基因家族鑒定分析操作手冊：
基因家族 基因家族鑒定
基因家族鑒定分析總結(jié)
1.下載基因組信息文件拓提，gff柱搜，cds框喳，pep，fasta文件：
Ensembl下載地址：http://plants.ensembl.org/index.html 下載方法可參考：http://www.omicsclass.com/article/58
phytozome（JGI）下載地址：https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html 下載方法可以參考：http://www.omicsclass.com/article/50
NCBI官網(wǎng)下載：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 下載方法可參考：http://www.omicsclass.com/article/497
2.hmmer鑒定基因家族（擬南芥WRKY基因家族為例）：
2.1 hmmer 搜索鑒定基因家族
如何知道自己要研究的基因家族的pfam號：http://www.omicsclass.com/question/268
WRKY基因家族：Pfam 隱馬爾科夫模型下載：http://pfam.xfam.org/family/PF03106
HSP20基因家族：Pfam 隱馬爾科夫模型下載：http://pfam.xfam.org/family/PF00011
Hmmer軟件官方說明文檔：http://eddylab.org/software/hmmer/Userguide.pdf
Hmmsearch 搜索結(jié)果說明：http://www.omicsclass.com/article/499
2.2 手動確認(rèn)結(jié)構(gòu)域酒朵；
SMART：http://www.omicsclass.com/article/681
NCBI CDD：http://www.omicsclass.com/article/310
pfam：http://pfam.xfam.org/
蛋白分子量分析：ExPASy (http://web.expasy.org/protparam/)
2.3. blast鑒定基因家族分析
（適用于研究基因家族沒有PFam號的情況）（可選分析，根據(jù)自己基因家族特點是否選擇）
Blastall使用參數(shù)詳細(xì)說明：http://www.omicsclass.com/article/504
Blast m8格式輸出結(jié)果說明：http://www.omicsclass.com/article/505
3.進化樹分析
3.1 基因蛋白結(jié)構(gòu)域構(gòu)建進化樹
3.2 基因蛋白全長構(gòu)建進化樹
Evolview進化樹美化：http://www.omicsclass.com/article/671
attachments-2019-02-RbUXm4HJ5c661bede4e37.jpg
ITOL進化樹美化：https://itol.embl.de/
itol編輯進化樹枝顏色（分組）： http://www.omicsclass.com/article/448 扎附； 查看node id： http://www.omicsclass.com/article/433蔫耽；
添加背景顏色：http://www.omicsclass.com/article/343
4.MEME 搜索基因motif分析
Motif序列信息查看：http://www.omicsclass.com/article/432
獲取motif圖片：http://www.omicsclass.com/article/67
5.基因結(jié)構(gòu)分析，外顯子內(nèi)含子等
GSDS網(wǎng)址：http://gsds.cbi.pku.edu.cn/
GSDS繪圖參考：http://www.omicsclass.com/article/63
6.基因結(jié)構(gòu)+進化樹+motif繪圖
TBtools繪圖參考：http://www.omicsclass.com/article/382
基因定位到染色體
MapGene2Chrom web v2繪圖：http://mg2c.iask.in/
Mapchart繪圖參考：http://www.omicsclass.com/article/397
8.mcscanX共線性分析
1.1 基因組內(nèi)共線性分析
基因組內(nèi)共線性分析參考：http://www.omicsclass.com/article/275
提取基因家族串聯(lián)重復(fù)腳本：http://www.omicsclass.com/article/399
2.2 基因組間共線性分析
物種之間共線性分析參考：http://www.omicsclass.com/article/284
這部分已經(jīng)安裝成功：
安裝python版本的MCScanX：https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version)
sudo /biosoft/miniconda/miniconda2/bin/pip install jcvi
sudo /biosoft/miniconda/miniconda2/bin/pip install scipy
9.結(jié)合轉(zhuǎn)錄組分析
1.GEO數(shù)據(jù)庫：
數(shù)據(jù)下載：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE121407
繪制熱圖在線工具：http://www.heatmapper.ca/
meV工具繪制熱圖：http://www.omicsclass.com/article/263 留夜；修改顏色：http://www.omicsclass.com/article/437
2.SRA高通量二代測序數(shù)據(jù)匙铡，數(shù)據(jù)庫下載數(shù)據(jù)方法，需要做轉(zhuǎn)錄組分析：
http://www.omicsclass.com/article/53
10.基因順勢作用原件分析
Plant CARE 地址：http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/碍粥，這個網(wǎng)站的優(yōu)點就是很多文章使用鳖眼，可以引用
PLACE：https://sogo.dna.affrc.go.jp/cgi-bin/sogo.cgi?sid=&lang=en&pj=640&action=page&page=newplace 它的優(yōu)點是每次可以輸入20條序列，出結(jié)果的速度也比Plant CARE 快嚼摩。
提取順勢作用原件钦讳，可利用GSDS繪圖
注：以上內(nèi)容屬于轉(zhuǎn)載，方便自己查看枕面，如有侵權(quán)愿卒，聯(lián)系刪除
