前幾天赋兵，Nucleic Acids Res新發(fā)了一篇文章笔咽，關(guān)于查找基因組調(diào)控元件的網(wǎng)頁(yè)在線工具EpiRegio：https://epiregio.de/。
具體來(lái)說(shuō)霹期，該工具有以下三個(gè)功能：
1）通過(guò)給定一系列的感興趣基因叶组，查找調(diào)控基因的元件；
2）通過(guò)給定一系列基因組區(qū)域历造，查找該區(qū)域是否有調(diào)控元件甩十；
3）通過(guò)給定一系列調(diào)控元件，查找被元件調(diào)控的基因吭产；
下面侣监，我們來(lái)看一下這三個(gè)功能的輸入和輸出：
1、通過(guò)給定一系列的感興趣基因臣淤，查找調(diào)控基因的元件
進(jìn)入網(wǎng)站：https://epiregio.de/geneQuery/
基因的輸入很簡(jiǎn)單橄霉，接受“gene symbol” 或 “ensembl ID”兩種輸入格式。
接受輸入一個(gè)或者多個(gè)基因邑蒋，當(dāng)輸入多個(gè)基因時(shí)姓蜂，文件格式如下圖所示，一行一個(gè)基因寺董，文件的后綴為csv或txt：
按如下截圖輸入基因后覆糟，點(diǎn)擊Query Database
結(jié)果如下所示，會(huì)顯示該基因上有多少個(gè)調(diào)控元件遮咖，調(diào)控元件的起始滩字、終止位置，調(diào)控元件的功能是抑制還是激活，在什么組織中發(fā)揮調(diào)控作用麦箍。
2漓藕、通過(guò)給定一系列基因組區(qū)域，查找該區(qū)域是否有調(diào)控元件挟裂；
進(jìn)入網(wǎng)站：https://epiregio.de/regionQuery/
基因組的輸入格式也很簡(jiǎn)單享钞，只需要輸入染色體編號(hào)、起始區(qū)域诀蓉、終止區(qū)域即可栗竖。
接受輸入一個(gè)或者多個(gè)基因組區(qū)域，當(dāng)輸入多個(gè)區(qū)域時(shí)渠啤，文件格式如下圖所示狐肢，一行一個(gè)基因組區(qū)域，文件的后綴為csv或txt或bed：
按如下截圖輸入基因組區(qū)域后沥曹，點(diǎn)擊Query Database
結(jié)果如下所示份名，會(huì)顯示輸入的基因組區(qū)域有哪些調(diào)控元件，調(diào)控元件的起始妓美、終止區(qū)域僵腺，調(diào)控元件的功能是抑制還是激活。
3壶栋、通過(guò)給定一系列調(diào)控元件辰如，查找被元件調(diào)控的基因；
進(jìn)入網(wǎng)站：https://epiregio.de/REMQuery/
輸入格式為REM號(hào)委刘，當(dāng)輸入多個(gè)REM號(hào)時(shí)丧没，文件格式如下圖所示，一行一個(gè)REM號(hào)锡移，文件的后綴為csv或txt：
按如下截圖輸入REM號(hào)或者文件后，點(diǎn)擊Query Database
結(jié)果如下所示漆际，會(huì)顯示輸入的REM號(hào)在基因組的哪些區(qū)域上淆珊，以及調(diào)控元件的起始、終止區(qū)域奸汇，調(diào)控元件的功能是抑制還是激活施符。
另外，需要注意的是擂找，該網(wǎng)站出現(xiàn)的所有位置都是hg38版本戳吝。
感興趣的查看原文鏈接：https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkaa382/5847772
題目：EpiRegio: analysis and retrieval of regulatory elements linked to genes
