染色質(zhì)免疫沉淀壳鹤、DNase-I超敏反應(yīng)和轉(zhuǎn)座酶可及性分析結(jié)合高通量測(cè)序，使染色質(zhì)動(dòng)力學(xué)饰迹、轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合和基因調(diào)控的全基因組研究成為可能芳誓。

來(lái)自同濟(jì)大學(xué)的研究人員開(kāi)發(fā)了人類和小鼠ChIP-seq和染色質(zhì)可及性數(shù)據(jù)庫(kù)：Cistrome DB (Cistrome Data Browser)，為轉(zhuǎn)錄和表觀遺傳調(diào)控研究提供最全面數(shù)據(jù)資源蹦锋。其相關(guān)研究成果已發(fā)表在《Nucleic acids research》兆沙。

Cistrome DB 第一版于2017年發(fā)布欧芽，收集了2016年1月1日之前發(fā)布的ChIP-seq和染色質(zhì)可及性數(shù)據(jù)（DNase-seq和ATAC-seq）莉掂，包括13366人和9953小鼠樣品。

Cistrome DB更新版于2018年發(fā)布千扔，包含大約47000個(gè)人類和老鼠樣本憎妙，與第一版相比，新收集了大約24000個(gè)數(shù)據(jù)集曲楚。

研究團(tuán)隊(duì)將持續(xù)維護(hù)數(shù)據(jù)庫(kù)厘唾，納入新的數(shù)據(jù)，并開(kāi)發(fā)新的特性龙誊，以幫助加快疾病及生物過(guò)程基因調(diào)控機(jī)制的研究抚垃。

為什么要構(gòu)建Cistrome DB？

解決ChIP-seq和染色質(zhì)可及性數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化使用問(wèn)題?

全基因組范圍內(nèi)的轉(zhuǎn)錄因子（TF）和染色質(zhì)調(diào)節(jié)劑結(jié)合位點(diǎn)趟大，組蛋白修飾和染色質(zhì)可及性的鑒定對(duì)于控制生物過(guò)程（如分化鹤树，致癌作用和細(xì)胞對(duì)環(huán)境干擾的反應(yīng)）的常規(guī)轉(zhuǎn)錄調(diào)控至關(guān)重要。

盡管迅速積累的公開(kāi)ChIPseq逊朽、DNase-seq和ATAC-seq數(shù)據(jù)是系統(tǒng)研究基因調(diào)控過(guò)程的寶貴資源罕伯，但缺乏標(biāo)準(zhǔn)化的提取、質(zhì)量控制和分析程序阻礙了這些數(shù)據(jù)的廣泛使用叽讳。為克服這一挑戰(zhàn)追他，研究人員構(gòu)建了Cistrome DB坟募，該數(shù)據(jù)庫(kù)中的所有數(shù)據(jù)都經(jīng)過(guò)精心整理和簡(jiǎn)化分析處理，并通過(guò)全面的質(zhì)量控制評(píng)估邑狸，為轉(zhuǎn)錄和表觀遺傳調(diào)控研究提供全面懈糯、實(shí)用的數(shù)據(jù)資源。

Cistrome DB能做什么单雾？

檢索功能

實(shí)驗(yàn)前經(jīng)常會(huì)要找轉(zhuǎn)錄因子的靶基因昂利、找已發(fā)表的ChIP-seq數(shù)據(jù)...

Cistrome DB提供檢索工具，通過(guò)關(guān)鍵詞檢索或物種铁坎、來(lái)源蜂奸、因子類型一步步限定搜索范圍，用戶可查看詳細(xì)的數(shù)據(jù)注釋硬萍、分析結(jié)果和單個(gè)數(shù)據(jù)集的詳細(xì)信息（數(shù)據(jù)的QC情況扩所、motif分析結(jié)果、潛在的靶基因預(yù)測(cè)）朴乖、同時(shí)還可以在基因組瀏覽器中查看數(shù)據(jù)的分布及下載分析的結(jié)果文件祖屏。

檢索功能

批量樣本基因組瀏覽器展示

分析工具包

Toolkit旨在幫助用戶輕松地從Cistrome DB的大量數(shù)據(jù)集中提取有效信息：1）輸入基因名稱， 查看有哪些轉(zhuǎn)錄因子可能調(diào)控該基因买羞；2）輸入基因組區(qū)域袁勺，查看有哪些轉(zhuǎn)錄因子可能結(jié)合在該區(qū)域；3）輸入peak結(jié)果畜普，查看哪些轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)果與你的輸入結(jié)果有明顯的overlap,可以用于轉(zhuǎn)錄因子的colocation分析期丰。

Toolkit功能

批量數(shù)據(jù)下載

在遵循Cistrome DB數(shù)據(jù)使用條款的前提下，可以申請(qǐng)相關(guān)數(shù)據(jù)的批量下載吃挑。

批量數(shù)據(jù)下載頁(yè)面

如果你有轉(zhuǎn)錄因子ChIP-seq數(shù)據(jù)钝荡，Cistrome-GO可幫你預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)錄因子的功能。

Cistrome DB訪問(wèn)地址：http://cistrome.org/db.

首發(fā)公號(hào)：國(guó)家基因庫(kù)大數(shù)據(jù)平臺(tái)

參考文獻(xiàn)

[1] Zheng R, Wan C, Mei S, Qin Q, Wu Q, Sun H, Chen CH, Brown M, Zhang X, Meyer CA, Liu XS. Cistrome Data Browser: expanded datasets and new tools for gene regulatory analysis. Nucleic Acids Res, 2018 Nov 20.?Doi: 10.1093/nar/gky1094.

[2] Mei S, Qin Q, Wu Q, Sun H, Zheng R, Zang C, Zhu M, Wu J, Shi X, Taing L, Liu T, Brown M, Meyer CA, Liu XS. Cistrome data browser: a data portal for ChIP-Seq and chromatin accessibility data in human and mouse. Nucleic Acids Res, 2017 Jan 4;45(D1):D658-D662.?Doi: 10.1093/nar/gkw983.

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