使用命令pwd檢查當(dāng)前目錄的位置如果當(dāng)前目錄不是Course_Materials晴圾，那么使用cd(更改目錄)命令導(dǎo)航到Course_Materials目錄:
# pwd
# cd~/Course_Materials/RNAseq
使用ls列出目錄的內(nèi)容。應(yīng)該有一個(gè)名為fastq的目錄
使用ls列出fastq目錄的內(nèi)容:
# ls fastq
SRR7657883.sra_1.fastq.gz SRR7657883.sra_2.fastq.gz
您應(yīng)該看到兩個(gè) fastq 文件大磺。這些是我們將使用的樣本之一的讀取 1 和讀取 2 的文件
使用mkdir命令為QC結(jié)果創(chuàng)建一個(gè)新的目錄QC:
#?mkdir QC
在其中一個(gè)fastq文件上運(yùn)行fastqc:
fastqc fastq/SRR7657883.sra_1.fastq.gz
前面的命令將報(bào)告寫入到fastq目錄—fastqc的默認(rèn)行為椎瘟。我們希望它在QC目錄中。
使用rm (remove)命令刪除
還要?jiǎng)h除相關(guān)的zip文件
# rm SRR7657883.sra_1_fastqc.html
# rm -f fastq/SRR7657883.sra_1_fastqc.zip
再次運(yùn)行FastQC，但這一次:讓FastQC同時(shí)分析兩個(gè)fastq文件栽渴。您需要在序列文件名之前添加-t 2。參見fastqc——help來了解這個(gè)選項(xiàng)稳懒。
嘗試使用-o選項(xiàng)將報(bào)告寫入QC目錄闲擦。
# fastqc -t 2 -o QC fastq/SRR7657883.sra_1.fastq.gz fastq/SRR7657883.sra_2.fastq.gz
或者更簡單地，我們可以使用*通配符:
#? fastqc -t 2 -o QC fastq/SRR7657883.sra_*.fastq.gz
在瀏覽器中打開html報(bào)告场梆，或運(yùn)行下面代碼查看
# firefox *_fastqc.html
看看是否可以回答以下問題:
A)讀長是多少?
B)質(zhì)量評(píng)分是否隨著閱讀長度的變化而變化?
C)數(shù)據(jù)的質(zhì)量如何?
總的來說,很不錯(cuò)墅冷。
