群體雜交漸滲基因流軟件

基因型填充

- fillGenotype

- beagle

基因型填充(Genotype-Imputation)：從原理到操作 - 知乎 (zhihu.com)

建樹軟件

- SVDQuartets

j-chou/SVDquartets (github.com)

image.png

圖片來源

雜交漸滲：

- BPP

- TWISST:https://github.com/simonhmartin/twisst

教程生信教程：使用拓?fù)浼訖?quán)探索基因組進化（2） - 簡書 (jianshu.com)

- DSUITE

- ABBA-BABA WINDOWS

- HyDe

- QuIBL QuIBL學(xué)習(xí) - 簡書 (jianshu.com)

- SNaQ

- PhyloNet網(wǎng)狀進化

- Dfoil:https://www.github.com/jbpease/dfoil

Dfoil - 推斷祖先基因流 - 簡書 (jianshu.com)
越古老的漸滲片段通過重組和自然選擇會越來越短，通過漸滲區(qū)域的長短可以判斷基因流的時期雀鹃。

- MSCquartets package - RDocumentation：

對基因樹進行分析实愚，適合有組裝好的基因組鑒定出來的直系同源基因眷蚓。

- TICR

- D3

- Dp

- Shuhua-Group/ArchaicSeeker2.0 判斷祖先基因流癞季。

- hmmix

hmmix

- S*

S* and Archaic match p-values
bvernot/freezing-archer: Tools for identifying introgressed archaic sequence. (github.com)
NEE2023 Ghost admixture in eastern gorillas

物種樹構(gòu)建后的基因滲入檢驗方法 —BIO-101 (bio-protocol.org)

建樹軟件合集參考：系統(tǒng)發(fā)育常見軟件與在線工具合集 - 簡書 (jianshu.com)

群體結(jié)構(gòu)：

- finestructure

- structure

- admixture

- admixtools

- Dxy

- vcftools

- plink

- 遺傳成分畫圖

https://mp.weixin.qq.com/s/dhgMn6G-_60-8b9ZOo8upA

mapmixture

估算分化時間

- mcmctree

paleobiodb&timetree查找物種分化時間 - 簡書 (jianshu.com)
mcmctree估算物種分歧時間 - 簡書 (jianshu.com)
物種分歧時間榴都、分子進化速率計算（TimeTree扳抽、PAML mcmctree译打、codeml 、MEGA 看這一篇文章就夠留美！) - 知乎 (zhihu.com)

群體歷史：

- momi2

- msmc2

- psmc

- fastsimicoal2

群體歷史畫圖

-DemesDraw

DemesDraw

基因功能富集：

- agriGO

-

文章

DETECTABILITY OF VARIED HYBRIDIZATION SCENARIOS USING GENOME-SCALE HYBRID DETECTION METHODS

該文章對檢測雜交事件流行的軟件和方法進行了評測彰檬，TICR,MSCquartets, HyDe, Patterson’s D-Statistic (ABBA-BABA), D3, and Dp。摘要里提到MSCquartets是最準(zhǔn)的谎砾。

群體選擇

- SweeD【群體內(nèi)選擇信號】SweeD--CLR選擇 - 知乎 (zhihu.com)

- XP-CLR

最后編輯于：2024.07.04 10:02:33

?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請聯(lián)系作者

人面猴
序言：七十年代末逢倍，一起剝皮案震驚了整個濱河市，隨后出現(xiàn)的幾起案子景图，更是在濱河造成了極大的恐慌较雕，老刑警劉巖，帶你破解...
沈念sama閱讀 218,122評論 6贊 505
死咒
序言：濱河連續(xù)發(fā)生了三起死亡事件，死亡現(xiàn)場離奇詭異亮蒋，居然都是意外死亡扣典，警方通過查閱死者的電腦和手機，發(fā)現(xiàn)死者居然都...
沈念sama閱讀 93,070評論 3贊 395
救了他兩次的神仙讓他今天三更去死
文/潘曉璐我一進店門慎玖，熙熙樓的掌柜王于貴愁眉苦臉地迎上來贮尖，“玉大人，你說我怎么就攤上這事趁怔∈酰” “怎么了？”我有些...
開封第一講書人閱讀 164,491評論 0贊 354
道士緝兇錄：失蹤的賣姜人
文/不壞的土叔我叫張陵痕钢，是天一觀的道長。經(jīng)常有香客問我序六，道長任连，這世上最難降的妖魔是什么？我笑而不...
開封第一講書人閱讀 58,636評論 1贊 293
?港島之戀（遺憾婚禮）
正文為了忘掉前任例诀，我火速辦了婚禮随抠，結(jié)果婚禮上，老公的妹妹穿的比我還像新娘繁涂。我一直安慰自己拱她，他們只是感情好，可當(dāng)我...
茶點故事閱讀 67,676評論 6贊 392
惡毒庶女頂嫁案：這布局不是一般人想出來的
文/花漫我一把揭開白布扔罪。她就那樣靜靜地躺著秉沼，像睡著了一般。火紅的嫁衣襯著肌膚如雪矿酵。梳的紋絲不亂的頭發(fā)上唬复，一...
開封第一講書人閱讀 51,541評論 1贊 305
城市分裂傳說
那天，我揣著相機與錄音全肮，去河邊找鬼敞咧。笑死，一個胖子當(dāng)著我的面吹牛辜腺，可吹牛的內(nèi)容都是我干的休建。我是一名探鬼主播，決...
沈念sama閱讀 40,292評論 3贊 418
雙鴛鴦連環(huán)套：你想象不到人心有多黑
文/蒼蘭香墨我猛地睜開眼评疗，長吁一口氣：“原來是場噩夢啊……” “哼测砂！你這毒婦竟也來了？” 一聲冷哼從身側(cè)響起百匆，我...
開封第一講書人閱讀 39,211評論 0贊 276
萬榮殺人案實錄
序言：老撾萬榮一對情侶失蹤邑彪，失蹤者是張志新（化名）和其女友劉穎，沒想到半個月后胧华，有當(dāng)?shù)厝嗽跇淞掷锇l(fā)現(xiàn)了一具尸體寄症，經(jīng)...
沈念sama閱讀 45,655評論 1贊 314
?護林員之死
正文獨居荒郊野嶺守林人離奇死亡宙彪，尸身上長有42處帶血的膿包…… 初始之章·張勛以下內(nèi)容為張勛視角年9月15日...
茶點故事閱讀 37,846評論 3贊 336
?白月光啟示錄
正文我和宋清朗相戀三年，在試婚紗的時候發(fā)現(xiàn)自己被綠了有巧。大學(xué)時的朋友給我發(fā)了我未婚夫和他白月光在一起吃飯的照片释漆。...
茶點故事閱讀 39,965評論 1贊 348
活死人
序言：一個原本活蹦亂跳的男人離奇死亡，死狀恐怖篮迎，靈堂內(nèi)的尸體忽然破棺而出男图，到底是詐尸還是另有隱情，我是刑警寧澤甜橱，帶...
沈念sama閱讀 35,684評論 5贊 347
?日本核電站爆炸內(nèi)幕
正文年R本政府宣布逊笆，位于F島的核電站，受9級特大地震影響岂傲，放射性物質(zhì)發(fā)生泄漏难裆。R本人自食惡果不足惜，卻給世界環(huán)境...
茶點故事閱讀 41,295評論 3贊 329
男人毒藥：我在死后第九天來索命
文/蒙蒙一镊掖、第九天我趴在偏房一處隱蔽的房頂上張望乃戈。院中可真熱鬧，春花似錦亩进、人聲如沸症虑。這莊子的主人今日做“春日...
開封第一講書人閱讀 31,894評論 0贊 22
一樁弒父案归薛，背后竟有這般陰謀
文/蒼蘭香墨我抬頭看了看天上的太陽谍憔。三九已至，卻和暖如春主籍，著一層夾襖步出監(jiān)牢的瞬間韵卤，已是汗流浹背。一陣腳步聲響...
開封第一講書人閱讀 33,012評論 1贊 269
情欲美人皮
我被黑心中介騙來泰國打工崇猫，沒想到剛下飛機就差點兒被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留沈条，地道東北人。一個月前我還...
沈念sama閱讀 48,126評論 3贊 370
代替公主和親
正文我出身青樓诅炉，卻偏偏與公主長得像蜡歹，于是被迫代替她去往敵國和親。傳聞我的和親對象是個殘疾皇子涕烧，可洞房花燭夜當(dāng)晚...
茶點故事閱讀 44,914評論 2贊 355