“ 話不多說湾戳，直接開始今天的主題——給大家梳理一下如何通過測序得到的序列獲得最后呈現(xiàn)給讀者的系統(tǒng)發(fā)育樹蚓曼！”
1脉执、序列準(zhǔn)備：
通過測序獲得需要鑒定的目標(biāo)菌株的序列信息踢代，一般細(xì)菌測16S rDNA（全長大約1.5 kb左右）盲憎，真菌測ITS序列（500-750 bp）。
2胳挎、將序列上傳至NCBI數(shù)據(jù)庫與已知菌種序列進(jìn)行比較：
以細(xì)菌的16S rDNA序列為例（需要FASTA格式）：
>菌種描述信息
ATCG..................
1）打開NCBI官網(wǎng)（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）饼疙，點擊右側(cè)的BLAST，選擇Nucleotide BLAST慕爬，進(jìn)入比對頁面：（16S rDNA序列比較也可以通過EzBioCloud(https://www.ezbiocloud.net/)數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對）
2）在blastn選項下面粘貼入比對的序列（粘貼的序列中間不能有空格）窑眯，其他選項見下圖：
3）點擊BLAST進(jìn)行序列比對（需要一定時間屏积，頁面隔幾秒刷新一次）；
3磅甩、根據(jù)比對結(jié)果篩選并下載10-12條比對序列：
1）結(jié)果頁面包含了圖中所示的要素炊林，我們可以根據(jù)相似度及評分、序列長短篩選我們想要的序列：
2）篩選規(guī)則：與我們提交序列相似度最高的一條或多條16S序列即是我們所提交序列的匹配結(jié)果（菌種鑒定時卷要，16S序列比對結(jié)果在屬水平上具有說服力渣聚，所以會顯示有多個同屬但是不同種的結(jié)果，這說明我們的菌種屬于該屬僧叉，至于是什么種還需要通過功能基因進(jìn)行進(jìn)一步鑒定）奕枝。由于我們提交的序列全長為1500 bp左右，所以篩選過程中盡量選擇與之長短相差不大的模式菌株序列瓶堕，實在找不到與之長度相當(dāng)?shù)陌溃M可能選擇全基因組序列，數(shù)量在10-13條左右（一條相似度大于98.6%的以及其他相似度小于98.6%的）捞烟，且相似度最好不要集中在很小的一個范圍內(nèi)（太集中作圖效果會大大折扣）薄声。
3）選中序列后下載FASTA格式的txt文檔就行。
4题画、利用MEGA軟件進(jìn)行多序列比對：
（大家自行去官網(wǎng)或其他途徑下載即可默辨，任何版本都可以）
1）數(shù)據(jù)整理：將我們自己的序列和下載的序列整理到一起，然后在下載一條與比對結(jié)果顯示的屬屬于同一科的遠(yuǎn)緣屬加入到其中作為外群苍息；
2）打開MEGA軟件缩幸，點擊Align，選擇Create a new alignment竞思，點擊OK表谊，然后根據(jù)需要選擇核酸（DNA）或者氨基酸（Protein），然后在彈出的的窗口中直接復(fù)制粘貼準(zhǔn)備好的序列盖喷，也可以選擇lnsert Sequence From File爆办，選擇序列文件（可多選）。序列文件加載之后呈藍(lán)色背景（選中狀態(tài)）课梳，點擊W選擇Align DNA(核酸序列)或者Align protein(氨基酸序列)距辆，在彈出的窗口中設(shè)置參數(shù)（一般默認(rèn)即可，無需修改）暮刃，點擊OK跨算，開始序列比對。
3）比對完成后椭懊，需要截齊兩端含有的序列诸蚕，選中無的或者上面是---序列，按Delete刪除即可，截齊之后保存文件為：filename.mas背犯。
5坏瘩、構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹：
多序列比對窗口點擊Data，選擇Phylogenetic Analysis漠魏，彈出窗口詢問：所有序列是否編譯蛋白質(zhì)桑腮，根據(jù)實際情況選擇Yes或No。
此時蛉幸，返回MEGA主界面進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建破讨。MEGA主界面點擊Phylogeny，選擇Construct/Test Neighbor-Joining Tree奕纫，彈出的對話框詢問：是否使用當(dāng)前激活的數(shù)據(jù)提陶，選擇Yes。這時彈出建樹參數(shù)設(shè)置對話框匹层，根據(jù)實際需要設(shè)置即可（參數(shù)見下圖）隙笆，然后點擊Compute，完成建樹彈出建好的系統(tǒng)發(fā)育樹升筏。
6撑柔、發(fā)育樹美化：
得到系統(tǒng)發(fā)育樹后，我們可以將其復(fù)制粘貼至word或者PPT進(jìn)行美化您访，可以得到如下效果圖：
