ChIP-seq一小步豫领,心肌肥厚lncRNA一大步

參考文獻(xiàn):Targetingmuscle-enriched long non-coding RNA H19 reverses pathological cardiachypertrophy

影響因子:22.673

發(fā)表期刊:European Heart Journal

發(fā)表時間:2020年7月13日(預(yù)印版)

關(guān)鍵技術(shù):H3K27me3 ChIP-seq、ChIP-qPCR舔琅、RNA-seq等恐、RIP-seq


研究背景(冗長版本,可直奔結(jié)果)

由慢性高血壓,遺傳易感性或主動脈瓣狹窄引起的病理性肥厚導(dǎo)致適應(yīng)性重塑不良课蔬,并常常伴隨著心室功能障礙囱稽,繼而導(dǎo)致心力衰竭和死亡。有報道二跋,一些長鏈非編碼RNA(lncRNA)在心臟肥厚中起關(guān)鍵作用战惊。

從高度保守的父源印跡基因位點(diǎn)轉(zhuǎn)錄的lncRNA H19已被證明在小鼠胚胎和出生早期生長調(diào)控中發(fā)揮重要作用。然而扎即,尚不清楚H19是否具有心臟保護(hù)作用或是否促進(jìn)心臟疾病吞获。

由于H19的表達(dá)在主動脈弓縮窄(TAC)誘發(fā)壓力超負(fù)荷引起的左室心力衰竭后達(dá)到峰值,但在肥厚性心臟重構(gòu)的失代償期被強(qiáng)烈抑制谚鄙,因此作者推測H19可能具有心肌特異性保護(hù)功能各拷,可以用作治療靶標(biāo)。


研究結(jié)果

一闷营、缺乏H19會增加體內(nèi)心肌肥厚

作者首先在成年小鼠的各種不同組織中證明烤黍,H19是肌肉特異性的。

接下來傻盟,使用H19敲除小鼠(KO)研究H19是否在功能上參與了心肌肥厚的發(fā)展速蕊,TAC處理小鼠并監(jiān)測6周。
與野生型小鼠相比娘赴,TAC后H19-KO小鼠的心臟重量顯著增加规哲,伴有心臟尺寸增加的趨勢,此外還伴隨著心肌細(xì)胞大小增加和Mcip1.4表達(dá)增加筝闹。

為了研究H19作用下的心肌細(xì)胞特異性分子變化媳叨,作者對TAC處理后6周來自野生型和H19 KO心臟的純化心肌細(xì)胞進(jìn)行了mRNA表達(dá)譜分析。
通過GSEA分析發(fā)現(xiàn)关顷,H19 KO心肌細(xì)胞共富集347個基因集糊秆。其中發(fā)現(xiàn)了一些與心臟病和肥厚相關(guān)的通路,如NFATc3和轉(zhuǎn)化生長因子(TGF)信號通路等(圖1)议双。相比之下痘番,野生型心臟中只有四組基因富集,它們都與炎癥反應(yīng)通路相關(guān)平痰。

圖1 TAC后6周汞舱,來自H19 KO和WT(n = 3)心肌細(xì)胞GSEA分析
二、H19與PRC2協(xié)同控制NFAT信號

H19之前被證明與癌細(xì)胞中的增強(qiáng)子Zeste 2(EZH2)相互作用宗雇,這是組蛋白甲基轉(zhuǎn)移酶多梳抑制復(fù)合物2(PRC2)的一個成分昂芜,主要對組蛋白H3(H3K27me3)上的27個賴氨酸殘基進(jìn)行三甲基化。
通過數(shù)據(jù)分析表明赔蒲,H19中心區(qū)域和EZH2之間具有很高的相互作用傾向泌神,并且使用RIP-seq證實了這種相互作用良漱。利用siRNA敲低H19可以消除富集作用,表明H19與EZH2的相互作用具有特異性欢际。為了進(jìn)一步了解H19對PRC2的調(diào)控作用母市,作者對H19沉默(siRNA)或過度表達(dá)(慢病毒)后在HL-1細(xì)胞中進(jìn)行了H3K27me3 ChIP-Seq實驗。

H19的抑制導(dǎo)致H3K27me3的整體增加损趋,這是siRNA條件下特有的患久。相反,H19過表達(dá)后的H3K27me3水平與對照組相當(dāng)浑槽,這表明高水平的H19對PRC2沒有超劑量作用(圖2A–C)蒋失。在差異最大的基因座中,發(fā)現(xiàn)了抗肥厚性NFAT調(diào)控子Tescalcin (Tesc)基因座在H19 siRNA處理后高度甲基化(圖2D)括荡。ChIP-qPCR實驗證實了這一點(diǎn)(圖2E)高镐。

過表達(dá)H19對Tesc H3K27me3或mRNA表達(dá)沒有影響(圖2F)溉旋。已知Tescalcin可通過抑制鈣調(diào)神經(jīng)磷酸酶和使GSK3保持其活性形式來磷酸化NFAT來進(jìn)行核排斥畸冲,從而作用于NFAT通路。
因此观腊,作者測試了Nfatc3的表達(dá)和活性邑闲,通過WB和ChIP-qPCR發(fā)現(xiàn)敲低H19后Nfatc3蛋白水平升高,Nppb和Mcip1.4靶啟動子上的Nfatc3活性升高(圖2G梧油,H)苫耸。總之儡陨,這表明H19通過防止PRC2介導(dǎo)的Tesc基因座表觀遺傳抑制而起NFAT信號轉(zhuǎn)導(dǎo)的關(guān)鍵抑制作用褪子。

圖2 H19表達(dá)的調(diào)節(jié)改變HL-1細(xì)胞中的H3K27me3模式
三、H19在體外體內(nèi)都具有抗肥厚作用

此外骗村,作者還通過體外和體內(nèi)實驗證明嫌褪,H19的過表達(dá)可以改善肥厚性反應(yīng),有助于防止體內(nèi)肥厚胚股,并且當(dāng)心臟肥厚已經(jīng)建立時笼痛,H19療法也有效。

研究亮點(diǎn)

該文的數(shù)據(jù)突出顯示了H19是一種抗肥厚性lncRNA琅拌,為進(jìn)一步治療病理性心肌肥厚的H19療法的臨床前和臨床開發(fā)鋪平了道路缨伊。

?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請聯(lián)系作者
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