題目
High expression of ACE2 receptor of 2019-nCoV on the epithelial cells of oral mucosa
摘要
據(jù)報(bào)道钠四，ACE2是2019年nCoV的主要宿主細(xì)胞受體愤惰，在病毒進(jìn)入細(xì)胞引起最終感染中起著至關(guān)重要的作用抗俄。要研究口腔黏膜上2019-nCov感染的潛在途徑争舞，來自兩個(gè)公共數(shù)據(jù)庫(kù)的大量RNA-seq配置文件九秀，包括癌癥基因組圖譜（TCGA）和基因表達(dá)功能注釋（FANTOM5 CAGE）收集數(shù)據(jù)集。為了分析和驗(yàn)證ACE2在口腔粘膜中的表達(dá)烟阐，分析了TCGA的13種癌旁正常組織和FANTOM5 CAGE的14種正常組織的RNA-seq分析數(shù)據(jù)墓卦。此外，來自內(nèi)部產(chǎn)生的獨(dú)立數(shù)據(jù)的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組被用于鑒定和確認(rèn)表達(dá)ACE2的細(xì)胞組成及其在口腔中的比例鼠冕。結(jié)果表明添寺，ACE2在口腔粘膜上表達(dá)。有趣的是懈费，該受體在舌頭的上皮細(xì)胞中高度富集计露。最初，這些發(fā)現(xiàn)解釋了口腔是2019-nCoV感染易感性潛在高風(fēng)險(xiǎn)的基本機(jī)制，并為牙科臨床實(shí)踐以及日常生活中的未來預(yù)防策略提供了證據(jù)票罐。
方法和材料
公開數(shù)據(jù)集的獲取和分析
從癌癥基因組圖譜（TCGA; https://www.cancer.gov/tcga）下載叉趣。將RNA-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行批量效應(yīng)歸一化，并進(jìn)行l(wèi)og2轉(zhuǎn)換以用于后續(xù)分析该押。
內(nèi)部隊(duì)列的口腔組織
由于我們先前有關(guān)口腔潛在惡性疾病的研究疗杉，在獲得四川大學(xué)華西口腔醫(yī)院的知情同意并獲得倫理學(xué)批準(zhǔn)后，從患者那里獲得了口腔粘膜的四個(gè)組織蚕礼。
新鮮活檢組織分離
新鮮的活檢組織用D-PBS（Hyclone）洗滌兩次烟具，并收集到預(yù)冷的MACS組織存儲(chǔ)溶液（Miltenyi）中。 使用全皮膚分離試劑盒人類（Miltenyi）制造商指南從活檢組織中產(chǎn)生單細(xì)胞懸液奠蹬，并用70μmMACS Smartstrainers（Miltenyi）過濾朝聋。 通過紅細(xì)胞裂解緩沖液（Abcam）裂解殘留的紅細(xì)胞，并通過Easysep死細(xì)胞去除（Annexin V）試劑盒（STEMCELL）去除死細(xì)胞囤躁。 最后冀痕，將細(xì)胞沉淀重懸于D-PBS中。
單細(xì)胞RNA測(cè)序
為了生成單細(xì)胞乳液中的凝膠珠（GEM）狸演，使用10x鉻平臺(tái)捕獲細(xì)胞并對(duì)其進(jìn)行條形碼處理言蛇。 將細(xì)胞與涂有寡核苷酸的凝膠珠一起分配到GEM中，并擴(kuò)增帶有兩個(gè)條形碼的cDNA宵距，并使用10x Genomics Chromium Single Cell Kit（v3 chemistry）為每個(gè)樣品構(gòu)建文庫(kù)腊尚。 將所得文庫(kù)在Illumina NovaSeq 6000系統(tǒng)上測(cè)序。
單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)預(yù)處理和分析
FASTQ文件使用Cell Ranger軟件套件（版本3.1满哪； 10x Genomics）進(jìn)行了分析跟伏。 使用Seurat（3.0版）讀取四個(gè)組織的基因條形碼矩陣。 為了控制質(zhì)量翩瓜，我們刪除了<200個(gè)基因和500個(gè)UMI計(jì)數(shù)的細(xì)胞，以及線粒體含量高于5％的細(xì)胞携龟。 此外兔跌，濾出了<3個(gè)細(xì)胞中檢測(cè)到的基因。 使用Seurat中的“ sctransform”包裝器對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行規(guī)范化并消除混雜的變異源峡蟋，“ IntegrateData”用于整合來自四個(gè)組織的Seurat對(duì)象坟桅。 使用統(tǒng)一流形近似和投影（UMAP）進(jìn)行降維和對(duì)單元進(jìn)行聚類，并根據(jù)其規(guī)范標(biāo)記分配單元類型蕊蝗。 用Seurat在R中生成UMAP圖仅乓，熱圖和小提琴圖。
結(jié)果
圖1蓬戚。a TCGA癌旁正常組織中ACE2表達(dá)的小提琴圖夸楣。 b FANTOM5 CAGE數(shù)據(jù)集中正常組織中ACE2表達(dá)的條形圖。 c TCGA在不同口腔部位的癌旁正常組織中ACE2表達(dá)的條形圖； d TCGA兩種口腔部位中ACE2的箱線圖
