軟件
1.JCVI
2.NGenomeSyn
3.synvisio在線工具：鏈接 https://synvisio.github.io/ （僅記錄）
4.TBtools：https://github.com/CJ-Chen/TBtools 裕菠。安裝One Step MCScanX-Super Fast插件或者One Step MCScanX
5.GENESPACE：https://github.com/jtlovell/GENESPACE
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1.JCVI
1).下載地址：
JCVI就是python版本的McscanX：https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version).
2)安裝軟件（我的conda可能那里沒處理好乞旦，只能先創(chuàng)建環(huán)境欧穴，再安裝）：
conda create -n jcvi
conda activate jcvi
conda install jcvi
conda install last
一般的操作參考：好姐妹的分享即可，http://www.reibang.com/p/f15580c8f24c
4).高亮的表示方法（染色體id少于5個吩案，軟件默認不顯示id，即使指定展示id）
(1)除了可以在collinearity.anchors.simple前加上r*,b*,g*,y*帝簇，結果是高亮block徘郭，還可以選擇RGB顏色https://www.sojson.com/rgb.html靠益。例如：
#2A77AC*Bdi06G002880 Bdi06G003840 gene-LOC100123714 gene-LOC100123909 84 +
#2A77AC*Bdi06G006030 Bdi06G006610 gene-LOC100117357 gene-LOC100680538 51 +
(2)如果只想畫1一對1的形式，高亮共線性基因對残揉，即是1胧后，2列相同，3抱环，4列相同壳快，可以自己多造任意對：
#2A77AC*Bdi06G002880 Bdi06G002880 gene-LOC100123714 gene-LOC100123714 84 +
5).修改染色體id和字體大小。
具體的腳本位置:/share/nas1/pengzw/software/anaconda3/2023.09/envs/jcvi/lib/python3.10/site-packages/jcvi/graphics/karyotype.py
2.NGenomeSyn
1)下載地址：
https://github.com/hewm2008/NGenomeSyn
/share/nas1/pengzw/software/NGenomeSyn-1.41/bin/NGenomeSyn -InConf in2.conf -OutPut LsL46_LsSal_LsAng.NGenomeSyn
3.synvisio
參考這個即可：http://www.reibang.com/p/9325cc9bb848
4.TBtools
5.GENESPACE
參考：
- http://www.reibang.com/p/538e2e19a3dc
- http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg3MzQzNTYzMw==&mid=2247505000&idx=1&sn=9f603dd29c57df87ff5ef94eacb1d789&chksm=cee28cf6f99505e03acd41f3501490469c2fc57a7910d24ebbf51a54ebc045f6d1ee0dce2ea9&mpshare=1&scene=24&srcid=1227oboudHpGGgVpJFFwBhYN&sharer_shareinfo=381c1eabb919838e137079273472f807&sharer_shareinfo_first=381c1eabb919838e137079273472f807#rd
