使用conda安裝可以避免版本不匹配問題
#安裝R
conda install r
#安裝deseq, deseq2, edgeR
conda install -y bioconductor-deseq bioconductor-deseq2 bioconductor-edger r-gplots
由于書上已經(jīng)提供了使用以上三種包分析的R腳本纹蝴，直接下載
curl -O http://data.biostarhandbook.com/rnaseq/code/deseq1.r
curl -O http://data.biostarhandbook.com/rnaseq/code/deseq2.r
curl -O http://data.biostarhandbook.com/rnaseq/code/edger.r
#運(yùn)行示例
cat counts.txt | Rscript edger.r 3x3 > results_edger.txt
