究細胞的發(fā)育分化方向湾宙，但是空間軌跡主要是來研究TME樟氢，具體的做法就是研究某個區(qū)域隨著距離的擴大，基因表達或者細胞含量的變化侠鳄，如下圖：
諸多文章用到了這個方法埠啃，以前在分享SPATA2的時候，有介紹到軌跡分析的內(nèi)容畦攘，如下圖：
但是SPATA2需要人為指定起點和終點霸妹，很不智能，且離我們想要的結(jié)果差距較遠知押，尤其用代碼指定起始位置和終止位置的時候叹螟。
今天我們要分享一個更為準確的方法鹃骂，即我們指定一個區(qū)域，這個區(qū)域可以是聚類的cluster（分子聚類或者細胞聚類）罢绽，也可以是人為劃定的一個區(qū)域（比如腫瘤區(qū)域畏线，間質(zhì)區(qū)域，免疫區(qū)域等）良价，指定后隨著邊界的擴大寝殴，查看基因或者細胞含量的變化，拿到如下的結(jié)果圖明垢。
學習到新的方法大家要活學活用蚣常，不要死搬硬套，流水線式的操作痊银。
我們以一個數(shù)據(jù)為例：
指定一個固定區(qū)域抵蚊，注意這里用到了空間坐標，且無縫兼容10X的空間數(shù)據(jù)
然后計算軌跡溯革，以PCP4基因為例,同樣可以計算細胞含量變化
基因的空間展示
