在任何微陣列數(shù)據(jù)的分析中，一個(gè)重要步驟是檢查該陣列數(shù)據(jù)的質(zhì)量剃氧。對(duì)于雙色陣列數(shù)據(jù)疹味，一個(gè)重要步驟是查看每個(gè)陣列未標(biāo)準(zhǔn)化數(shù)據(jù)的MA曲線蚪黑。plotMD()函數(shù)生成單獨(dú)的陣列圖[33]。plotMA3by2()函數(shù)給出了一個(gè)簡(jiǎn)單的方法來(lái)為大型實(shí)驗(yàn)中的所有陣列生成MA曲線徐绑。這個(gè)函數(shù)寫入圖形PNG文件到磁盤邪驮，每頁(yè)6個(gè)圖形。
突出顯示陣列各種類型的控制探針有利于增強(qiáng)MA曲線的有用性傲茄，這一功能是由controlStatus()函數(shù)完成的毅访。以下是Incyte陣列的一個(gè)MA曲線的例子沮榜，包含各種其他控件（數(shù)據(jù)來(lái)源于史蒂夫·杰朗達(dá)基斯博士，沃爾特伊麗莎豪爾醫(yī)學(xué)研究院）喻粹。數(shù)據(jù)顯示蟆融，高質(zhì)量數(shù)據(jù)的非差異表達(dá)探針和一部分高差異表達(dá)探針具有長(zhǎng)彗星狀圖案。使用下面的命令行生成圖形
> spottypes <- readSpotTypes()
> RG$genes$Status <- controlStatus(spottypes, RG)
> plotMD(RG)
陣列包括尖峰在3倍守呜，10倍和25倍上調(diào)下調(diào)比率控制裝置型酥，以及非差異表達(dá)的靈敏度對(duì)照和陰性對(duì)照。
背景強(qiáng)度也是每個(gè)陣列質(zhì)量特性的一個(gè)引導(dǎo)查乒。每個(gè)陣列中的背景強(qiáng)度生成箱線圖
> boxplot(data.frame(log2(RG$Gb)),main="Green background")
> boxplot(data.frame(log2(RG$Rb)),main="Red background")
將突出顯示任何具有異常高背景強(qiáng)度的陣列弥喉。
陣列空間異質(zhì)性可以通過(guò)檢查背景強(qiáng)度imageplots突出強(qiáng)調(diào)，例如
> imageplot(log2(RG$Gb[,1]),RG$printer)
繪制第一個(gè)陣列的綠色背景玛迄。imageplot3by2()函數(shù)給出了一個(gè)簡(jiǎn)單的方法來(lái)自動(dòng)生成實(shí)驗(yàn)中所有陣列的圖形由境。如果圖形表明一些陣列的質(zhì)量比其他的陣列更低，在后續(xù)線性模型分析中的陣列質(zhì)量權(quán)重估計(jì)可能是有用的憔晒，詳情參見第14章藻肄。
