關(guān)于分子生物學(xué)的順反式
順式作用:cis-acting锰什,同一染色體上的DNA序列直接調(diào)控其他鄰近基因的表達(dá)下硕。即DNA對DNA,強(qiáng)調(diào)的是距離近汁胆,并且是DNA對DNA的調(diào)控
常見的順式調(diào)控元件是增強(qiáng)子梭姓,啟動(dòng)子,沉默子
反式作用:trans-acting嫩码,DNA通過其產(chǎn)物(mRNA或蛋白質(zhì))間接調(diào)節(jié)基因的表達(dá)誉尖。用以描述基因元件的專有名詞,如阻遏物基因與轉(zhuǎn)錄因子基因铸题,它們可以影響位于不同染色體上的其他基因释牺。這些反式作用基因通過產(chǎn)生能遠(yuǎn)距離作用的可擴(kuò)散物質(zhì)發(fā)揮功能
lncRNA的順反式調(diào)控
文獻(xiàn)《Functional Classification and Experimental Dissection of Long Noncoding RNAs》中對lncRNA的順反式調(diào)控進(jìn)行了討論
對于順式調(diào)控目前有三種類型:
1.lncRNA通過招募調(diào)節(jié)因子調(diào)節(jié)臨近的mRNA基因的表達(dá),(這里強(qiáng)調(diào)的是距離)回挽,比方說lncRNA結(jié)合到了臨近mRNA基因的染色體大溝中,使得該mRNA基因在轉(zhuǎn)錄時(shí)pol ll由于空間阻塞無法結(jié)合猩谊,導(dǎo)致轉(zhuǎn)錄受抑制(本質(zhì)上是由于lncRNA改變了臨近mRNA基因的空間結(jié)構(gòu)千劈,從而影響mRNA的表達(dá))
2.距離相近的lncRNA基因和mRNA基因若同時(shí)轉(zhuǎn)錄,由于轉(zhuǎn)錄所需的TF和pol ll等在空間中產(chǎn)生競爭牌捷,導(dǎo)致mRNA的轉(zhuǎn)錄效率下降墙牌。(這里同樣強(qiáng)調(diào)距離,但是真正影響mRNA表達(dá)的是轉(zhuǎn)錄的空間阻塞暗甥,而不是lncRNA轉(zhuǎn)錄物)
3.lncRNA編碼基因區(qū)含有mRNA的順式調(diào)控元件喜滨,那么當(dāng)lncRNA開啟轉(zhuǎn)錄時(shí),下游的mRNA就無法進(jìn)行轉(zhuǎn)錄的增強(qiáng)撤防,開啟或虽风,(這里強(qiáng)調(diào)的是順式作用元件,如果含有的是增強(qiáng)子序列,那可能距離因素不是一個(gè)區(qū)分的重要因素)
因此辜膝,定義lncRNA順式調(diào)控的因素无牵,一個(gè)是lncRNA基因與調(diào)控的mRNA基因的距離,第二個(gè)是看lncRNA編碼區(qū)是否含有某些mRNA基因的順式作用元件
對于反式作用因子也有三種形式:
1.lncRNA調(diào)控mRNA基因表達(dá)厂抖,但是調(diào)控的mRNA基因要遠(yuǎn)離lncRNA編碼的位點(diǎn)(考慮到距離因素)茎毁,可能也是改變遠(yuǎn)端mRNA基因的空間結(jié)構(gòu),從而影響該mRNA的表達(dá)忱辅。因此從這個(gè)角度區(qū)分順反式調(diào)控實(shí)際上是在考慮距離因素
2.lncRNA影響核的結(jié)構(gòu)七蜘,從而影響mRNA基因的表達(dá)(其中一個(gè)例子是lncRNA影響核斑,從而影響基因表達(dá)墙懂,核斑是一類蛋白質(zhì)橡卤,屬于反式作用因子)
3.lncRNA通過影響反式作用因子或者其他具有調(diào)控功能的RNA分子來影響基因表達(dá)
總結(jié)
區(qū)分lncRNA的順反式調(diào)控的依據(jù)主要有兩個(gè),一個(gè)是距離垒在,另一個(gè)是是否與順式作用元件(順式調(diào)控)或者反式作用因子(反式調(diào)控)發(fā)生作用