癌癥作為人類健康的頭號殺手俯邓,引起了科研工作者的官方關(guān)注甩恼。鑒于DNA甲基化修飾在腫瘤中的重要作用贡羔, MethyCancer
數(shù)據(jù)庫整合了DNA甲基化數(shù)據(jù)和基因表達譜數(shù)據(jù)云稚,將癌癥與相關(guān)的基因聯(lián)系起來尸饺,
網(wǎng)址如下
http://methycancer.psych.ac.cn/
在數(shù)據(jù)庫的首頁进统,有人類染色體的標示圖助币,可以快速的查看每條染色體上相關(guān)的數(shù)據(jù)概況。
MethyCancer
中的甲基化數(shù)據(jù)共有5個來源:
HEP
MethDB
UHN
Columbia University
BIG
對于這5個不同來源的數(shù)據(jù)螟碎,劃分成了7種不同的類型
Methylation region
Methylation content
Methylation pattern
Methylation profile
CpG Island I
CpG Island II
CpG Island III
具體的定義可以查看官網(wǎng)的詳細說明眉菱。通過這個數(shù)據(jù)庫,我們可以方便的檢索到癌癥相關(guān)的基因掉分。
設(shè)置好檢索條件之后俭缓,點擊search
按鈕,就可以看到如下結(jié)果:
點擊對應(yīng)的Cancer Name
, 可以看到所有和該癌癥相關(guān)的基因酥郭,比如Overview of breast tumors
相關(guān)的基因华坦,這些基因就可以作為該癌癥研究對應(yīng)的panel
。
在該數(shù)據(jù)庫中不从,還提供了一個CpG島的預(yù)測工具
輸入一段fasta序列惜姐,然后定義好其他的幾個閾值,提交就可以了椿息。
最重要的一點歹袁,這個數(shù)據(jù)庫是可以免費下載。