IP屬地：北京
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day56 單細(xì)胞cellranger的問題一系瓢、在跑cellranger的過程中出了個(gè)問題绵患。要琢磨一下怎么回事。 報(bào)錯(cuò)：sequence and quality length mismat...
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day54單細(xì)胞 cellranger處理Fastq文件10X文庫送測(cè)序后账胧，從測(cè)序公司拿到的測(cè)序數(shù)據(jù)是fastq格式的竞慢，要經(jīng)過linux上跑cellranger程序，得到表達(dá)矩陣治泥，才能做后面的功能分析...
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day53 三組轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析學(xué)習(xí)及參考教程：https://mp.weixin.qq.com/s/uLt-bYCdVcBH6mqoIG_r6w[https://mp.wei...
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day52 轉(zhuǎn)錄組 火山圖
接著day51筹煮，繼續(xù)作圖： 說明先設(shè)置pvalue和logFC的閾值根據(jù)閾值分別為上調(diào)基因設(shè)置‘up’，下調(diào)基因設(shè)置‘Down’居夹，無差異設(shè)置‘N...
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day51 轉(zhuǎn)錄組 DESeq2分析總結(jié)對(duì)day49败潦，day50兩次學(xué)習(xí)的總結(jié)本冲。拿到reads表達(dá)矩陣后，在自己電腦上用DESeq2這個(gè)R包進(jìn)行數(shù)據(jù)分析变屁。 一眼俊、先要準(zhǔn)備表達(dá)矩陣和分組表...
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day50 轉(zhuǎn)錄組 差異基因可視化接著day49 一、看看整體表達(dá)情況 原始矩陣為變量exprSet粟关，是從txt文件讀入得到的數(shù)據(jù)框歸一化后矩陣為變量exprSet_new疮胖，用D...
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day49 轉(zhuǎn)錄組 差異基因表達(dá)分析學(xué)習(xí)資料：B站視頻：生物技能樹 第八季轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)分析得到表達(dá)矩陣之后就要考慮如何知道到差異表達(dá)基因（DEG），這個(gè)要在R中操作闷板，具體是需要a...
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day48 轉(zhuǎn)錄組 計(jì)數(shù)&表達(dá)矩陣轉(zhuǎn)錄組分析要用比對(duì)后的bam或sam文件進(jìn)行后續(xù)計(jì)數(shù)澎灸。也就是對(duì)基因/轉(zhuǎn)錄本的區(qū)域上比對(duì)到的reads進(jìn)行計(jì)數(shù)。最后算出來某個(gè)轉(zhuǎn)錄本或者外顯子上比...
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day47 轉(zhuǎn)錄組 比對(duì)學(xué)習(xí)資料：B站視頻：生物技能樹 第八季轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)分析 一遮晚、轉(zhuǎn)錄組比對(duì)常用軟件 轉(zhuǎn)錄組比對(duì)常用：hisat2性昭、subjunct（subread...