前言:
IGV(Integrative Genomics Viewer基因組瀏覽器)是一個(gè)將基因組學(xué)數(shù)據(jù)可視化的可交互工具呢铆,具有圖形界面水慨,高性能且易于使用湿颅∥颠叮可用于展示和查看基因表達(dá)床蜘、突變、融合蔑水、甲基化邢锯、探針等多種信息的軟件,是展示NGS數(shù)據(jù)和分析結(jié)果的一項(xiàng)重要工具搀别。
第二代測(cè)序(Next-generation sequencing丹擎,NGS):又稱為高通量測(cè)序(High-throughput sequencing),是基于PCR和基因芯片發(fā)展而來(lái)的DNA測(cè)序技術(shù)领曼。
sashimi plot(音譯:壽司圖)是對(duì)可變剪切的一種可視化方式鸥鹉,類似下面這樣蛮穿,它可以標(biāo)記處有多少跨越intron的reads庶骄,方便我們觀察可變剪切毁渗,比如skip exon的reads數(shù)目的變化。
修飾過(guò)的壽司圖
操作步驟
導(dǎo)入
輸入基因名
兩次OK出圖
儲(chǔ)存
可以儲(chǔ)存為PNG和SVG的格式单刁,SVG的可修飾程度更高灸异,可以導(dǎo)入ai或者ps進(jìn)行二次修改。