fastq序列質(zhì)量Q30統(tǒng)計軟件

FaQCs

使用perl編寫缴挖，R畫圖。不僅可以統(tǒng)計質(zhì)量棚点，Q30，還可以trim序列贬循。安裝簡單準(zhǔn)備好兩個需要的perl 模塊,下載github上的文件杖虾，然后直接cd lib;./INSTALL.sh。
https://github.com/LANL-Bioinformatics/FaQCs

fastqc

windows linux版都有忱反，java寫的温算，速度快间影，結(jié)果清晰魂贬，但結(jié)果沒有Q30比值
http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/

BGI的Reseqtools

他們說很好用，還沒試
https://github.com/BGI-shenzhen/Reseqtools

統(tǒng)計fastq序列數(shù)與堿基數(shù)

C編寫的宣谈，速度特別快键科，官方介紹
It could deal with ~4M reads (1G base) in less than 40 seconds, ~50M reads (14G base) in less than 5 minutes!!!
下載后直接編譯就能用gcc -lz -o kseq_fastq_base kseq_fastq_base.c
https://github.com/billzt/readfq

python統(tǒng)計fastq序列的Q30

可以直接使用gzip的fastq文件
https://github.com/dayedepps/q30

http://not.farbox.com/post/readfq
介紹faqcs的論文https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-014-0366-2

最后編輯于：2017.12.11 03:48:51

?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請聯(lián)系作者

人面猴
序言：七十年代末勋颖，一起剝皮案震驚了整個濱河市侥祭，隨后出現(xiàn)的幾起案子，更是在濱河造成了極大的恐慌蚕断，老刑警劉巖，帶你破解...
沈念sama閱讀 211,423評論 6贊 491
死咒
序言：濱河連續(xù)發(fā)生了三起死亡事件，死亡現(xiàn)場離奇詭異聊训，居然都是意外死亡带斑，警方通過查閱死者的電腦和手機妈候，發(fā)現(xiàn)死者居然都...
沈念sama閱讀 90,147評論 2贊 385
救了他兩次的神仙讓他今天三更去死
文/潘曉璐我一進店門苦银，熙熙樓的掌柜王于貴愁眉苦臉地迎上來赶站，“玉大人，你說我怎么就攤上這事想括±硬” “怎么了？”我有些...
開封第一講書人閱讀 157,019評論 0贊 348
道士緝兇錄：失蹤的賣姜人
文/不壞的土叔我叫張陵踪栋，是天一觀的道長夷都。經(jīng)常有香客問我予颤，道長，這世上最難降的妖魔是什么蛤虐？我笑而不...
開封第一講書人閱讀 56,443評論 1贊 283
?港島之戀（遺憾婚禮）
正文為了忘掉前任驳庭，我火速辦了婚禮氯窍，結(jié)果婚禮上蹲堂，老公的妹妹穿的比我還像新娘。我一直安慰自己政供，他們只是感情好朽基，可當(dāng)我...
茶點故事閱讀 65,535評論 6贊 385
惡毒庶女頂嫁案：這布局不是一般人想出來的
文/花漫我一把揭開白布稼虎。她就那樣靜靜地躺著，像睡著了一般渡蜻。火紅的嫁衣襯著肌膚如雪茸苇。梳的紋絲不亂的頭發(fā)上排苍，一...
開封第一講書人閱讀 49,798評論 1贊 290
城市分裂傳說
那天，我揣著相機與錄音学密，去河邊找鬼淘衙。笑死，一個胖子當(dāng)著我的面吹牛腻暮，可吹牛的內(nèi)容都是我干的彤守。我是一名探鬼主播，決...
沈念sama閱讀 38,941評論 3贊 407
雙鴛鴦連環(huán)套：你想象不到人心有多黑
文/蒼蘭香墨我猛地睜開眼哭靖，長吁一口氣：“原來是場噩夢啊……” “哼具垫！你這毒婦竟也來了？” 一聲冷哼從身側(cè)響起试幽，我...
開封第一講書人閱讀 37,704評論 0贊 266
萬榮殺人案實錄
序言：老撾萬榮一對情侶失蹤筝蚕，失蹤者是張志新（化名）和其女友劉穎，沒想到半個月后铺坞，有當(dāng)?shù)厝嗽跇淞掷锇l(fā)現(xiàn)了一具尸體，經(jīng)...
沈念sama閱讀 44,152評論 1贊 303
?護林員之死
正文獨居荒郊野嶺守林人離奇死亡济榨，尸身上長有42處帶血的膿包…… 初始之章·張勛以下內(nèi)容為張勛視角年9月15日...
茶點故事閱讀 36,494評論 2贊 327
?白月光啟示錄
正文我和宋清朗相戀三年坯沪，在試婚紗的時候發(fā)現(xiàn)自己被綠了。大學(xué)時的朋友給我發(fā)了我未婚夫和他白月光在一起吃飯的照片擒滑。...
茶點故事閱讀 38,629評論 1贊 340
活死人
序言：一個原本活蹦亂跳的男人離奇死亡腐晾，死狀恐怖叉弦，靈堂內(nèi)的尸體忽然破棺而出，到底是詐尸還是另有隱情赴魁，我是刑警寧澤卸奉，帶...
沈念sama閱讀 34,295評論 4贊 329
?日本核電站爆炸內(nèi)幕
正文年R本政府宣布钝诚，位于F島的核電站颖御，受9級特大地震影響，放射性物質(zhì)發(fā)生泄漏凝颇。R本人自食惡果不足惜潘拱，卻給世界環(huán)境...
茶點故事閱讀 39,901評論 3贊 313
男人毒藥：我在死后第九天來索命
文/蒙蒙一、第九天我趴在偏房一處隱蔽的房頂上張望拧略。院中可真熱鬧芦岂，春花似錦、人聲如沸垫蛆。這莊子的主人今日做“春日...
開封第一講書人閱讀 30,742評論 0贊 21
一樁弒父案，背后竟有這般陰謀
文/蒼蘭香墨我抬頭看了看天上的太陽袱饭。三九已至川无，卻和暖如春，著一層夾襖步出監(jiān)牢的瞬間虑乖，已是汗流浹背懦趋。一陣腳步聲響...
開封第一講書人閱讀 31,978評論 1贊 266
情欲美人皮
我被黑心中介騙來泰國打工，沒想到剛下飛機就差點兒被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留疹味，地道東北人仅叫。一個月前我還...
沈念sama閱讀 46,333評論 2贊 360
代替公主和親
正文我出身青樓，卻偏偏與公主長得像糙捺，于是被迫代替她去往敵國和親诫咱。傳聞我的和親對象是個殘疾皇子，可洞房花燭夜當(dāng)晚...
茶點故事閱讀 43,499評論 2贊 348