ATAC文庫(kù)構(gòu)建通常借助Illumina的Nextera?（Illumina）試劑盒忆谓，然而Nextera文庫(kù)涉及的序列不同于其他形式的文庫(kù)。
ATAC試驗(yàn)的模式圖
Tn5切割連接接頭序列
一判帮、Tn5轉(zhuǎn)座酶切割開(kāi)放DNA
Tn5轉(zhuǎn)座子切割相同的DNA片段并在片段兩端添加如下序列逃魄，其中加粗斜體部分緊挨著文庫(kù)的插入片段序列
序列如下:
5’ TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG
Read 1 ——>
5’ GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG
Read 2 ——>
可以發(fā)現(xiàn)Read1彤恶、Read2部分序列一致： AGATGTGTATAAGAGACAG
二袋倔、隨后PCR擴(kuò)增連接P5、P7接頭
連接測(cè)序接頭以錨定在flowcell芯片上的接頭以供測(cè)序反應(yīng)：
序列如下：
5’ AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACAC[i5]TCGTCGGCAGCGTC
5’ CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT[i7]GTCTCGTGGGCTCGG
三诅岩、完整文庫(kù)結(jié)構(gòu)
Index 2 (i5)5’-AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACIIIIIIIITCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG-NNNNNN-CTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACIIIIIIIIATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG-3’ Index 1 (i7)
IIIIIIII: Index 2 (i5), 8 bases IIIIIIII: Index 1 (i7), 8 bases -NNNNNN-: 插入序列
四讳苦、如何過(guò)濾去接頭？
如果截去接頭序列需要在CTGTCTCTTATACACATCT位置截取吩谦，工具可以是cutadapt鸳谜、trim_galore等類似可以自定義截去接頭的軟件。
五式廷、參考資料
http://bioinformatics.cvr.ac.uk/blog/illumina-adapter-and-primer-sequences/
http://www.360doc.com/content/17/1218/22/19913717_714335567.shtml
