edit:2021.03.11
前言
最近老師給安排了一個(gè)醫(yī)學(xué)圖像的深度學(xué)習(xí)任務(wù)沛励。目前剛剛明確了輸入輸出的數(shù)據(jù)格式和大概的任務(wù)目標(biāo)县昂。
任務(wù)簡介
本項(xiàng)目的目的是從患者的一個(gè)序列MRI圖像中椿争，判斷是否有“不穩(wěn)定斑塊”硼莽，且如果有倍奢，指出它的位置朴上。屬于“目標(biāo)檢測(cè)”任務(wù)。
- 輸入數(shù)據(jù)：同一個(gè)病人的兩組MRI序列（nii格式）卒煞，已經(jīng)配準(zhǔn)過痪宰，即兩個(gè)shape相同的張量。shape大約為512*512*256左右畔裕，每個(gè)病人的shape不同衣撬。
- 輸出數(shù)據(jù)：不穩(wěn)定斑塊的位置。目前的標(biāo)注數(shù)據(jù)是用六個(gè)坐標(biāo)數(shù)據(jù)表示的一個(gè)小立方體（acsv格式）扮饶。不穩(wěn)定斑塊的體積相對(duì)整個(gè)tensor來說很小具练。
預(yù)處理
查看和導(dǎo)入數(shù)據(jù)
對(duì)于醫(yī)學(xué)圖像，目前接觸過dcm格式甜无、nii格式扛点、nrrd格式。老師推薦的查看軟件是slicer岂丘，支持大部分醫(yī)學(xué)圖像格式陵究，可以展示出3d效果，功能強(qiáng)大奥帘。
導(dǎo)入nii數(shù)據(jù)使用python庫SimpleITK铜邮，可參考：
下一步想法
- 等待更多的數(shù)據(jù)。
- 查找論文和代碼寨蹋，目前有哪些主流的醫(yī)學(xué)圖像的roi目標(biāo)檢測(cè)松蒜。如何處理六個(gè)數(shù)值表示立方體的標(biāo)注數(shù)據(jù)。
- 數(shù)據(jù)預(yù)處理：寫一個(gè)函數(shù)將所有病人的tensor數(shù)據(jù)reshape或裁剪成相同shape已旧，并且用相同的變換作用于標(biāo)注數(shù)據(jù)秸苗。
未完待續(xù)
