本篇接著介紹下列 4種 api 的用法：
get
conv
link
4.ddi
get
根據(jù)提供的kegg 標(biāo)識符品山，返回特定的記錄，多個標(biāo)識符之間用+ 連接，一次最多允許10個標(biāo)識符，格式如下
http://rest.kegg.jp/get/dbentries[/option]
dbentries = KEGG database entries of the following database
database = pathway | brite | module | ko | genome | org | vg | ag | compound |
glycan | reaction | rclass | enzyme | network | variant | disease | drug | dgroup | environ | disease_ja | drug_ja | dgroup_ja | environ_ja | compound_ja
option = aaseq | ntseq | mol | kcf | image | conf | kgml | json
共有兩種用法
第一種用法，不帶任何的option, 返回的結(jié)果和網(wǎng)頁版的結(jié)果類似
示例：返回hsa:10458基因的信息
ENTRY 10458 CDS T01001
NAME BAIAP2, BAP2, FLAF3, IRSP53
DEFINITION (RefSeq) BAI1 associated protein 2
ORTHOLOGY K05627 BAI1-associated protein 2
ORGANISM hsa Homo sapiens (human)
PATHWAY hsa04520 Adherens junction
hsa04810 Regulation of actin cytoskeleton
BRITE KEGG Orthology (KO) [BR:hsa00001]
Cellular Processes
Cellular community - eukaryotes
04520 Adherens junction
10458 (BAIAP2)
Cell motility
04810 Regulation of actin cytoskeleton
10458 (BAIAP2)
Membrane trafficking [BR:hsa04131]
Endocytosis
Bin/Amphiphysin/Rvs (BAR) family proteins
I-BAR proteins
10458 (BAIAP2)
POSITION 17q25.3
...
第二種用法辱魁，后面加上options 操作，需要注意的是诗鸭，特定的數(shù)據(jù)庫有特定的option染簇。
對于gene 數(shù)據(jù)庫而言，支持 aaseq 和 ntseq, 返回基因的序列
示例：返回基因的核酸序列
>hsa:10458 K05627 BAI1-associated protein 2 | (RefSeq) BAIAP2, BAP2, FLAF3, IRSP53; BAI1 associated protein 2 (N)
atgtctctgtctcgctcagaggagatgcaccggctcacggaaaatgtctataagaccatc
atggagcagttcaaccctagcctccggaacttcatcgccatggggaagaattacgagaag
gcactggcaggtgtgacgtatgcagccaaaggctactttgacgccctggtgaagatgggg
gagctggccagcgagagccagggctccaaagaactcggagacgttctcttccagatggct
gaagtccacaggcagatccagaatcagctggaagaaatgctgaagtcttttcacaacgag
ctgcttacgcagctggagcagaaggtggagctgga
對于pathway 數(shù)據(jù)庫而言强岸，支持 image 锻弓， conf， kgml 蝌箍，但是一次只允許查詢1條記錄
示例： 返回hsa05130的通路圖
對于 compound, glycan, drus 數(shù)據(jù)庫青灼，支持 images , mcol, kcf 操作，對于images , 一次只允許返回一條記錄
示例 : 返回 C00002的結(jié)構(gòu)示意圖
conv
轉(zhuǎn)換kegg 的ID 和其他數(shù)據(jù)庫的ID
第一種格式妓盲，所有記錄之間的轉(zhuǎn)換
http://rest.kegg.jp/conv/target_db/source_db
(target_db source_db) = (kegg_db outside_db) | (outside_db kegg_db)
For gene identifiers:
kegg_d> = org
org = KEGG organism code or T number
outside_d> = ncbi-geneid | ncbi-proteinid | uniprot
For chemical substance identifiers:
kegg_db = compound | glycan | drug
outside_db = pubchem | chebi
示例： human的ncbi entrez ID 和 kegg 的ID 進(jìn)行轉(zhuǎn)換
ncbi-geneid:1 hsa:1
ncbi-geneid:10 hsa:10
ncbi-geneid:100 hsa:100
ncbi-geneid:1000 hsa:1000
ncbi-geneid:100008587 hsa:100008587
ncbi-geneid:100008588 hsa:100008588
ncbi-geneid:100008589 hsa:100008589
ncbi-geneid:100009667 hsa:100009667
ncbi-geneid:100009676 hsa:100009676
第二種格式杂拨， 某幾條記錄之間的轉(zhuǎn)換，格式和第一種相同悯衬，只不過每次返回幾條記錄之間的對應(yīng)關(guān)系，多條記錄用+ 連接炸渡，1次最多允許10條記錄
示例偶摔，查詢hsa:10458和 ece:Z5100 兩個基因?qū)?yīng)的 ncbi protein id
hsa:10458 ncbi-proteinid:NP_059345
ece:Z5100 ncbi-proteinid:AAG58814
link
檢索兩個數(shù)據(jù)庫之間的關(guān)聯(lián)瘸味，共有兩種用法
第一種，兩個數(shù)據(jù)庫之間的關(guān)聯(lián)
http://rest.kegg.jp/link/target_db/source_db
target_db = database
source_db = database
database = pathway | brite | module | ko | genome | org | vg | ag | compound |
glycan | reaction | rclass | enzyme | network | variant | disease | drug | dgroup | environ | atc | jtc | ndc | yj | pubmed
示例：human 基因和pathway 之間的對應(yīng)關(guān)系
hsa:10327 path:hsa00010
hsa:124 path:hsa00010
hsa:125 path:hsa00010
hsa:126 path:hsa00010
hsa:127 path:hsa00010
hsa:128 path:hsa00010
hsa:130 path:hsa00010
第二種，查詢某幾條記錄在兩個數(shù)據(jù)庫之間的關(guān)聯(lián)
示例：查詢hsa:10458和ece:Z5100 兩個基因?qū)?yīng)的pathway 信息
hsa:10458 path:hsa04520
hsa:10458 path:hsa04810
ece:Z5100 path:ece05130
ddi
查找藥物之間的相互作用關(guān)系 , URL 格式如下
http://rest.kegg.jp/ddi/dbentry
dbentry = Single entry of the following database
database = drug | ndc | yj
可以提供1個藥物的ID, 也可以一次提供多個病蛉，多個ID 用+連接
示例 ： 查詢和D005664 這種藥物存在相互作用的記錄
dr:D00564 cpd:C00304 P unclassified
dr:D00564 cpd:C01946 P unclassified
dr:D00564 cpd:C04931 P unclassified
dr:D00564 cpd:C05849 P unclassified
總結(jié)：
kegg API 允許我們方便的獲取各種資源俗孝，最大的好處是我們可以通過程序批量下載，比如批量下載一個物種所有的pathway通路圖或者kgml 文件革骨。API的用法也很簡單，關(guān)鍵是我們要理解返回的數(shù)據(jù)有什么意義，比如 kgml 文件中記錄了哪些信息嚎货，conf 文件中的數(shù)字代表了什么瓦盛，后續(xù)我會詳細(xì)介紹這些東西挠唆，通過kgml ,conf , 可以實現(xiàn)很多有意思的功能谒麦。
