2024年2月，來自Shyam Prabhakar?和Kok Hao Chen研究團隊的Vipul Singhal为肮、Nigel Chou和Joseph Lee等人在Nature Genetics上發(fā)表了一篇題為《BANKSY unifies cell typing and tissue domain segmentation for scalable spatial omics data analysis》（https://www.nature.com/articles/s41588-024-01664-3）的研究文章叉钥。這項工作開發(fā)了一種名為BANKSY的空間聚類算法罢缸。
banksy可以結(jié)合細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組信息和局部微環(huán)境信息，提升空間組學(xué)數(shù)據(jù)分析的準(zhǔn)確性和效率投队，提高細(xì)胞類型聚類和組織域分割的性能枫疆。
將鄰域信息納入聚類中。
- 改善細(xì)胞類型分配
- 區(qū)分微環(huán)境的不同細(xì)胞類型
- 確定共享相同微環(huán)境的空間域
banksy使用混合參數(shù)敷鸦，權(quán)衡細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組矩陣和鄰域表達(dá)矩陣的貢獻(xiàn)息楔，較小的參數(shù)設(shè)置強調(diào)自身的轉(zhuǎn)錄組寝贡，因此導(dǎo)致細(xì)胞根據(jù)細(xì)胞類型進(jìn)行聚類。
